Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,099,341 |
T→G |
28.2% |
L66F (TTA→TTC) |
wbbI ← |
d‑Galf:alpha‑d‑Glc beta‑1,6‑galactofuranosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,099,341 | 0 | T | G | 28.2%
| 479.8
/ inf
| 390 | L66F (TTA→TTC) | wbbI | d‑Galf:alpha‑d‑Glc beta‑1,6‑galactofuranosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (147/133); new base G (62/48); total (209/181) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 399 total aligned reads displayed.
TCACAGGTAGCAAGCCGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCAGTGCATCTTTTCTTGCTTT > CP009273/2099192‑2099490
|
tCACAGGTAGCAAGCCGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAAtt > 1:996549/1‑150 (MQ=255)
tCACAGGTAGCAAGCCGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAAtt < 2:5254476/150‑1 (MQ=255)
cacaGGTAGCAAGCCGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTa > 2:2384271/1‑150 (MQ=255)
cacaGGTAGCAAGCCGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTa < 2:815629/150‑1 (MQ=255)
acaGGTAGCAAGCCGAACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATTAATCAGATGTACTATTCTAAATTTTTTAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTaa < 1:4504307/150‑1 (MQ=255)
caGGTAGCAAGCCGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCCTCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAACATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTaaa < 1:1272054/150‑1 (MQ=255)
caGGTAGCAAGCCGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTaaa > 1:4371629/1‑150 (MQ=255)
tAGCAAGCCGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACAt < 2:4551111/150‑1 (MQ=255)
tAGCAAGCCGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACAt < 2:3950748/150‑1 (MQ=255)
gCAAGCCGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCt < 2:1532531/150‑1 (MQ=255)
gCAAGCCGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCt < 1:3169163/150‑1 (MQ=255)
cAAGCCGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCtt > 2:3234679/1‑150 (MQ=255)
gCCGCACAGTATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTGTAt < 2:5087034/150‑1 (MQ=255)
ccGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACAtatttatt < 2:3158770/150‑1 (MQ=255)
ccGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTAtt < 2:4494176/150‑1 (MQ=255)
ccGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCATAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTAtt < 2:4300623/150‑1 (MQ=255)
cacaGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTc < 2:1366292/150‑1 (MQ=255)
acaGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCa > 2:3367130/1‑150 (MQ=255)
agtaTCACTACCCCCTGCTCCTCTTTATTCATCAATATCTTGAATCTGTGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGATAGTATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGTAAATTAAATCATCTTTATTTTCAAg < 1:2334272/147‑1 (MQ=255)
aaTCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGAc < 2:4421980/150‑1 (MQ=255)
aaTCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGAc > 2:171787/1‑150 (MQ=255)
aaTCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGAc < 1:1661098/150‑1 (MQ=255)
aTCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGAcc < 1:2131047/150‑1 (MQ=255)
tCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCg < 1:2042465/150‑1 (MQ=255)
aCTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCa < 2:3710225/150‑1 (MQ=255)
cTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCag > 1:4295734/1‑150 (MQ=255)
aCCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTCATTTTCAAGACCGCagag > 2:2171047/1‑150 (MQ=255)
aCCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCagag < 1:5250833/150‑1 (MQ=255)
cctcctcctCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAAt < 1:3382066/150‑1 (MQ=255)
ctcctcctcTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATg > 1:852681/1‑150 (MQ=255)
tcctcctcTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGt > 2:401984/1‑150 (MQ=255)
ctcctcTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTAc > 2:2002990/1‑150 (MQ=255)
tAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCtt < 1:763935/150‑1 (MQ=255)
aaTTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTa > 2:3257303/1‑150 (MQ=255)
aaTTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAAAATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTa > 1:3557908/1‑150 (MQ=255)
aTTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTaa > 1:1769391/1‑150 (MQ=255)
aTTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTaa > 2:1181828/1‑150 (MQ=255)
ttCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAAc < 1:2632756/150‑1 (MQ=255)
ttCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAAc < 1:5273731/150‑1 (MQ=255)
ttCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAAc > 2:4532129/1‑150 (MQ=255)
tcatcaATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACa < 2:1587038/150‑1 (MQ=255)
tcatcaATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACa < 1:3946687/150‑1 (MQ=255)
atcaATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGa > 1:1542850/1‑150 (MQ=255)
aaTATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACt > 1:2529313/1‑150 (MQ=255)
atatCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACta > 1:4053895/1‑150 (MQ=255)
atCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACtaat < 1:4683865/150‑1 (MQ=255)
gAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATtc > 2:1892059/1‑150 (MQ=255)
aaTCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATtct > 1:2673343/1‑150 (MQ=255)
aaTCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATtct > 1:2426158/1‑150 (MQ=255)
tCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTctct > 2:2695546/1‑150 (MQ=255)
ncAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTctct > 1:1017214/2‑150 (MQ=255)
cAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTATCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTg > 2:2937690/1‑150 (MQ=255)
agagGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTgg > 2:390319/1‑150 (MQ=255)
gagGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGa > 2:2445857/1‑150 (MQ=255)
gagGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGa > 1:1233886/1‑150 (MQ=255)
agGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGac > 2:2778445/1‑150 (MQ=255)
agGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGac > 2:95664/1‑150 (MQ=255)
ggTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGact < 1:5050769/150‑1 (MQ=255)
gTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGacta > 1:4252977/1‑150 (MQ=255)
tACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGactac < 1:2805782/150‑1 (MQ=255)
aTTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAAAATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATACTCTGGACTACTCCa > 2:4953732/1‑150 (MQ=255)
ttAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAAATAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATagag > 1:533107/1‑150 (MQ=255)
tAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATAAGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTAATTTCAATACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTATGGACTACTCCACCCCATAGAgg > 1:2191270/1‑150 (MQ=255)
gAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGaa > 2:1234060/1‑150 (MQ=255)
aaGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAAt < 1:1627365/150‑1 (MQ=255)
aaGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAAt < 2:2994327/150‑1 (MQ=255)
gTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTaac < 2:1275885/150‑1 (MQ=255)
tGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTaaca < 1:3633477/150‑1 (MQ=255)
aaaGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTaacaac < 1:3131460/150‑1 (MQ=255)
aaGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACGGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAacaaca > 2:4209957/1‑150 (MQ=255)
aaGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAacaaca < 2:866811/150‑1 (MQ=255)
aTGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGaaa < 1:4005040/150‑1 (MQ=255)
tGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAAt < 1:139136/150‑1 (MQ=255)
gACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATg > 1:4926569/1‑150 (MQ=255)
cAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGtt > 1:4803488/1‑150 (MQ=255)
aaTATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGttt > 1:2973509/1‑150 (MQ=255)
atatGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCa > 2:3123596/1‑150 (MQ=255)
cAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCt < 2:2893154/150‑1 (MQ=255)
aaaaTGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTg < 1:3532193/150‑1 (MQ=255)
aaaaTGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTg > 2:3505739/1‑150 (MQ=255)
tGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGc < 1:3855072/150‑1 (MQ=255)
ggTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCa > 1:4763222/1‑150 (MQ=255)
ggTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCa > 2:264928/1‑150 (MQ=255)
ggTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCa > 2:704095/1‑150 (MQ=255)
tttGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAAt > 1:1178827/1‑150 (MQ=255)
ccATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCa > 2:1087645/1‑150 (MQ=255)
cATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCAg > 2:5306682/1‑150 (MQ=255)
cATCGGGAAATTGAAAATTAAAACAACTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTACCAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAAGGTCCAg < 2:1404931/150‑1 (MQ=255)
aTCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCAGt < 1:4448730/150‑1 (MQ=255)
gggAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCAGTGCa < 2:4799073/150‑1 (MQ=255)
gAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCAGTGCATc > 1:3250187/1‑150 (MQ=255)
aaaTTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACACCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCAGAGCATCt > 2:1434059/1‑150 (MQ=255)
ttGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCAGTGCATCtttt > 2:4713281/1‑150 (MQ=255)
gAAACTGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTACCAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCAGTGCATCTTTTCt < 2:2268397/150‑1 (MQ=255)
gAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCAGTGCATTTTTTCt < 1:4153962/150‑1 (MQ=255)
gAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCAGTGCATTTTTTCt < 1:1097481/150‑1 (MQ=255)
aaaaTTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCAGTGCATCTTTTCtt < 2:4053895/150‑1 (MQ=255)
aaaTTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCAGTGCATCTTTTCTTg > 2:5029445/1‑150 (MQ=255)
aaaTGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGACTGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCAGTGCATCTTTTCTTg > 1:4310369/1‑150 (MQ=255)
aaaTGAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCAGTGCATCTTTTCTTg > 1:3943970/1‑150 (MQ=255)
|
TCACAGGTAGCAAGCCGCACAGAATCACTACCCCCTCCTCCTCTTAATTCATCAATATCATGAATCAGAGGTACTATTCTAAATTTTAGAAGGCGGTGAAAGAATGACAATATATGCCAAAATGGTTTGGCCATCGGGAAATTGAAAATTAAAACATCTTTATTTTCAAGACCGCAGAGAAATGTACTAAGCTTAACAGAACTAATAATTCTCTGGACTACTCCACCCCATAGAGGAATGTTAACAACAGAAATGTTTTCATAATCTGAAGCAATGTCCAGTGCATCTTTTCTTGCTTT > CP009273/2099192‑2099490
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
