Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,411,273 |
C→A |
12.5% |
I238I (ATC→ATA) |
yfcC → |
putative inner membrane transporter, C4‑dicarboxylate anaerobic carrier family |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,411,273 | 0 | C | A | 12.5%
| 1006.5
/ 73.5
| 314 | I238I (ATC→ATA) | yfcC | putative inner membrane transporter, C4‑dicarboxylate anaerobic carrier family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (135/139); new base A (17/22); total (152/162) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
AGTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCGTTTACCTTTGGTGACT > CP009273/2411124‑2411418
|
aGTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATc > 1:4876977/1‑150 (MQ=255)
aGTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATc < 1:2199857/150‑1 (MQ=255)
aGTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGATTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATc > 2:232387/1‑150 (MQ=255)
gTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCg < 1:1443018/150‑1 (MQ=255)
tATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGc < 1:1036164/150‑1 (MQ=255)
aTTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGcc > 1:1127935/1‑150 (MQ=255)
ttACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCa < 2:2914563/150‑1 (MQ=255)
caccGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTTGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCActct > 2:495611/1‑150 (MQ=255)
caccGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCActct > 2:2660494/1‑150 (MQ=255)
ccGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTGTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGa < 2:5240144/150‑1 (MQ=255)
gTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGAtt > 2:346732/1‑150 (MQ=255)
gTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGAtt > 2:1133180/1‑150 (MQ=255)
ccTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGAGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTgg > 2:3584050/1‑150 (MQ=255)
tGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGa < 2:4729376/150‑1 (MQ=255)
gACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGAt < 2:4126695/150‑1 (MQ=255)
gACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGAt < 1:1613648/150‑1 (MQ=255)
aCCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATc < 1:347713/150‑1 (MQ=255)
ccTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCAACTCTGATTGGCCTGATCt < 2:753033/150‑1 (MQ=255)
cTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCtt > 1:2822539/1‑150 (MQ=255)
tataTTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCttt < 1:3870459/150‑1 (MQ=255)
atatTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTa > 1:2062348/1‑150 (MQ=255)
tGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCAt < 1:5261759/150‑1 (MQ=255)
gCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATg < 2:875103/150‑1 (MQ=255)
cACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGgt < 1:2753023/150‑1 (MQ=255)
cGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGgtgt > 2:4838595/1‑150 (MQ=255)
cGCAAATCGGTTTTGCCAGCTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGgtgt < 1:169106/150‑1 (MQ=255)
gCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTa > 2:4228585/1‑150 (MQ=255)
cAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTAc < 1:4064453/150‑1 (MQ=255)
aaaTCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACg > 2:451831/1‑150 (MQ=255)
tCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCt > 2:305160/1‑150 (MQ=255)
cGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGGTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTc > 1:26737/1‑150 (MQ=255)
ggTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCa > 1:707534/1‑150 (MQ=255)
ggTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCa > 2:1728080/1‑150 (MQ=255)
ttGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAg > 2:1342260/1‑150 (MQ=255)
gCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTg > 1:5296808/1‑150 (MQ=255)
aGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGaaa > 1:1510523/1‑150 (MQ=255)
aGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGaaa < 2:1943732/150‑1 (MQ=255)
aGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGaaa < 1:1159061/150‑1 (MQ=255)
aGTTCGTGGATGAACCCGTTGTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGaaa < 2:2709663/150‑1 (MQ=255)
tCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAg < 2:2071456/150‑1 (MQ=255)
tGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAAt < 1:3556017/150‑1 (MQ=255)
tGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAAt > 2:4611996/1‑150 (MQ=255)
gATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATcc > 2:1215502/1‑150 (MQ=255)
gATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATcc < 1:2800281/150‑1 (MQ=255)
gATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATcc < 1:1599365/150‑1 (MQ=255)
tGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCctc > 2:456414/1‑150 (MQ=255)
gAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCctct > 2:1554270/1‑150 (MQ=255)
gAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCctct > 1:4763192/1‑150 (MQ=255)
aaCCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCtctt < 2:2510944/150‑1 (MQ=255)
aCCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCtcttc < 2:3938561/150‑1 (MQ=255)
aCCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCtcttc < 1:4299126/150‑1 (MQ=255)
cccGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCtcttct > 2:2272622/1‑150 (MQ=255)
cgatttGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTATGt > 1:4833555/4‑150 (MQ=255)
gTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCCCTCAGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTc > 1:454512/1‑150 (MQ=255)
ttttGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCa < 2:1624453/150‑1 (MQ=255)
ttttGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCa < 1:456429/150‑1 (MQ=255)
gtgtgGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCAcgcg < 1:1573773/150‑1 (MQ=255)
tgtgGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGt > 2:2749031/1‑150 (MQ=255)
tgGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGc > 2:3385990/1‑150 (MQ=255)
tgGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGc < 1:5144526/150‑1 (MQ=255)
ggTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAAAAACCACTACTGACACGCGTGCa > 2:3155253/1‑150 (MQ=255)
gTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCAt > 1:419721/1‑150 (MQ=255)
tCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATg < 1:2982247/150‑1 (MQ=255)
gTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAg > 1:4384693/1‑150 (MQ=255)
ttGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGt < 1:3685323/150‑1 (MQ=255)
gCTCAGGGGAGTGCCGGCGTTCCGGTGCTGTCTGGCTCCGGGTTGCGCCTCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGGGTACGCCTCACGAGTGACAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTcc < 2:5040983/150‑1 (MQ=255)
tCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGa < 1:4244439/150‑1 (MQ=255)
cAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGAc > 2:3013636/1‑150 (MQ=255)
ggATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGct < 1:2245548/150‑1 (MQ=255)
gATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGctt < 2:570339/150‑1 (MQ=255)
aTTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGcttc < 1:3095182/150‑1 (MQ=255)
ttGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGAGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGcttct < 1:2383711/150‑1 (MQ=255)
gCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCttt < 1:5076349/150‑1 (MQ=255)
ccGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTc < 1:1670418/150‑1 (MQ=255)
ccGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTc < 1:5196398/150‑1 (MQ=255)
ggCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGt > 2:3658513/1‑150 (MQ=255)
gCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTg < 1:1137207/150‑1 (MQ=255)
gTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACTCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGaa > 1:1711959/1‑150 (MQ=255)
ccGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAg > 1:3601120/1‑150 (MQ=255)
ccGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAg < 2:1390599/150‑1 (MQ=255)
ggTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCa > 1:2343098/1‑150 (MQ=255)
ggTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCa > 2:1868372/1‑150 (MQ=255)
gTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAg < 1:3980214/150‑1 (MQ=255)
tGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAgg > 1:2472115/1‑150 (MQ=255)
gCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGc < 2:2251066/150‑1 (MQ=255)
cTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATg < 1:586768/150‑1 (MQ=255)
ggCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGtt < 1:780364/150‑1 (MQ=255)
ggTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGaacaac < 2:1032532/150‑1 (MQ=255)
tGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTc > 2:2416159/1‑150 (MQ=255)
gcgcATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTcc < 1:1810746/150‑1 (MQ=255)
cgcATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCg < 2:2822539/150‑1 (MQ=255)
aTCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCGttt > 2:2191425/1‑150 (MQ=255)
aTCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCGttt > 1:3209920/1‑150 (MQ=255)
aTCGTGGGGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCGttt < 2:1779832/150‑1 (MQ=255)
gtggagTGGGTTATAGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCGTTTAcc < 1:4654659/150‑1 (MQ=255)
ggtgTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGACCGTTTACCtt > 2:3240599/1‑150 (MQ=255)
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gtgtGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCGTTTACCttt > 2:1309947/1‑150 (MQ=255)
tgGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCGTTTACCTTTGGt > 1:490273/1‑150 (MQ=255)
ggTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCGTTTACCTTTGGTGa < 2:3821061/150‑1 (MQ=255)
|
AGTATTACCACCGTCCTGGTGACCTATATTGCCACGCAAATCGGTTTTGCCAGTTCGTGGATGAACCCGTTTTGTGTGGTCGTTGCTCAGGGGATTGCCGGCGTTCCGGTGCTTTCTGGCTCCGGGTTGCGCATCGTGGTGTGGGTTATCGCCACTCTGATTGGCCTGATCTTTACCATGGTGTACGCCTCACGAGTGAAAAAGAATCCTCTTCTGTCACGCGTGCATGAGTCCGACCGCTTCTTTCGTGAAAAGCAGGCTGATGTTGAACAACGTCCGTTTACCTTTGGTGACT > CP009273/2411124‑2411418
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
