Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,015,451 |
T→A |
43.7% |
G34G (GGT→GGA) |
fliP → |
flagellar biosynthesis protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,015,451 | 0 | T | A | 43.7%
| 120.7
/ inf
| 240 | G34G (GGT→GGA) | fliP | flagellar biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (75/60); new base A (55/50); total (130/110) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TTTTCAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAACGCGCTGGGAACACCCTCCGCGCC > CP009273/2015302‑2015600
|
ttttCAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGt < 1:3701823/150‑1 (MQ=255)
tttCAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTg < 1:808135/150‑1 (MQ=255)
ttCAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTgg > 2:2079377/1‑150 (MQ=255)
tCAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCTTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGa < 2:1491004/150‑1 (MQ=255)
tCAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACAGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCggagga > 1:774809/1‑150 (MQ=255)
cAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGAc > 1:554826/1‑150 (MQ=255)
cAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGAc > 1:3713657/1‑150 (MQ=255)
aGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTCTCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACa > 1:2963436/1‑150 (MQ=255)
ggTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGc > 2:848490/1‑150 (MQ=255)
ggTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGAGTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGc < 2:3643990/150‑1 (MQ=255)
ggTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCAGTCGCACCTCTCCTTCTATGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTTCCGGGTATAACCACCCATCCGCTGCCAGGCGGTGGACAAAGc > 1:3528771/1‑150 (MQ=255)
tGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTc > 1:3111754/1‑150 (MQ=255)
tGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTc < 2:2105562/150‑1 (MQ=255)
gAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCg > 2:1565913/1‑150 (MQ=255)
gAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCg > 2:1566079/1‑150 (MQ=255)
aaTTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTcc > 1:2657287/1‑150 (MQ=255)
aTTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTccc < 2:2983306/150‑1 (MQ=255)
tttGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCg < 1:718480/150‑1 (MQ=255)
tGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGt > 2:4045524/1‑150 (MQ=255)
gCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTg > 2:2916097/1‑150 (MQ=255)
ttAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCa > 1:2258134/1‑150 (MQ=255)
tAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAg < 1:1529543/150‑1 (MQ=255)
aGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGAc < 2:671185/150‑1 (MQ=255)
aGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGAc < 2:1703188/150‑1 (MQ=255)
gggAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGgtgt > 1:2547937/1‑150 (MQ=255)
ggAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGtt > 2:741964/1‑150 (MQ=255)
ggAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGtt < 2:2734451/150‑1 (MQ=255)
agaTCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTtca > 2:3266121/1‑150 (MQ=255)
tCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTtcatca < 1:3653894/150‑1 (MQ=255)
ccTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCAGTCCATCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCCCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCCGTGCAGACGCTGGTGTTCATCAc > 1:2118617/1‑150 (MQ=255)
gATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTc < 2:2699581/150‑1 (MQ=255)
tGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGt < 1:3531369/150‑1 (MQ=255)
gCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGtt < 2:4147088/150‑1 (MQ=255)
cgtcgtTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTg < 1:2861127/150‑1 (MQ=255)
gtcgtTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGa > 1:3065344/1‑150 (MQ=255)
tcgtTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGAc > 2:217170/1‑150 (MQ=255)
ttATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGttt > 1:3350410/1‑150 (MQ=255)
ttATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGttt < 2:2462899/150‑1 (MQ=255)
ttATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGttt < 2:336672/150‑1 (MQ=255)
ttATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGttt > 2:1182496/1‑150 (MQ=255)
ttATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGttt > 2:414078/1‑150 (MQ=255)
ttATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGttt > 2:414108/1‑150 (MQ=255)
tATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTa > 2:3477429/1‑150 (MQ=255)
aTTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTAt > 1:68937/1‑150 (MQ=255)
ttGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTAtt < 1:1139449/150‑1 (MQ=255)
ttGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGGTGACGTTTAtt > 1:1264086/1‑150 (MQ=255)
tgtctgtcGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTc < 2:1792866/150‑1 (MQ=255)
gtctgtcGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTcc < 2:1893941/150‑1 (MQ=255)
tgtcGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGc < 1:2328548/150‑1 (MQ=255)
tgtcGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGc > 2:2485813/1‑150 (MQ=255)
tcGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCaa < 1:4074845/150‑1 (MQ=255)
cGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAAt > 1:4002664/1‑150 (MQ=255)
cTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTAc < 2:2844129/150‑1 (MQ=255)
tGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACt > 1:1027808/1‑150 (MQ=255)
gTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACtg > 1:2481467/1‑150 (MQ=255)
gTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACtg > 1:924212/1‑150 (MQ=255)
ccTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACtgat > 1:2554024/1‑150 (MQ=255)
cTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTATACtgatg > 2:2055113/1‑150 (MQ=255)
ttCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACtgatga > 1:1399991/1‑150 (MQ=255)
ctctGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACtgatgatg > 1:2591823/1‑150 (MQ=255)
cTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGt > 1:1729665/1‑150 (MQ=255)
tGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGtt < 2:3689437/150‑1 (MQ=255)
tGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGtt < 2:552289/150‑1 (MQ=255)
gATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGttt < 1:3862513/150‑1 (MQ=255)
gATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGttt < 1:3999373/150‑1 (MQ=255)
aTTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTc > 1:520907/1‑150 (MQ=255)
aCGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCAcc > 2:3017421/1‑150 (MQ=255)
cGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCAccc < 1:2630500/150‑1 (MQ=255)
cGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCAccc > 2:1484188/1‑150 (MQ=255)
ccccTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGc > 1:1198433/1‑150 (MQ=255)
ccccTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGc > 1:4106675/1‑150 (MQ=255)
ccTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGcat > 1:2166914/1‑150 (MQ=255)
ccTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGcat < 1:3910115/150‑1 (MQ=255)
cTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGcatc < 1:23113/150‑1 (MQ=255)
tCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGcatca > 1:2870646/1‑150 (MQ=255)
tCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACAAGTTTCACCCGCATCATCATTg < 1:316816/150‑1 (MQ=255)
cgcgCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGt > 2:3085213/1‑150 (MQ=255)
gcAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGtttt > 1:2938793/1‑150 (MQ=255)
cAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGttttt < 2:3444630/150‑1 (MQ=255)
cAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGttttt < 2:807956/150‑1 (MQ=255)
cAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGttttt > 2:2887859/1‑150 (MQ=255)
aaCTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTg > 2:2688350/1‑150 (MQ=255)
aaCTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTg > 2:2069058/1‑150 (MQ=255)
aaCTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTg < 1:1902631/150‑1 (MQ=255)
aaCTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTg < 1:3274494/150‑1 (MQ=255)
aCTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTgg < 2:1964904/150‑1 (MQ=255)
cTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGt < 1:449758/150‑1 (MQ=255)
ccGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTa < 2:2380007/150‑1 (MQ=255)
gggTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGGTTCtt > 2:603045/1‑150 (MQ=255)
ggTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTg < 1:1845105/150‑1 (MQ=255)
gTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGc > 1:2249791/1‑150 (MQ=255)
gTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGc > 2:3944603/1‑150 (MQ=255)
gTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGc > 1:3225687/1‑150 (MQ=255)
ccagccagCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAAcg < 2:2591824/150‑1 (MQ=255)
ccagccagCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAAcg < 2:204272/150‑1 (MQ=255)
agccGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAACGCGCTgg < 1:1015212/150‑1 (MQ=255)
cGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAACGCGCTGGGaa < 1:4173153/150‑1 (MQ=255)
cGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAACGCGCTGGGaa < 1:3052338/150‑1 (MQ=255)
cTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAACGCGCTGGGAaca < 1:2678846/150‑1 (MQ=255)
tGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAACGCGCTGGGAACACCCTc > 1:2027995/1‑150 (MQ=255)
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TTTTCAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAACGCGCTGGGAACACCCTCCGCGCC > CP009273/2015302‑2015600
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
