Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F98 I0 R1
|
799 |
294.1 |
9752082 |
92.2% |
8991419 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,067,371 |
C→A |
24.5% |
E226D (GAG→GAT) |
yggC ← |
putative PanK family P‑loop kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,067,371 | 0 | C | A | 24.5%
| 544.6
/ 158.9
| 229 | E226D (GAG→GAT) | yggC | putative PanK family P‑loop kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (80/92); new base A (37/19); total (118/111) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAGCGCTCCCGCAGAATTTGAGCAGG > CP009273/3067222‑3067520
|
tCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCAtctc < 2:920044/150‑1 (MQ=255)
tCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCAtctc < 1:3191543/150‑1 (MQ=255)
ccGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTctacta > 1:3144785/1‑150 (MQ=255)
ccGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATctacta < 2:825192/150‑1 (MQ=255)
cGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAAGAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTAt < 2:3753355/150‑1 (MQ=255)
cGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTAGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCAGGCGTAATAATAACCCTAAAATAACTGGAATAAATTCTAAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTACACTCAactatactat > 1:4103460/1‑150 (MQ=255)
gaagaaGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATc < 2:421407/150‑1 (MQ=255)
gaagaCATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGa > 1:78844/1‑150 (MQ=255)
gaagaCATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGa > 2:4778078/1‑150 (MQ=255)
aagaCATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATAACGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGAt > 2:3907921/1‑150 (MQ=255)
agaCATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGAtt < 2:3662340/150‑1 (MQ=255)
agaCATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGAtt < 2:4653931/150‑1 (MQ=255)
gaCATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTg < 2:3369163/150‑1 (MQ=255)
aCATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTgg < 2:330652/150‑1 (MQ=255)
aCATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTgg < 1:1362536/150‑1 (MQ=255)
aCATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTgg < 1:3827560/150‑1 (MQ=255)
aTTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGcc > 1:2418396/1‑150 (MQ=255)
tATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGa < 2:3222216/150‑1 (MQ=255)
aTCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGAc < 1:1190895/150‑1 (MQ=255)
tCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACg < 1:4859423/150‑1 (MQ=255)
cTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACgg > 1:101327/1‑150 (MQ=255)
cTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACgg > 2:2509763/1‑150 (MQ=255)
cTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACgg > 2:2510754/1‑150 (MQ=255)
tcacatcacaCTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTAtt < 1:4339601/150‑1 (MQ=255)
catcacaCTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATtcat > 1:4684362/1‑150 (MQ=255)
catcacaCTTTTATCCCCTGTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATtcat > 2:2993377/1‑150 (MQ=255)
tcacaCTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATtcatca < 1:3175716/150‑1 (MQ=255)
cacaCTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAg < 1:1369966/150‑1 (MQ=255)
acTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGcac < 1:2500118/150‑1 (MQ=255)
acTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGcac < 2:1271050/150‑1 (MQ=255)
cTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGcaca < 1:2972713/150‑1 (MQ=255)
cTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGcaca < 2:4426522/150‑1 (MQ=255)
tttATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAAGAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACg < 2:1385023/150‑1 (MQ=255)
aTCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTc > 2:1110705/1‑150 (MQ=255)
tCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCg < 2:838882/150‑1 (MQ=255)
ccTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACa > 2:1774897/1‑150 (MQ=255)
tttGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTg < 1:2257285/150‑1 (MQ=255)
tttGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTg < 2:4022591/150‑1 (MQ=255)
gtgGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTgggg > 1:1689454/1‑150 (MQ=255)
gggAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGcc < 1:3471605/150‑1 (MQ=255)
gggAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGcc > 1:1201937/1‑150 (MQ=255)
ggAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCa < 1:3057597/150‑1 (MQ=255)
ggAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCa < 1:4001463/150‑1 (MQ=255)
cTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGt > 1:3681800/1‑150 (MQ=255)
tATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCg > 2:1453680/1‑150 (MQ=255)
ttCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCggg < 2:3138099/150‑1 (MQ=255)
cAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCAt > 1:2955479/1‑150 (MQ=255)
aGGCTGGCGTAATAATAACCATACTATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGATGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCATCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATa < 2:4103460/150‑1 (MQ=255)
cTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATaaaa < 1:595065/150‑1 (MQ=255)
tGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAAt > 2:872966/1‑150 (MQ=255)
ggCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATg < 1:712164/150‑1 (MQ=255)
gCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGc < 1:1057426/150‑1 (MQ=255)
gCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGc < 1:2688016/150‑1 (MQ=255)
gTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCtt > 1:3689488/1‑150 (MQ=255)
taataataaCCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTc > 2:3594242/1‑150 (MQ=255)
taataaCCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGc < 2:2447264/150‑1 (MQ=255)
aataaCCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCt < 1:3999842/150‑1 (MQ=255)
aataaCCCTACAAGAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCt < 2:2234032/150‑1 (MQ=255)
aaCCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACt > 2:658934/1‑150 (MQ=255)
aCCCTACAATAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACtt < 2:492984/150‑1 (MQ=255)
cccTACAATAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTg > 1:2867400/1‑150 (MQ=255)
cccTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTg > 1:3186292/1‑150 (MQ=255)
tACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCcg < 2:2717326/150‑1 (MQ=255)
tACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCcg > 2:1093488/1‑150 (MQ=255)
aCAATAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCcgc > 1:3452968/1‑150 (MQ=255)
cAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCcgcg > 1:1636129/1‑150 (MQ=255)
aTAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGtt > 1:487862/1‑150 (MQ=255)
tAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTa > 1:1170930/1‑150 (MQ=255)
tAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTa < 1:1019437/150‑1 (MQ=255)
aaCTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTaa > 1:2337389/1‑150 (MQ=255)
cTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAAtc > 2:3465346/1‑150 (MQ=255)
cTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAAtc > 2:2839423/1‑150 (MQ=255)
ggAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAAtcct > 1:576258/1‑150 (MQ=255)
ggAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAAtcct < 2:3806663/150‑1 (MQ=255)
ggAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAAtcct > 1:2015801/1‑150 (MQ=255)
tAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCg > 2:4454522/1‑150 (MQ=255)
aaTTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCa < 2:1595507/150‑1 (MQ=255)
ttGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAAt > 2:1513649/1‑150 (MQ=255)
gTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAAttt > 1:2147359/1‑150 (MQ=255)
gTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAAttt > 1:2820687/1‑150 (MQ=255)
tCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAAtttt > 2:190267/1‑150 (MQ=255)
aGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTAc < 1:2776614/150‑1 (MQ=255)
cTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGa > 1:1533523/1‑150 (MQ=255)
tgAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTaa > 1:2032625/1‑150 (MQ=255)
aGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCa > 2:3026057/1‑150 (MQ=255)
gTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCaa > 1:1453606/1‑150 (MQ=255)
gTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCaa > 2:669011/1‑150 (MQ=255)
tGATACCGGCCTTCTTCAGTCATATCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAg < 1:4299713/150‑1 (MQ=255)
tACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAgcgc < 1:2606983/150‑1 (MQ=255)
aCCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAGCGCt > 2:266055/1‑150 (MQ=255)
ggCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAGCGCTccc > 1:1481584/1‑150 (MQ=255)
gCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAGCGCTCCCg > 1:3455930/1‑150 (MQ=255)
ccTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCCTCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAGCGCTCCCGc > 1:2218308/1‑150 (MQ=255)
cttcttAAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAGCGCTCCCGCa < 1:3907921/150‑1 (MQ=255)
ttcAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAGCGCTCCCGCAGAAt > 1:1892869/1‑150 (MQ=255)
cAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAGCGCTCCCGCAGAAttt < 2:1726565/150‑1 (MQ=255)
cAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAGCGCTCCCGCAGAAttt < 2:2875006/150‑1 (MQ=255)
gTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAGCGCTCCCGCAGAATTTGa > 1:3721259/1‑150 (MQ=255)
ctctACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAGCGCTCCCGCAGAATTTGAGCAgg > 1:259348/1‑150 (MQ=255)
ctctACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAGCGCTCCCGCAGAATTTGAGCAgg > 1:4599678/1‑150 (MQ=255)
|
TGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAGCGCTCCCGCAGAATTTGAGCAGG > CP009273/3067222‑3067520
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
