Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F56 I0 R1
|
543 |
285.0 |
9366284 |
95.7% |
8963533 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,983,868 |
G→T |
41.9% |
intergenic (‑149/‑45) |
yqeK ← / → ygeF |
uncharacterized protein/pseudogene |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,983,868 | 0 | G | T | 41.9%
| 207.2
/ 309.1
| 229 | intergenic (‑149/‑45) | yqeK/ygeF | uncharacterized protein/pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (74/59); new base T (48/48); total (122/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.06e-01 |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
TGTATACCTCACATTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAA > CP009273/2983720‑2984016
|
tGTATACCTCACATTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAg > 2:2290998/1‑149 (MQ=255)
tGTATACCTCACATTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAg > 2:2425005/1‑149 (MQ=255)
atcccTCACATTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTg > 2:4363214/4‑149 (MQ=255)
ataCCTCACATTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTg < 2:2383316/149‑1 (MQ=255)
cacaTTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAAtt < 1:2262523/149‑1 (MQ=255)
cacaTTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAAtt > 2:3590170/1‑149 (MQ=255)
cacaTTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAAtt < 1:4434013/149‑1 (MQ=255)
acaTTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTc < 2:1145198/149‑1 (MQ=255)
ttttACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGAt < 2:3961049/149‑1 (MQ=255)
ttttACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGAt < 2:1627093/149‑1 (MQ=255)
tttACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGAtt < 1:4072000/149‑1 (MQ=255)
ccGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGc < 2:3573255/149‑1 (MQ=255)
tGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGctct > 1:1915315/1‑149 (MQ=255)
tGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGctct > 1:4135012/1‑149 (MQ=255)
gACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTa > 2:2123440/1‑149 (MQ=255)
gACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTa > 2:180691/1‑149 (MQ=255)
aCTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTaa < 2:2511338/149‑1 (MQ=255)
aCTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTaa > 1:3082471/1‑149 (MQ=255)
cTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAAt < 1:1036441/149‑1 (MQ=255)
cTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAAt < 2:3863644/149‑1 (MQ=255)
ttACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATga < 2:1703439/149‑1 (MQ=255)
tACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATgag > 2:4207481/1‑149 (MQ=255)
tACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATgag > 2:1818920/1‑149 (MQ=255)
tACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATgag < 1:4307771/149‑1 (MQ=255)
aCTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATgaga > 2:3415022/1‑149 (MQ=255)
aCTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATgaga > 1:3014953/1‑149 (MQ=255)
tGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATgagaga > 2:784714/1‑149 (MQ=255)
ttCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGaaa < 2:4135012/149‑1 (MQ=255)
tCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAAt < 1:2440474/149‑1 (MQ=255)
aataatCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGt > 2:2248515/1‑149 (MQ=255)
ataatCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTa < 2:1464549/149‑1 (MQ=255)
ataatCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTa > 2:3204134/1‑149 (MQ=255)
taatCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTaa > 1:1857080/1‑149 (MQ=255)
taatCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTaa < 1:4340952/149‑1 (MQ=255)
taatCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTaa < 2:633906/149‑1 (MQ=255)
aCCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGa < 1:4400151/149‑1 (MQ=255)
ccTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGaa > 1:4495208/1‑149 (MQ=255)
ccTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGaa < 2:302879/149‑1 (MQ=255)
ccTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGaa > 2:2189660/1‑149 (MQ=255)
cTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAg > 1:2670761/1‑149 (MQ=255)
tCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGcc > 2:599349/1‑149 (MQ=255)
tCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGcc > 2:2939294/1‑149 (MQ=255)
ccATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGccc > 2:2641578/1‑148 (MQ=255)
ccATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCa > 2:332991/1‑149 (MQ=255)
ccATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCa < 1:207860/149‑1 (MQ=255)
ccATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAACTGTAAAATGAAGCCa > 2:2750534/1‑149 (MQ=255)
ccATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCa > 2:1257396/1‑149 (MQ=255)
cATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCAc > 1:2026972/1‑149 (MQ=255)
cATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCAc < 1:1980772/149‑1 (MQ=255)
cATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATAAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCAc < 1:832635/149‑1 (MQ=255)
aTCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACg > 1:3528820/1‑149 (MQ=255)
aTACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAat > 1:1549362/1‑149 (MQ=255)
aCTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAatat < 1:2251731/149‑1 (MQ=255)
aTTAATACCCCTAATGTGCCGATAACTAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATtaataa < 1:571320/149‑1 (MQ=255)
ttAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTaataat < 2:784207/149‑1 (MQ=255)
tAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAataata < 2:548480/149‑1 (MQ=255)
aaTACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAg < 1:3305964/149‑1 (MQ=255)
aTACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGc < 1:1283363/149‑1 (MQ=255)
aTACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGc < 1:137856/149‑1 (MQ=255)
tACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGcc > 1:3601174/1‑149 (MQ=255)
aCCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCt > 2:4069069/1‑149 (MQ=255)
cccTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTAc > 2:780073/1‑149 (MQ=255)
tAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCAc < 2:2440224/149‑1 (MQ=255)
aaaTGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCAc < 1:2534080/148‑1 (MQ=255)
aTGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTg > 2:926868/1‑149 (MQ=255)
tgCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCaa > 1:106153/1‑149 (MQ=255)
ccGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAAcc < 2:2507074/149‑1 (MQ=255)
ccGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAAcc < 1:2787289/149‑1 (MQ=255)
cGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCa < 2:841704/149‑1 (MQ=255)
cGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCa > 1:90487/1‑149 (MQ=255)
tAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTa > 1:1081219/1‑149 (MQ=255)
aaCAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAg > 2:1509145/1‑149 (MQ=255)
cAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGtt < 1:2892599/149‑1 (MQ=255)
aaTATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGTTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTcc < 1:3129024/149‑1 (MQ=255)
tataGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTg > 1:653588/1‑149 (MQ=255)
aGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATc < 2:4495208/149‑1 (MQ=255)
aGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATc < 2:2822216/149‑1 (MQ=255)
gTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCa < 2:2666372/149‑1 (MQ=255)
ttCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGgag > 2:1609173/1‑149 (MQ=255)
cGTAACGTCTCCATTAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACaa < 1:4182790/149‑1 (MQ=255)
aaCGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACaaaaa > 2:1032322/1‑149 (MQ=255)
aCGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAAt > 2:2305622/1‑149 (MQ=255)
gTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATaa > 1:2086705/1‑149 (MQ=255)
aTAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGaaaaa > 1:154156/1‑149 (MQ=255)
tAAGGTGATATTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAAt < 2:1179164/149‑1 (MQ=255)
tGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAaga > 1:3883262/1‑149 (MQ=255)
tatTTGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGaa < 1:3638782/149‑1 (MQ=255)
tGACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATcc < 1:4682555/149‑1 (MQ=255)
gACATTATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCg > 1:2366332/1‑149 (MQ=255)
gACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCg > 1:3066191/1‑149 (MQ=255)
gACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCg > 1:727070/1‑149 (MQ=255)
aTTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTa > 2:21297/1‑149 (MQ=255)
ttATCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCACCCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTaa > 1:963132/1‑149 (MQ=255)
ttATCAGAAGCTGCGAATTCTGATTTTGCTCTTATCAAATGAGAGATTTGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTAACACTGCAAACATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTaa < 1:2750534/149‑1 (MQ=255)
ttATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTaa < 1:1257396/149‑1 (MQ=255)
aTCAGAATCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATc > 1:2401940/1‑149 (MQ=255)
aTCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATc > 1:3331733/1‑149 (MQ=255)
gAAGCTGTTAATTCGTATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGt < 1:1614162/149‑1 (MQ=255)
gAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGt < 1:2663000/149‑1 (MQ=255)
aaGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGtt > 2:4275931/1‑149 (MQ=255)
|
TGTATACCTCACATTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAA > CP009273/2983720‑2984016
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
