Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F56 I0 R1
|
543 |
285.0 |
9366284 |
95.7% |
8963533 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
401,692 |
T→C |
6.3% |
intergenic (+14/‑169) |
yaiI → / → aroL |
UPF0178 family protein/shikimate kinase II |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 401,692 | 0 | T | C | 6.3%
| 1069.6
/ 43.1
| 315 | intergenic (+14/‑169) | yaiI/aroL | UPF0178 family protein/shikimate kinase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (140/155); new base C (4/16); total (144/171) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
GCGATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGA > CP009273/401545‑401840
|
gcgATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTattatt < 1:3580477/149‑1 (MQ=255)
gATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTa < 1:683707/149‑1 (MQ=255)
gATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTa > 2:689774/1‑149 (MQ=255)
ttttATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTaca > 2:1476236/1‑149 (MQ=255)
tttATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTacac < 1:2951108/149‑1 (MQ=255)
tATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACtt > 1:1320209/1‑149 (MQ=255)
aTGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTc > 1:1602033/1‑149 (MQ=255)
aTGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTc > 1:1603925/1‑149 (MQ=255)
aTACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTc < 1:1711531/149‑1 (MQ=255)
tACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCt < 2:2910381/149‑1 (MQ=255)
tACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCt < 1:2828634/149‑1 (MQ=255)
aCCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCtt > 1:4345506/1‑149 (MQ=255)
ccTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTg < 2:2986035/149‑1 (MQ=255)
cTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGa < 2:2588652/149‑1 (MQ=255)
ttACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGaa > 2:146186/1‑149 (MQ=255)
ttACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGaa > 1:3094084/1‑149 (MQ=255)
tACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAat > 2:1757109/1‑149 (MQ=255)
tACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAat > 1:2013636/1‑149 (MQ=255)
aCGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAata < 2:624252/149‑1 (MQ=255)
tGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGACGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAAtattt > 2:2858573/1‑149 (MQ=255)
ccAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAAtatttat < 1:373681/149‑1 (MQ=255)
gTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTgg < 2:2123978/149‑1 (MQ=255)
ggATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGtat < 2:1518819/149‑1 (MQ=255)
ggATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGtat < 1:279333/149‑1 (MQ=255)
ggATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGtat < 2:1835729/149‑1 (MQ=255)
aGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTaat > 1:2159582/1‑148 (MQ=255)
gACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAgg > 2:1563646/1‑149 (MQ=255)
ccGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAgggg < 1:3884387/149‑1 (MQ=255)
ggcggACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGgtg < 1:2553092/149‑1 (MQ=255)
ggcggACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGgtg < 2:334493/149‑1 (MQ=255)
gACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTAtt > 2:922666/1‑149 (MQ=255)
aCCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTg > 2:243331/1‑149 (MQ=255)
aCCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTg > 1:1002301/1‑149 (MQ=255)
ccAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTga < 1:3347361/149‑1 (MQ=255)
aTAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCTGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGAtt < 2:2072080/149‑1 (MQ=255)
tAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGAttt < 2:195516/149‑1 (MQ=255)
tAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAAGGGTGTATTGAGAttt > 1:469604/1‑149 (MQ=255)
aGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGAtttt < 2:1290751/149‑1 (MQ=255)
aGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGAtttt > 2:2145411/1‑149 (MQ=255)
ccTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCa < 1:3620806/149‑1 (MQ=255)
ttCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACtt < 1:2590949/149‑1 (MQ=255)
tCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACttt < 2:4133794/149‑1 (MQ=255)
tCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACttt < 2:4191352/149‑1 (MQ=255)
tCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGGGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACttt < 2:3976736/149‑1 (MQ=255)
caACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAg < 2:4390315/149‑1 (MQ=255)
caACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAg < 1:2017401/149‑1 (MQ=255)
aaCGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGt > 1:707812/1‑149 (MQ=255)
aCGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTg > 2:675653/1‑149 (MQ=255)
cGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTgg < 1:2190080/149‑1 (MQ=255)
gTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGa > 1:2124504/1‑149 (MQ=255)
gTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGa < 1:4045033/149‑1 (MQ=255)
aCCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAAtt > 2:740313/1‑149 (MQ=255)
gCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAAttttt < 2:329065/149‑1 (MQ=255)
cAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTTGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTc > 2:4095047/1‑149 (MQ=255)
cAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTc > 1:4245441/1‑149 (MQ=255)
aGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCt > 1:2041543/1‑149 (MQ=255)
aGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAAGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCt > 2:2577042/1‑149 (MQ=255)
ccTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTa < 1:1947918/149‑1 (MQ=255)
gcgGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGaa > 2:2379705/1‑149 (MQ=255)
ggAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAAt < 1:1084830/149‑1 (MQ=255)
cTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTa < 2:3681436/149‑1 (MQ=255)
tGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTAc < 1:4506856/149‑1 (MQ=255)
gagaAGTGGTGGCTGGAAGTGCACCGGAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTa < 2:2838797/149‑1 (MQ=255)
gagaAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTa < 1:964973/149‑1 (MQ=255)
gaAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGACATTGTACTAGt > 2:2617534/1‑149 (MQ=255)
aaGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGtt < 2:178663/149‑1 (MQ=255)
aaGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGtt < 1:3190813/149‑1 (MQ=255)
aaGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGtt < 1:902363/149‑1 (MQ=255)
gtggtgGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTg > 2:1448447/1‑149 (MQ=255)
gtggtgGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTg < 1:1500171/149‑1 (MQ=255)
gtggtgGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTg > 2:3785282/1‑149 (MQ=255)
gtggtgGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTg < 1:3228555/149‑1 (MQ=255)
tggCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATgg > 2:3254590/1‑149 (MQ=255)
gCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTa < 2:4322165/149‑1 (MQ=255)
ggAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGa < 2:314159/149‑1 (MQ=255)
aGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCg < 1:1476467/149‑1 (MQ=255)
gTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGc < 1:3278279/149‑1 (MQ=255)
tGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCt < 2:2024980/149‑1 (MQ=255)
gCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGACATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTa > 2:389014/1‑149 (MQ=255)
aaCGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTAtt > 2:2207560/1‑149 (MQ=255)
aGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCAt > 1:562161/1‑149 (MQ=255)
gTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATg > 2:3629320/1‑149 (MQ=255)
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attTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCg > 2:463129/1‑149 (MQ=255)
|
GCGATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGA > CP009273/401545‑401840
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
