Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F98 I0 R1
|
799 |
294.1 |
9752082 |
92.2% |
8991419 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
401,692 |
T→C |
22.4% |
intergenic (+14/‑169) |
yaiI → / → aroL |
UPF0178 family protein/shikimate kinase II |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 401,692 | 0 | T | C | 22.4%
| 520.3
/ 159.5
| 246 | intergenic (+14/‑169) | yaiI/aroL | UPF0178 family protein/shikimate kinase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (74/117); new base C (18/37); total (92/154) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
GCGCGATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGAC > CP009273/401543‑401841
|
gcgcGATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTtattat > 2:237659/1‑150 (MQ=255)
cgcgATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTattatt < 1:3069838/150‑1 (MQ=255)
cgcgATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTattatt < 1:2183526/150‑1 (MQ=255)
gcgATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTActt < 2:1054565/150‑1 (MQ=255)
gATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTac < 1:786469/150‑1 (MQ=255)
gATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTac > 2:1544671/1‑150 (MQ=255)
aTTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTaca > 2:130654/1‑150 (MQ=255)
aTTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTaca < 2:2835481/150‑1 (MQ=255)
ttATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACtt > 2:3078148/1‑150 (MQ=255)
gATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTc < 2:3238151/150‑1 (MQ=255)
gATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTc > 1:2792489/1‑150 (MQ=255)
aCCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTg < 2:3765332/150‑1 (MQ=255)
aCCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGAGAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTg < 2:4490580/150‑1 (MQ=255)
ccTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGa > 1:3629417/1‑150 (MQ=255)
ttACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAat > 2:3443173/1‑150 (MQ=255)
ttACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAat > 2:447579/1‑150 (MQ=255)
ttACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTACACTTCATTCTTGAat > 1:1542535/1‑150 (MQ=255)
tACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAata < 2:4635078/150‑1 (MQ=255)
cGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAAtatt < 2:2596036/150‑1 (MQ=255)
cAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTg < 2:2051852/150‑1 (MQ=255)
cAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCAGTCTTGAATATTTATTg > 1:3906393/1‑150 (MQ=255)
tGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGTAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGta < 2:1012158/150‑1 (MQ=255)
gATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAg > 2:4158602/1‑150 (MQ=255)
tCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTa < 2:2759231/150‑1 (MQ=255)
ccAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCACCGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTaa < 1:3818202/150‑1 (MQ=255)
ccAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTaa > 2:2968252/1‑150 (MQ=255)
cAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAg > 2:2037348/1‑150 (MQ=255)
aGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAgg > 2:2199023/1‑150 (MQ=255)
ggcggACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGgtgt > 2:3007861/1‑150 (MQ=255)
ggcggACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGgtgt < 2:4109233/150‑1 (MQ=255)
gcggACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTa < 1:2623847/150‑1 (MQ=255)
gACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTg < 1:3773859/150‑1 (MQ=255)
gACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTg < 1:1311370/150‑1 (MQ=255)
aCCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTga < 2:1938325/150‑1 (MQ=255)
ccAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTACTTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTgag > 1:2944506/1‑150 (MQ=255)
cAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTgaga < 2:2869270/150‑1 (MQ=255)
aGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGAt > 1:4269368/1‑150 (MQ=255)
gATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGAtt < 2:3974571/150‑1 (MQ=255)
aTAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTGTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGAttt < 2:4355568/150‑1 (MQ=255)
tAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGAtttt < 2:1700939/150‑1 (MQ=255)
tAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGAtttt < 2:2397919/150‑1 (MQ=255)
ccTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTACACTTCCTTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCAc < 1:1991416/150‑1 (MQ=255)
cTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACt < 1:258389/150‑1 (MQ=255)
cTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACt < 1:1239490/150‑1 (MQ=255)
ttCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACttt < 1:2726954/150‑1 (MQ=255)
tCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTa < 2:642057/150‑1 (MQ=255)
cacaACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTGTaa > 2:2678770/1‑150 (MQ=255)
aaCGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTg < 2:2167835/150‑1 (MQ=255)
aCGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTgg > 1:1398009/1‑150 (MQ=255)
gTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGaa > 2:4135245/1‑150 (MQ=255)
gTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGaa < 2:805557/150‑1 (MQ=255)
gACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGTCTAAATTTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAAtt < 2:3853434/150‑1 (MQ=255)
gACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAAtt > 2:177276/1‑150 (MQ=255)
gACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAAtt < 1:2579563/150‑1 (MQ=255)
gACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAAtt < 1:3550277/150‑1 (MQ=255)
aCCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAAttt < 2:1274377/150‑1 (MQ=255)
ccGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGTAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAAtttt < 2:4172950/150‑1 (MQ=255)
ccGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAAtttt < 1:4107549/150‑1 (MQ=255)
cGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAAttttt < 2:3861530/150‑1 (MQ=255)
ccAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTc < 1:245042/150‑1 (MQ=255)
ccAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTc < 1:2677150/150‑1 (MQ=255)
cAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCt > 2:2482609/1‑150 (MQ=255)
aGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCtt > 1:574787/1‑150 (MQ=255)
aGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCtt < 2:3318495/150‑1 (MQ=255)
ggCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCttt < 1:676470/150‑1 (MQ=255)
ggCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCttt > 1:1536499/1‑150 (MQ=255)
gCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTa < 1:1863163/150‑1 (MQ=255)
tttGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACaa > 2:3277059/1‑150 (MQ=255)
ttGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGTGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAAt < 2:4663201/150‑1 (MQ=255)
tGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGATTTTTTTCTTTACAATc < 1:3351730/150‑1 (MQ=255)
tGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATc > 1:2143230/1‑150 (MQ=255)
tGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATc < 1:116527/150‑1 (MQ=255)
cgcgGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGaa > 1:1029770/1‑150 (MQ=255)
ggAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTAAAATCGAAAtg > 2:4606068/1‑149 (MQ=255)
gtggCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATgg < 2:4616372/150‑1 (MQ=255)
tggCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGt < 1:3854844/150‑1 (MQ=255)
ggCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTTACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTa < 2:2867393/150‑1 (MQ=255)
gCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTAt < 1:4117113/150‑1 (MQ=255)
tGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGa > 2:2123637/1‑150 (MQ=255)
ggAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGAt < 1:237659/150‑1 (MQ=255)
gANGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATc > 2:2104975/1‑150 (MQ=255)
aaGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCg > 1:3035837/1‑150 (MQ=255)
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tttACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGAc < 2:299804/150‑1 (MQ=255)
|
GCGCGATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGAC > CP009273/401543‑401841
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
