Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,411,263 |
T→A |
11.7% |
V235E (GTG→GAG) |
yfcC → |
putative inner membrane transporter, C4‑dicarboxylate anaerobic carrier family |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,411,263 | 0 | T | A | 11.7%
| 921.3
/ 84.5
| 315 | V235E (GTG→GAG) | yfcC | putative inner membrane transporter, C4‑dicarboxylate anaerobic carrier family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (139/138); new base A (18/19); total (157/158) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
GGGCTATGACAGTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCGTTTACCTTT > CP009273/2411114‑2411411
|
ggCTATGACAGTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCgtggtg < 1:4319868/150‑1 (MQ=255)
cTATGACAGTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGagtg > 2:440868/1‑150 (MQ=255)
aTGACAGTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTggg < 1:3271991/150‑1 (MQ=255)
gACAGTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGtt < 2:679856/150‑1 (MQ=255)
gACAGTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGtt < 2:3987030/150‑1 (MQ=255)
aGTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATc < 1:2199857/150‑1 (MQ=255)
aGTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGATTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATc > 2:232387/1‑150 (MQ=255)
gTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCg < 1:1443018/150‑1 (MQ=255)
gTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCg > 2:1895484/1‑150 (MQ=255)
tATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGc < 1:1036164/150‑1 (MQ=255)
ttACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCa < 1:5126178/150‑1 (MQ=255)
accaccGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCAct < 1:3955481/150‑1 (MQ=255)
caccGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCActct < 2:4925588/150‑1 (MQ=255)
cGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGAt < 2:213244/150‑1 (MQ=255)
tCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCTGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGGTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTg < 1:3609037/150‑1 (MQ=255)
ccTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTgg < 2:4671825/150‑1 (MQ=255)
gACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGGGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGAt > 1:755557/1‑150 (MQ=255)
aCCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATc > 2:3242707/1‑150 (MQ=255)
ccTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCAACTCTGATTGGCCTGATCt < 2:753033/150‑1 (MQ=255)
cTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCtt > 1:5283840/1‑150 (MQ=255)
atatTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTa > 2:2947022/1‑150 (MQ=255)
atatTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTa < 2:1076778/150‑1 (MQ=255)
ttGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACACGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCa < 1:2782792/150‑1 (MQ=255)
gCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATg < 2:875103/150‑1 (MQ=255)
gCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTa > 2:4228585/1‑150 (MQ=255)
cAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTAc < 2:3895230/150‑1 (MQ=255)
aaaTCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTAAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGGTGCGCATCGTGGTGTGGGTTAACGCCACGCTGATTGGCCTGATCTATACCATGGTGTaag > 1:4841527/1‑148 (MQ=255)
aaTCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGc > 1:1118389/1‑150 (MQ=255)
aTCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTTTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGcc > 2:3517566/1‑150 (MQ=255)
cGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGGTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTc > 1:26737/1‑150 (MQ=255)
ggTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCa > 1:1607102/1‑150 (MQ=255)
ggTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCa < 1:2893422/150‑1 (MQ=255)
tGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGt < 2:1945745/150‑1 (MQ=255)
tGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGt < 1:1153771/150‑1 (MQ=255)
tGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGt < 2:4106966/150‑1 (MQ=255)
gCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTg < 2:1327545/150‑1 (MQ=255)
aGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGaaa > 1:1510523/1‑150 (MQ=255)
aGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGaaa > 1:1649523/1‑150 (MQ=255)
aGTTCGTGGATGAACCCGTTGTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGaaa < 2:2709663/150‑1 (MQ=255)
tCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAg < 1:4899840/150‑1 (MQ=255)
cGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGa > 2:1798442/1‑150 (MQ=255)
cGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGa < 1:4211802/150‑1 (MQ=255)
gTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGaa < 2:3094141/150‑1 (MQ=255)
tGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTTATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAAt > 2:2770397/1‑150 (MQ=255)
ggATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATc > 1:167763/1‑150 (MQ=255)
gATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATcc > 2:1215502/1‑150 (MQ=255)
gATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATcc > 2:363172/1‑150 (MQ=255)
tGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCctc > 1:4250862/1‑150 (MQ=255)
tGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCctc < 2:2217114/150‑1 (MQ=255)
gAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCctct > 2:1554270/1‑150 (MQ=255)
aaCCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCtctt < 2:2510944/150‑1 (MQ=255)
cccGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCtcttct > 2:2272622/1‑150 (MQ=255)
cccGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCtcttct > 2:2246481/1‑150 (MQ=255)
ggTTTTGTGTGGTCGTTGCTCTGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGAATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGTTCTTTACCATGGTGTACGCCTCTCGAGTGAAAAAGTATCCTCTTCTGt < 2:5154669/149‑1 (MQ=255)
gTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTc > 1:3093486/1‑150 (MQ=255)
gTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTc > 2:5024696/1‑150 (MQ=255)
gTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTc > 1:281701/1‑150 (MQ=255)
ttttGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCa < 2:1624453/150‑1 (MQ=255)
gtgtgGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCAcgcg < 2:1291963/150‑1 (MQ=255)
gtgtgGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCAcgcg < 1:1573773/150‑1 (MQ=255)
tgGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGc < 1:5144526/150‑1 (MQ=255)
gTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCAt < 2:4575103/150‑1 (MQ=255)
gTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAg > 1:4384693/1‑150 (MQ=255)
tGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTc > 2:3666192/1‑150 (MQ=255)
cAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGAc > 2:1020736/1‑150 (MQ=255)
cAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGAc > 2:3026686/1‑150 (MQ=255)
aGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGAcc < 2:526450/150‑1 (MQ=255)
gggATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCga < 1:1734604/150‑2 (MQ=255)
ggATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGct < 1:63157/150‑1 (MQ=255)
ggATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGct < 1:2245548/150‑1 (MQ=255)
aTTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGcttc < 1:3517566/150‑1 (MQ=255)
aTTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGcttc < 2:2880767/150‑1 (MQ=255)
aTTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGcttc < 1:4556136/150‑1 (MQ=255)
ttGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGcttct < 1:2383711/150‑1 (MQ=255)
ccGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTc < 1:5196398/150‑1 (MQ=255)
ggCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGt < 1:543811/150‑1 (MQ=255)
cGTTCCAGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGa > 2:3455416/1‑150 (MQ=255)
gTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGaa > 1:1711936/1‑150 (MQ=255)
ccGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCTCGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAg < 1:4773394/150‑1 (MQ=255)
ccGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAg < 2:1390599/150‑1 (MQ=255)
ccGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAg < 2:4783799/150‑1 (MQ=255)
ggTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCa > 2:2681139/1‑150 (MQ=255)
ggTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCa > 1:2343098/1‑150 (MQ=255)
ggTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCa > 1:18569/1‑150 (MQ=255)
ggTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCa > 2:4532624/1‑150 (MQ=255)
tGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAgg > 1:2472115/1‑150 (MQ=255)
tGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAgg > 1:4566994/1‑150 (MQ=255)
cTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCt > 2:1751784/1‑150 (MQ=255)
cTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGa > 1:3179191/1‑150 (MQ=255)
cGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGaaca > 1:1129522/1‑150 (MQ=255)
gTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACg < 1:3748484/150‑1 (MQ=255)
tGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTc > 2:2416159/1‑150 (MQ=255)
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gcgcATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTGTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGTCCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTcc < 2:3163536/150‑1 (MQ=255)
gcATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCAGACCTCTTCTTTCGTGAAAAGCAGTCTGATGTTGAACAACGTCCGt > 1:3992350/1‑150 (MQ=255)
cGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCGTTTAc < 1:4170104/150‑1 (MQ=255)
gtggagTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCGTTTAcc < 1:4654659/150‑1 (MQ=255)
ggtgTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCGTTTACCtt < 1:886477/150‑1 (MQ=255)
gtgtGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTACTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCGTTTACCttt < 1:3584050/150‑1 (MQ=255)
|
GGGCTATGACAGTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCGTTTACCTTT > CP009273/2411114‑2411411
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
