Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,411,701 |
T→A |
27.8% |
L381* (TTA→TAA) |
yfcC → |
putative inner membrane transporter, C4‑dicarboxylate anaerobic carrier family |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,411,701 | 0 | T | A | 27.8%
| 457.4
/ 224.3
| 277 | L381* (TTA→TAA) | yfcC | putative inner membrane transporter, C4‑dicarboxylate anaerobic carrier family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (80/120); new base A (30/47); total (110/167) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.92e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
TTTCCGCCTTAACGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGTGACGTCCGGTTCTGGTCAGGCGGCGTTAACCATGCCGTTACTGGCA > CP009273/2411552‑2411849
|
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tCCGCCTTAACGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTaa < 2:3958331/150‑1 (MQ=255)
ccGCCTTAACGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTaaa > 2:4288537/1‑150 (MQ=255)
cGCCTTAACGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAAt > 2:1087129/1‑150 (MQ=255)
gCCTTAACGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATa > 1:464113/1‑150 (MQ=255)
ccTTAACGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATAc < 1:616964/150‑1 (MQ=255)
cTTAACGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATAcc < 1:3167359/150‑1 (MQ=255)
cTTAACGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATAcc < 2:4058066/150‑1 (MQ=255)
cTTAACGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCGGGTGGGTTTCGCCAAAGGGAGTTTGCTGCTGGTCGGTAAGGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGGGTAAAATAcc > 1:1593779/1‑150 (MQ=255)
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tAACGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCAt < 2:2484356/150‑1 (MQ=255)
tAACGGCATGACGGTTAATACCAGGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCAt < 2:2009004/150‑1 (MQ=255)
aaCGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATc > 1:4965552/1‑150 (MQ=255)
aaCGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCATc < 1:2968244/150‑1 (MQ=255)
cGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCt < 2:369912/150‑1 (MQ=255)
cGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCt > 1:4596223/1‑150 (MQ=255)
ggCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCATGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTc > 1:1046722/1‑150 (MQ=255)
gCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCa < 1:2454520/150‑1 (MQ=255)
gACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAg > 1:2899951/1‑150 (MQ=255)
gACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAg < 1:3848268/150‑1 (MQ=255)
cGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCa > 1:952343/1‑150 (MQ=255)
ggTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCATCCTCAACAGCAt > 2:3745951/1‑150 (MQ=255)
gTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCATACTCAACAGCAtt > 1:258598/1‑150 (MQ=255)
ttAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCTCCACTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCAAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGAGGGTGATGACAGAGTGTTAAATAAAATCATCAAAAGCATTg > 1:3766242/1‑150 (MQ=255)
ttAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTg < 2:3235197/150‑1 (MQ=255)
ttAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCATCCTCAACAGCATTg < 2:3600858/150‑1 (MQ=255)
ttAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTCTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTg < 2:3235077/150‑1 (MQ=255)
aaTACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGcc > 2:3101395/1‑150 (MQ=255)
aaTACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGcc < 2:159773/150‑1 (MQ=255)
tACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCaa > 1:4128341/1‑150 (MQ=255)
cATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGc > 1:2382037/1‑150 (MQ=255)
tGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCa > 1:565717/1‑150 (MQ=255)
tcTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGTGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCATCAGAATTGACTATGCCAtt < 2:1537356/149‑1 (MQ=255)
ttCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAg < 2:3203277/150‑1 (MQ=255)
ttCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAg > 2:1741780/1‑150 (MQ=255)
aTCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCgg > 2:1244714/1‑150 (MQ=255)
cTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCt < 2:19460/150‑1 (MQ=255)
cTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCt < 2:746050/150‑1 (MQ=255)
tACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAAAGCCATTAGCGGTCTGGa > 1:4954487/1‑150 (MQ=255)
ccGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACa < 1:4035344/150‑1 (MQ=255)
gggCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCgg < 2:3369392/150‑1 (MQ=255)
gcgcGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTc < 1:2744016/150‑1 (MQ=255)
gcgcGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTc < 2:2812673/150‑1 (MQ=255)
cgAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTcgcg > 2:918539/1‑150 (MQ=255)
cgAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTcgcg < 1:2495318/150‑1 (MQ=255)
gAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCgg > 2:4391582/1‑150 (MQ=255)
aaTGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGc < 2:3489305/150‑1 (MQ=255)
aaTGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGc > 2:4337305/1‑150 (MQ=255)
gatgatCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTg < 1:2189282/150‑1 (MQ=255)
gatgatCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTg > 1:2054085/1‑150 (MQ=255)
tgatCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGt < 2:2978902/150‑1 (MQ=255)
gatCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGtt > 1:28240/1‑150 (MQ=255)
gatCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGtt > 2:3688629/1‑150 (MQ=255)
atCGCTCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGttt < 1:3217813/150‑1 (MQ=255)
atCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGttt < 1:4829305/150‑1 (MQ=255)
atCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGttt > 2:4895800/1‑150 (MQ=255)
atCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCATGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGttt < 1:1812991/150‑1 (MQ=255)
ccctgccctgCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGtt < 1:147396/150‑1 (MQ=255)
tgccctgcTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCTGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGct < 1:2653769/150‑1 (MQ=255)
ccctgcTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGctct > 2:871445/1‑150 (MQ=255)
ctgctgGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTc > 2:1128733/1‑150 (MQ=255)
ctgctgGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTc < 1:5160137/150‑1 (MQ=255)
tgctgGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCCGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTcc < 1:5300860/150‑1 (MQ=255)
tggtggGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAgg > 2:641050/1‑150 (MQ=255)
gtggGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCg < 2:2393626/150‑1 (MQ=255)
ggTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTa < 2:5235043/150‑1 (MQ=255)
ggTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTa < 1:2438243/150‑1 (MQ=255)
gTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTAt < 2:1308076/150‑1 (MQ=255)
tttCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTAtt < 2:2153719/150‑1 (MQ=255)
ccAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAAtt < 1:4406244/150‑1 (MQ=255)
ccAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAAtt < 2:3920110/150‑1 (MQ=255)
aGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATttctt > 1:3226648/1‑150 (MQ=255)
gggATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATttcttc < 1:2042891/150‑1 (MQ=255)
ggATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCg < 2:5091310/150‑1 (MQ=255)
ggATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCg > 2:2624518/1‑150 (MQ=255)
ggATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCg < 1:694729/150‑1 (MQ=255)
gATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGt < 1:1031984/150‑1 (MQ=255)
aTTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGTg < 1:779217/150‑1 (MQ=255)
ttGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGTGACg < 1:3678237/150‑1 (MQ=255)
ttGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTAAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGTGACg < 2:2695670/150‑1 (MQ=255)
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ggTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGTGACGTCCGGTTCTGGTCAggcg > 1:1964358/1‑150 (MQ=255)
gAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGTGACGTCCGGTTCTGGTCAGgcggcg < 2:213510/150‑1 (MQ=255)
ggTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGTGACGTCCGGTTCTGGTCAGGCGGCGTTAAcc > 1:4279434/1‑150 (MQ=255)
gTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGTGACGTCCGGTTCTGGTCAGGCGGCGTTAACCa < 2:4769581/150‑1 (MQ=255)
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tGCCAGCGTGTAAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGTGACGTCCGGTTCTGGTCAGGCGGCGTTAACCATGcc < 1:2781065/150‑1 (MQ=255)
gCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGTGACGTCCGGTTCTGGTCAGGCGGCGTTAACCATGCCGTTAc < 2:565717/150‑1 (MQ=255)
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cGTGTAAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGTGACGTCCGGTTCTGGTCAGGCGGCGTTAACCATGCCGTTACt > 1:4293680/1‑150 (MQ=255)
gtgtAAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGTGACGTCCGGTTCTGGTCAGGCGGCGTTAACCATGCCGTTACTg > 1:5208209/1‑150 (MQ=255)
ttAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGTGACGTCCGGGTCTGGTCAGGCGGCGTTAACCATGCCGTTACTGGCa > 2:488124/1‑150 (MQ=255)
|
TTTCCGCCTTAACGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGTGACGTCCGGTTCTGGTCAGGCGGCGTTAACCATGCCGTTACTGGCA > CP009273/2411552‑2411849
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
