Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,125,407 |
C→A |
100% |
H549N (CAT→AAT) |
katG → |
catalase‑peroxidase HPI, heme b‑containing |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,125,407 | 0 | C | A | 96.8%
| 575.7
/ 9.5
| 186 | H549N (CAT→AAT) | katG | catalase‑peroxidase HPI, heme b‑containing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/1); new base A (83/97); total (88/98) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
GGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCG > CP009273/4125262‑4125551
|
ggATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAAt > 2:314996/1‑148 (MQ=255)
ggATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAAt < 2:463419/148‑1 (MQ=255)
ggATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAAt > 2:2348636/1‑148 (MQ=255)
ggATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAAt > 1:2179379/1‑148 (MQ=255)
gATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATg < 2:2733639/148‑1 (MQ=255)
gtgAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTAc < 2:3720322/148‑1 (MQ=255)
gAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCg < 2:602419/148‑1 (MQ=255)
aaCGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGt < 2:187011/148‑1 (MQ=255)
aCGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGtt < 1:94337/148‑1 (MQ=255)
aCGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGtt < 2:2836843/148‑1 (MQ=255)
cgcAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTgcg < 2:723342/148‑1 (MQ=255)
gcAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTgcgc < 1:2009220/148‑1 (MQ=255)
aGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCg < 1:284047/148‑1 (MQ=255)
gCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCgg > 1:2986480/1‑148 (MQ=255)
gCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCgg > 1:2986057/1‑148 (MQ=255)
ccGTTCGTGCTCTGCCTGTTCAGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATAAATGTACCGTTTGCGCCggg > 2:2218384/1‑148 (MQ=255)
gTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTc > 2:3649091/1‑148 (MQ=255)
cGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTcgcg < 1:2197853/148‑1 (MQ=255)
cGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTcgcg < 2:2650953/148‑1 (MQ=255)
ctctGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGa < 2:1790084/148‑1 (MQ=255)
ctctGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGa > 1:2573427/1‑148 (MQ=255)
ctctGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCGGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGa > 2:1423121/1‑148 (MQ=255)
cTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGcgcg > 1:1768829/1‑148 (MQ=255)
tGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGt > 1:3261440/1‑148 (MQ=255)
tGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGt < 1:51696/148‑1 (MQ=255)
tGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGt > 1:2637305/1‑148 (MQ=255)
gTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTc > 1:1366653/1‑148 (MQ=255)
gTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTc > 1:469489/1‑148 (MQ=255)
gTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGTCGGGTCGCGTTGATGCGCGTc > 2:2882983/1‑148 (MQ=255)
ttCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTTGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGACGCAAGCTCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGAGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCa > 1:3683525/1‑148 (MQ=255)
ttCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCa < 2:3457355/148‑1 (MQ=255)
ttCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCa > 1:2356508/1‑148 (MQ=255)
ggAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGAt < 1:1491595/148‑1 (MQ=255)
gagaAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATc < 2:2552844/148‑1 (MQ=255)
aaaaTCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCTCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGa > 1:672897/1‑148 (MQ=255)
aaaTCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGAc < 1:3521791/148‑1 (MQ=255)
aTCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTg > 1:2880660/1‑148 (MQ=255)
cAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACa < 1:1113549/148‑1 (MQ=255)
aGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACAt < 2:682241/148‑1 (MQ=255)
agagTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTgag > 1:1306688/1‑148 (MQ=255)
gagTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTgaga > 2:403653/1‑148 (MQ=255)
tCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGt < 2:2892950/148‑1 (MQ=255)
tCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGt > 2:1631800/1‑148 (MQ=255)
ggTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTGGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTg > 2:3492944/1‑148 (MQ=255)
aaGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAgct > 2:3469631/1‑148 (MQ=255)
gCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCTCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAgctgc > 2:2442162/1‑148 (MQ=255)
gCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAgctgc < 2:2238607/148‑1 (MQ=255)
tCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTgg < 2:3069562/148‑1 (MQ=255)
tCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTgg < 1:3220129/148‑1 (MQ=255)
cGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGa < 2:894622/148‑1 (MQ=255)
cGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGa < 2:894633/148‑1 (MQ=255)
cTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGc < 2:2268713/148‑1 (MQ=255)
cTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGc < 1:1048293/148‑1 (MQ=255)
gCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCaa < 1:667013/148‑1 (MQ=255)
cGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAAt < 2:1971466/148‑1 (MQ=255)
gATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACCTTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAAtag > 2:2120286/1‑146 (MQ=255)
atatCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGc > 1:2651773/1‑148 (MQ=255)
atatCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGc > 1:2651896/1‑148 (MQ=255)
atCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGATAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTg < 1:1540585/148‑1 (MQ=255)
atCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTg < 2:1347740/148‑1 (MQ=255)
atCATAGTGCTGGCTGGGGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTg > 2:1955308/1‑148 (MQ=255)
tCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGa > 2:2613011/1‑148 (MQ=255)
tAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACgg < 2:1113659/148‑1 (MQ=255)
aGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGt > 2:653693/1‑148 (MQ=255)
aGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGt < 2:3425087/148‑1 (MQ=255)
tGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGttt < 2:475801/148‑1 (MQ=255)
gctggctgGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTc < 2:3377719/148‑1 (MQ=255)
gctggTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTa > 1:291952/1‑148 (MQ=255)
gctggTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTa < 2:1333227/148‑1 (MQ=255)
ggTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACt < 1:476219/148‑1 (MQ=255)
ggTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACt < 1:1027629/148‑1 (MQ=255)
gtgtGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTa > 2:1426110/1‑148 (MQ=255)
tgtgGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTAt < 2:27882/148‑1 (MQ=255)
gttggtGTTGAGAGAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGTTGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATcgcg < 2:2222710/148‑1 (MQ=255)
gttggtGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGGACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATcgcg < 2:2222726/148‑1 (MQ=255)
tggtGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCt < 2:2637305/148‑1 (MQ=255)
tgtTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGt < 2:3235733/148‑1 (MQ=255)
ttGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCt > 1:735177/1‑148 (MQ=255)
agaAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGa < 2:2176135/148‑1 (MQ=255)
gaAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGAc > 2:2857931/1‑148 (MQ=255)
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acaGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACg < 1:62733/146‑1 (MQ=255)
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AGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACG > SRR19973069.31050/1‑150 (MQ=60)
AGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGAACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTTCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCTCTCGTCTGGAAG > SRR19973069.1621411/1‑150 (MQ=60)
ACAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTT < SRR19973069.63468/150‑1 (MQ=60)
AAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTT < SRR19973069.62961/150‑1 (MQ=60)
GCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGTCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCC < SRR19973069.2901935/150‑1 (MQ=60)
CGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCAC > SRR19973069.1118176/1‑150 (MQ=60)
AAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCAC > SRR19973069.3820550/1‑150 (MQ=60)
CGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTC < SRR19973069.3322844/150‑1 (MQ=60)
CGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTC < SRR19973069.69824/150‑1 (MQ=60)
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GCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCA < SRR19973069.3143670/150‑1 (MQ=60)
AGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACT < SRR19973069.96772/150‑1 (MQ=60)
AGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATC > SRR19973069.2360851/1‑150 (MQ=60)
CATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCGA > SRR19973069.2075291/1‑150 (MQ=60)
TTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCGACA < SRR19973069.2233395/150‑1 (MQ=60)
CATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTTGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCGACAAA > SRR19973069.101388/1‑150 (MQ=60)
CATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCGACAAA > SRR19973069.894247/1‑150 (MQ=60)
CATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCGACAAA > SRR19973069.2824823/1‑150 (MQ=60)
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ACTGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCGACAAA > CP009273/4125258‑4125556
|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |