Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,163,087 |
C→A |
33.0% |
R299S (CGT→AGT) |
yegS → |
phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,163,087 | 0 | C | A | 33.0%
| 420.3
/ 217.0
| 239 | R299S (CGT→AGT) | yegS | phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (88/72); new base A (39/40); total (127/112) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
AAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGAC > CP009273/2162941‑2163231
|
aaGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGtt < 1:2816078/150‑1 (MQ=255)
aaGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGtt > 2:2200391/1‑150 (MQ=255)
aGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTa > 1:2730459/1‑150 (MQ=255)
gcTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCa < 1:723827/150‑1 (MQ=255)
ttCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCaaa > 1:2105507/1‑150 (MQ=255)
cgtcgtGGTTTGATATTCATGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACt > 2:3587571/1‑150 (MQ=255)
cgtcgtGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACt > 2:2051902/1‑150 (MQ=255)
gtGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATtc > 1:846769/1‑150 (MQ=255)
tGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATtct > 1:1559659/1‑150 (MQ=255)
ggTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTGTCATAATTAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATtctc > 1:3086350/1‑150 (MQ=255)
gTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATtctct > 2:3194223/1‑150 (MQ=255)
gTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATtctct < 1:913240/150‑1 (MQ=255)
tttGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATtctctc < 1:3047132/150‑1 (MQ=255)
atatTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGa > 2:3052541/1‑150 (MQ=255)
atatTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGa > 1:2646832/1‑150 (MQ=255)
tatTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGaa < 2:3980074/150‑1 (MQ=255)
cAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAg > 2:1777702/1‑150 (MQ=255)
cAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAg > 2:2861485/1‑150 (MQ=255)
aGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAgg > 1:346999/1‑150 (MQ=255)
aGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAgg > 1:1938013/1‑150 (MQ=255)
ggCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAggg < 1:3285242/150‑1 (MQ=255)
ggCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAggg > 2:3745965/1‑150 (MQ=255)
caccacACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGgag < 1:3041431/150‑1 (MQ=255)
caccacACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGgag < 1:2063823/150‑1 (MQ=255)
caccacACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGATGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTACGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTAGAACAAGGgag > 2:2346844/1‑150 (MQ=255)
cacaCGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTTATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAAt < 1:1447335/150‑1 (MQ=255)
cacGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATcc > 2:2414950/1‑150 (MQ=255)
aCATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTaa < 1:4065711/150‑1 (MQ=255)
aCATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTaa < 1:4065545/150‑1 (MQ=255)
aCATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTaa < 2:705722/150‑1 (MQ=255)
cATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAAt > 2:77381/1‑150 (MQ=255)
tCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGc > 2:463360/1‑150 (MQ=255)
cACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGcc < 2:3598637/150‑1 (MQ=255)
tttAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGAt > 2:1910118/1‑150 (MQ=255)
tAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGc < 1:3304270/150‑1 (MQ=255)
tCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGgt > 1:638638/1‑150 (MQ=255)
ttGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGgtgt < 1:3125093/150‑1 (MQ=255)
ttGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGgtgt < 1:1694051/150‑1 (MQ=255)
tGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTa > 1:2056214/1‑150 (MQ=255)
gATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTaa < 1:1518730/150‑1 (MQ=255)
ggCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAaca > 2:2882109/1‑150 (MQ=255)
cGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACAcc > 1:2957187/1‑150 (MQ=255)
gAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCt < 1:261684/150‑1 (MQ=255)
gAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCt > 1:593986/1‑150 (MQ=255)
gAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCt > 1:593737/1‑150 (MQ=255)
aaCCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCtt > 2:1352367/1‑150 (MQ=255)
cGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATc < 2:4080623/150‑1 (MQ=255)
gTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATcc > 2:3088104/1‑150 (MQ=255)
gTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATcc > 1:2734118/1‑150 (MQ=255)
tGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCgg < 1:2390586/150‑1 (MQ=255)
tGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCgg < 1:2144827/150‑1 (MQ=255)
tGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCgg < 1:3669803/150‑1 (MQ=255)
aGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCa > 2:1403140/1‑150 (MQ=255)
gTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCAt < 2:610815/150‑1 (MQ=255)
cAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTTTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACAAGGGAGAATCCGTAATTCCGGATGAGGTGTAAACACCTTATCCGGAATACata > 1:177083/1‑148 (MQ=255)
cAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGa > 2:2948559/1‑150 (MQ=255)
aaaaTTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGaa < 2:2730459/150‑1 (MQ=255)
aaaTTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAAc < 2:1256817/150‑1 (MQ=255)
aaaTTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAAc < 1:1817862/150‑1 (MQ=255)
cATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAAtacta < 1:1830472/150‑1 (MQ=255)
tatTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTaca > 1:3427433/1‑150 (MQ=255)
atTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTacac > 1:3351335/1‑150 (MQ=255)
atTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTacac < 2:482965/150‑1 (MQ=255)
atTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTacac > 2:2244685/1‑150 (MQ=255)
tGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCg > 2:1974162/1‑150 (MQ=255)
aTACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGtaat > 2:3487693/1‑150 (MQ=255)
ttCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGtaattaat > 1:221628/1‑150 (MQ=255)
ccGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAAttt > 1:1704230/1‑150 (MQ=255)
cGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAAtttt < 2:2564270/150‑1 (MQ=255)
gCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTAc < 1:1648746/150‑1 (MQ=255)
gCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTAc < 1:517177/150‑1 (MQ=255)
aGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTAccc > 2:3263628/1‑150 (MQ=255)
aGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTAccc < 1:1003094/150‑1 (MQ=255)
aGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTAccc < 1:3403077/150‑1 (MQ=255)
aGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTAccc < 1:467659/150‑1 (MQ=255)
cgttgcgttgTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCcgc > 1:3899943/1‑150 (MQ=255)
tgcgttgTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGtc < 1:2640294/150‑1 (MQ=255)
tgcgttgTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGtc < 1:159172/150‑1 (MQ=255)
tgcgttgTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGtc < 1:2239558/150‑1 (MQ=255)
cgttgTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTGACCCGCGtctt < 2:1004721/150‑1 (MQ=255)
gttgTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGtcttc < 2:3138624/150‑1 (MQ=255)
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aGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGCTTAt > 2:1525813/1‑150 (MQ=255)
aGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTAt < 1:133850/150‑1 (MQ=255)
cTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGa > 1:3992493/1‑150 (MQ=255)
tGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGac < 1:1618217/150‑1 (MQ=255)
|
AAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGAC > CP009273/2162941‑2163231
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
