Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,700,008 |
T→A |
17.3% |
intergenic (+61/‑16) |
ydgK → / → rsxA |
DUF2569 family inner membrane protein/SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; inner membrane protein of electron transport complex |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,700,008 | 0 | T | A | 17.3%
| 637.3
/ 117.3
| 248 | intergenic (+61/‑16) | ydgK/rsxA | DUF2569 family inner membrane protein/SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; inner membrane protein of electron transport complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (100/105); new base A (29/14); total (129/119) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.94e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
TGCTGTTTACTTTGTTGGCAACCGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAACCGCGATGGGCATGGGGCTGGC > CP009273/1699862‑1700154
|
agCTGTTTACTTTGTTGGCAACCGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGGTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTAt > 1:1169185/2‑149 (MQ=255)
gCTGTTTACTTTGTTGGCAACCGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTAtt < 2:3812993/149‑1 (MQ=255)
gCTGTTTACTTTGTTGGCAACCGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTAtt < 2:2883271/149‑1 (MQ=255)
gTTTACTTTGTTGGCAACCGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCa > 2:864854/1‑149 (MQ=255)
gTTTACTTTGTTGGCAACCGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCa < 1:2923575/149‑1 (MQ=255)
gTTTACTTTGTTGGCAACCGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCa < 2:3658833/149‑1 (MQ=255)
gTTTACTTTGTTGGCAACCGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCa > 2:3467738/1‑149 (MQ=255)
tttACTTTGTTGGCAACCGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAg < 1:3744578/149‑1 (MQ=255)
ttACTTTGTTGGCAACCGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAgg < 2:3930750/149‑1 (MQ=255)
tACTTTGTTGGCAACCGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGc > 1:2070050/1‑149 (MQ=255)
aCTTTGTTGGCAACCGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGcc < 1:874369/149‑1 (MQ=255)
cTTTGTTGGCAACCGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCg > 1:1013867/1‑149 (MQ=255)
tgGCAACCGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAAt < 2:1065570/149‑1 (MQ=255)
ccGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAAtgactga > 2:146821/1‑149 (MQ=255)
ccGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAAtgactga > 2:578186/1‑149 (MQ=255)
ccGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAAtgactga < 1:219262/149‑1 (MQ=255)
cATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTa < 2:1741499/149‑1 (MQ=255)
aTTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTAc > 2:3291981/1‑149 (MQ=255)
aTCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGt < 1:3742089/149‑1 (MQ=255)
aTCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGt < 1:3649220/149‑1 (MQ=255)
tCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGtt < 1:3600933/149‑1 (MQ=255)
tCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGtt > 2:3081540/1‑149 (MQ=255)
cGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTa < 2:1774987/149‑1 (MQ=255)
tCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCATGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACt > 1:1542436/1‑149 (MQ=255)
tCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACt > 2:3961280/1‑149 (MQ=255)
ccTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGtt > 2:63727/1‑149 (MQ=255)
tttCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTc < 1:2841016/149‑1 (MQ=255)
cAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGa > 2:2649022/1‑149 (MQ=255)
cAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGa > 2:274530/1‑149 (MQ=255)
aaCGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAAc < 1:3833879/149‑1 (MQ=255)
aCGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACt > 2:1623478/1‑149 (MQ=255)
gCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGt > 1:3485592/1‑149 (MQ=255)
gCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGt > 1:3029015/1‑149 (MQ=255)
tcgtcgCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTAc < 1:817115/149‑1 (MQ=255)
cgcgGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGt > 2:1689741/1‑149 (MQ=255)
cgGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCa < 1:2369829/149‑1 (MQ=255)
gTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATa < 2:2270586/149‑1 (MQ=255)
gTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATa > 1:4012666/1‑149 (MQ=255)
aaGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTATCGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACtt < 2:749670/149‑1 (MQ=255)
gCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTg > 2:3460888/1‑149 (MQ=255)
cGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGt < 1:1510699/149‑1 (MQ=255)
gTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTg < 1:1879485/149‑1 (MQ=255)
tttGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTgg < 2:1535692/149‑1 (MQ=255)
tttGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTgg > 2:1122407/1‑149 (MQ=255)
tttGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTgg > 1:3317909/1‑149 (MQ=255)
tgtgAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTc < 2:1967006/149‑1 (MQ=255)
aaTCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGt < 2:1312645/149‑1 (MQ=255)
aaTCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTAATGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGt > 1:1893006/1‑149 (MQ=255)
aTCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGtt > 2:2086429/1‑149 (MQ=255)
tCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGttt < 2:93175/149‑1 (MQ=255)
cGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTtct < 1:2480686/149‑1 (MQ=255)
cGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTtct > 1:2284009/1‑149 (MQ=255)
gTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTtctc < 2:2988219/149‑1 (MQ=255)
gTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTtctc < 2:3387873/149‑1 (MQ=255)
taataaCCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCg < 1:924839/149‑1 (MQ=255)
taaCCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAAGAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGtc < 1:3845458/149‑1 (MQ=255)
ccTTACAGTTAACCTGTGGTCGCCTGCTCGGGATAAACGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTAAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTctct > 2:2853287/1‑149 (MQ=255)
tACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTc > 2:2610779/1‑149 (MQ=255)
aCAGTTAACCTGTTGTCGGCTGCTCTGGAATTACGGATAATAGGCGGCTTTTTTTTTTCAGGCCGAATAATGACTGACTACGTGTTTCTGTTTGTCGTATCTGTACTGGTCAATAACTTTGTTCTGGTCAATTTTCTCGGTCTCTGTcc < 1:1719918/149‑1 (MQ=255)
gTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGTCGGCTTTTTTATTTAACGCCGAAAAATTACAGACTACCTGTTACGTTGTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTAGTACAGGTCAAGTTTCTAGGTctctttacggt > 1:3056092/1‑142 (MQ=255)
gTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGtt > 2:2898124/1‑149 (MQ=255)
ttAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGttt < 2:1414480/149‑1 (MQ=255)
ttAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGttt < 1:704710/149‑1 (MQ=255)
aaCCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTAt > 1:4099360/1‑149 (MQ=255)
aaCCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTAt < 1:3467738/149‑1 (MQ=255)
aCCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATg > 1:2392002/1‑149 (MQ=255)
ccTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATgg < 2:900229/149‑1 (MQ=255)
ccTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATgg < 1:3256982/149‑1 (MQ=255)
tgttgtCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATgggg < 2:1828766/149‑1 (MQ=255)
tgttgtCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATgggg > 1:1688666/1‑149 (MQ=255)
tgtCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGTCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGtt < 2:248035/149‑1 (MQ=255)
tgtCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGtt < 2:2446826/149‑1 (MQ=255)
tgtCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACAGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGtt > 2:3148549/1‑149 (MQ=255)
gtCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGttt > 2:3726835/1‑149 (MQ=255)
ccTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCaa > 2:2599507/1‑149 (MQ=255)
gCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCaaaaa > 1:326514/1‑149 (MQ=255)
ctGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACt > 1:1374825/1‑149 (MQ=255)
tGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTg < 2:1918808/149‑1 (MQ=255)
tGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTg > 2:3804808/1‑149 (MQ=255)
tGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGGTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTg > 1:521390/1‑149 (MQ=255)
aTTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTGTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGaa > 1:2419810/1‑149 (MQ=255)
tAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAAc < 1:3215933/149‑1 (MQ=255)
tAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAAc < 2:1169185/149‑1 (MQ=255)
tAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAAc > 2:1085247/1‑149 (MQ=255)
aaCGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAAcc < 2:908344/149‑1 (MQ=255)
aaCGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAAcc > 1:177232/1‑149 (MQ=255)
aCGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAACcg < 2:3574651/149‑1 (MQ=255)
cGGATAATAGGCGGCTTTTTAATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAACcgc < 2:2313731/149‑1 (MQ=255)
ataataGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATTACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAACCGCGAt > 1:3511496/1‑149 (MQ=255)
taataGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAACCGCGATg > 1:2755868/1‑149 (MQ=255)
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tttATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAACCGCGATGGGCATGGGGCTGGc > 1:3586347/1‑149 (MQ=255)
|
TGCTGTTTACTTTGTTGGCAACCGCATTGATCGTCCCCTATTTCAAACGCTCGTCGCGGGTAAAAGCGACGTTTGTGAATCCGTAATAACCTTACAGTTAACCTGTTGTCGCCTGCTCTGGATTAACGGATAATAGGCGGCTTTTTTATTTCAGGCCGAAAAATGACTGACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAACCGCGATGGGCATGGGGCTGGC > CP009273/1699862‑1700154
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
