Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,093,737 |
A→C |
31.1% |
T117T (ACT→ACG) |
ansB ← |
periplasmic L‑asparaginase 2 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,093,737 | 0 | A | C | 31.1%
| 265.2
/ 272.7
| 244 | T117T (ACT→ACG) | ansB | periplasmic L‑asparaginase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (82/86); new base C (36/40); total (118/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.90e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
GGTTGGCGGAGGCTTTATCAGCTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGCCTTTAACGT > CP009273/3093592‑3093882
|
ggTTGGCGGAGGCTTTATCAGCTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGttt > 2:532642/1‑150 (MQ=255)
ttGGCGGAGGCTTTATCAGCTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTttct < 2:590541/150‑1 (MQ=255)
gCGGAGGCTTTATCAGCTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTcc < 2:1360361/150‑1 (MQ=255)
ggAGGCTTTATCAGCTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGACGTAAGCCGTTTCTTCCAt > 1:2306729/1‑150 (MQ=255)
ggAGGCTTTATCAGCTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCAt > 2:2030290/1‑150 (MQ=255)
ggAGGCTTTATCAGCTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCAt > 1:278890/1‑150 (MQ=255)
ggAGGCTTTATCAGCTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCAt > 2:3731350/1‑150 (MQ=255)
ttATCAGCTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCg > 2:2898379/1‑150 (MQ=255)
ttATCAGCTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCg > 2:3678937/1‑150 (MQ=255)
aTCAGCTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGt < 1:137097/150‑1 (MQ=255)
ctgCTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACAGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCTCCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCTTCGTGTCGGTAc < 2:2264509/148‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTAc > 1:3821175/1‑150 (MQ=255)
cTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGt < 2:2579002/150‑1 (MQ=255)
cTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGt < 2:2579064/150‑1 (MQ=255)
tGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTg > 2:2617819/1‑150 (MQ=255)
ggTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGt > 2:1531420/1‑150 (MQ=255)
gTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGATGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTa < 2:1794326/150‑1 (MQ=255)
cACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAAt < 1:2264554/150‑1 (MQ=255)
cACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAAt < 1:215791/150‑1 (MQ=255)
cACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAAt < 1:4121182/150‑1 (MQ=255)
cACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAAt < 1:182578/150‑1 (MQ=255)
cACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAAt < 1:3085558/150‑1 (MQ=255)
cACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAAt < 2:2888455/150‑1 (MQ=255)
tACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGAc < 2:3071877/150‑1 (MQ=255)
ccGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGa < 1:425031/150‑1 (MQ=255)
gTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGcc < 2:3208062/150‑1 (MQ=255)
tataCAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGt > 1:2253247/1‑150 (MQ=255)
aCAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCgg < 1:4096778/150‑1 (MQ=255)
cAGGTTTAATGGACCGTCTGCGCTCTTAGACGTGGACGGACTCATTGCGCCGACCATCACCTCCGGTTTGTCGCATTTCTCCGTCAGGTCGAGGATGTATGCAGGTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGACGCCGTCGGt < 1:1680806/150‑1 (MQ=255)
cAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGt < 1:3806049/150‑1 (MQ=255)
aGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGGGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTc < 2:845808/150‑1 (MQ=255)
ggTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCt < 1:2085477/150‑1 (MQ=255)
gcttcaaTGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGCACGGACGCATAGCGCCGACCAACACCACCGGTATGTCGCATTTCACCGTCATGTCGAGGAAGAAAGCAGTTTCTACCATCGTGTCGGTAACGAGGGAAATGACGAAGCCTTCGGACt > 2:2744501/6‑150 (MQ=255)
gTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCtt > 2:3020967/1‑150 (MQ=255)
gTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCtt < 2:833624/150‑1 (MQ=255)
ttGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTa > 2:3273556/1‑150 (MQ=255)
ttGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTa < 1:597127/150‑1 (MQ=255)
gAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATc > 1:2971716/1‑150 (MQ=255)
tGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCa > 1:3945649/1‑150 (MQ=255)
tGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGtt > 2:718980/1‑150 (MQ=255)
cATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGATTCATCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTAATCGCAGTCGGTGTTACtttt > 1:2891869/1‑150 (MQ=255)
aTAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTACGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAAttttt > 1:1960905/1‑150 (MQ=255)
aCGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCg < 1:3523582/150‑1 (MQ=255)
aCGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCg < 1:1416604/150‑1 (MQ=255)
gTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGcc < 2:2352676/150‑1 (MQ=255)
cggacgCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAgtgt < 1:2305385/150‑1 (MQ=255)
tGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGAc > 2:1757318/1‑150 (MQ=255)
tGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGAc > 2:1757209/1‑150 (MQ=255)
tGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGAc < 2:4113376/150‑1 (MQ=255)
gcgcCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACa < 1:2030290/150‑1 (MQ=255)
gACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGACGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATc > 2:2022697/1‑150 (MQ=255)
aCCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCg > 2:1359085/1‑150 (MQ=255)
ccATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGt > 1:870662/1‑150 (MQ=255)
cATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGtt > 2:4037873/1‑150 (MQ=255)
aTCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTc < 2:1006791/150‑1 (MQ=255)
aTCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTc > 2:1630956/1‑150 (MQ=255)
tCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCa < 1:3657147/150‑1 (MQ=255)
caccacCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCAt < 2:926861/150‑1 (MQ=255)
accaccGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATg < 1:1161505/150‑1 (MQ=255)
accaccGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATg < 2:697238/150‑1 (MQ=255)
accGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTcc < 1:3439980/150‑1 (MQ=255)
ccGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCt < 1:3051532/150‑1 (MQ=255)
ccGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCt < 1:403821/150‑1 (MQ=255)
cGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTg > 2:1475881/1‑150 (MQ=255)
ggTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTgg > 2:4160309/1‑150 (MQ=255)
gTTTTTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTACGCAGTTTCTTACATCGTGTCGGTTCCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTggg < 1:1622082/150‑1 (MQ=255)
ttGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAg > 2:3531634/1‑150 (MQ=255)
tGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGc < 1:47135/150‑1 (MQ=255)
gTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGATGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTGATCGCATTCTGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGcc < 1:1761122/150‑1 (MQ=255)
gTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGcc > 1:705571/1‑150 (MQ=255)
gCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGat < 2:2853639/150‑1 (MQ=255)
gCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGat < 2:2853651/150‑1 (MQ=255)
cATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGGGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGata > 2:1102947/1‑150 (MQ=255)
aTTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGatat < 2:519149/150‑1 (MQ=255)
aTTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGatat < 2:896780/150‑1 (MQ=255)
aTTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGatat > 1:3951229/1‑150 (MQ=255)
tCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCa < 1:218425/150‑1 (MQ=255)
cACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCAc < 1:532642/150‑1 (MQ=255)
aCCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACt > 2:295712/1‑150 (MQ=255)
tCAGGTCGAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCt < 1:1077328/150‑1 (MQ=255)
cAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTg > 1:786652/1‑150 (MQ=255)
cAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTg > 2:3625979/1‑150 (MQ=255)
cAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTg < 2:182895/150‑1 (MQ=255)
cAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTg < 1:3757598/150‑1 (MQ=255)
aGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGc > 1:24648/1‑150 (MQ=255)
aGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGc > 1:24133/1‑150 (MQ=255)
ggTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCt > 2:3904955/1‑150 (MQ=255)
ggTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCt > 2:3964058/1‑150 (MQ=255)
gTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTc > 2:1205891/1‑150 (MQ=255)
gTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTc < 1:3869129/150‑1 (MQ=255)
cGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGc > 1:3521208/1‑150 (MQ=255)
gAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGcc > 1:190298/1‑150 (MQ=255)
gAGGAAGTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGcc > 2:1166659/1‑150 (MQ=255)
gAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGcc > 2:1939809/1‑150 (MQ=255)
gAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGCCttt < 1:2502927/150‑1 (MQ=255)
gAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGCCttt < 1:3443612/150‑1 (MQ=255)
gAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGCCttt < 1:530046/150‑1 (MQ=255)
aGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGCCTTTaa < 1:1017730/150‑1 (MQ=255)
gTAAGCCGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGCCTTTAAc > 1:1570089/1‑150 (MQ=255)
aaGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGCCTTTAACGt > 1:63101/1‑150 (MQ=255)
|
GGTTGGCGGAGGCTTTATCAGCTGCGGTCACTACCGCGTTATACAGGTTGAATGGACCGTCTGCGCTCATAGACGTGGACGGACGCATTGCGCCGACCATCACCACCGGTTTGTCGCATTTCACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAATTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGCCTTTAACGT > CP009273/3093592‑3093882
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
