Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F98 I0 R1
|
799 |
294.1 |
9752082 |
92.2% |
8991419 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,501,571 |
C→A |
54.7% |
G127C (GGC→TGC) |
php ← |
phosphotriesterase homology protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,501,571 | 0 | C | A | 54.7%
| 20.0
/ inf
| 309 | G127C (GGC→TGC) | php | phosphotriesterase homology protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/81); new base A (84/85); total (143/166) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.08e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
CGTGGGCTTGTAGCAACGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGTACAGGCCACCA > CP009273/3501424‑3501720
|
cGTGGGCTTGTAGCAACGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGa < 1:1376859/150‑1 (MQ=255)
gTGGGCTTGTAGCAACGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGAt > 2:1171783/1‑150 (MQ=255)
tGGGCTTGTAGCAACGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGAtc > 1:2723262/1‑150 (MQ=255)
gggCTTGTAGCAACGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGAtct > 1:1171773/1‑150 (MQ=255)
gggCTTGTAGCAACGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGAtct > 1:3630885/1‑150 (MQ=255)
gggCTTGTAGCAACGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGAtct < 1:1560857/150‑1 (MQ=255)
cTTGTAGCAACGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCcg > 2:2283556/1‑150 (MQ=255)
aGCAACGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCgatg > 2:1613606/1‑150 (MQ=255)
cAACGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCgatgat < 2:67637/150‑1 (MQ=255)
aaCGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATc < 2:2940225/150‑1 (MQ=255)
aaCGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATc > 2:4662832/1‑150 (MQ=255)
aCGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATcc < 1:2578598/150‑1 (MQ=255)
cGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATccc < 2:3637176/150‑1 (MQ=255)
gCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCg > 2:3208501/1‑150 (MQ=255)
gCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCg > 2:1806486/1‑150 (MQ=255)
tGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTAGGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTc < 1:916249/150‑1 (MQ=255)
tCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGc < 2:4515881/150‑1 (MQ=255)
tCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGc > 2:4374611/1‑150 (MQ=255)
aGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTcc > 2:1678396/1‑150 (MQ=255)
gCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCg < 1:1924607/150‑1 (MQ=255)
gCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCg < 1:1258140/150‑1 (MQ=255)
cccATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTg > 1:345632/1‑150 (MQ=255)
cccATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTg < 1:2447240/150‑1 (MQ=255)
cccATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTg < 1:2738357/150‑1 (MQ=255)
cGTGCTGAACGACGTTTGCGTGGAGATCGGGCGTCCTGTCTTGTTATGCGCCTGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTTCTCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCAta < 1:3822734/150‑2 (MQ=255)
cGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATc < 2:1176249/150‑1 (MQ=255)
gTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCg > 1:3913581/1‑150 (MQ=255)
tGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGa > 1:1857786/1‑150 (MQ=255)
tGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATAc > 1:746223/1‑150 (MQ=255)
acgacgTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCt < 1:1715750/150‑1 (MQ=255)
acgacgTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCt < 2:2148623/150‑1 (MQ=255)
acgacgTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAACGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCt < 2:360470/150‑1 (MQ=255)
cgacgTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTg > 2:3397293/1‑150 (MQ=255)
cgTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTc < 2:1536443/150‑1 (MQ=255)
cgTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTc < 2:4333340/150‑1 (MQ=255)
cgTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTc < 1:3030568/150‑1 (MQ=255)
gTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCa > 1:2505635/1‑150 (MQ=255)
tATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCaa > 2:371417/1‑150 (MQ=255)
cGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTc < 2:446129/150‑1 (MQ=255)
ggAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATc < 2:761851/150‑1 (MQ=255)
agaTCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGa > 2:2604425/1‑150 (MQ=255)
agaTCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGa < 2:1964146/150‑1 (MQ=255)
gaTCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGAc < 2:3264346/150‑1 (MQ=255)
aTCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGAcc > 2:3461902/1‑150 (MQ=255)
cGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCAt > 1:4303433/1‑150 (MQ=255)
gggCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCAtc > 2:3733725/1‑150 (MQ=255)
ccGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTgc < 1:795099/150‑1 (MQ=255)
tCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCa < 2:4766494/150‑1 (MQ=255)
ggTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGtt < 1:1329512/150‑1 (MQ=255)
gcCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACg < 2:1584884/150‑1 (MQ=255)
agcgcagcgGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTg > 1:2128185/1‑150 (MQ=255)
agcgcagcgGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTg > 2:1313834/1‑150 (MQ=255)
gCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGcc < 1:3169502/150‑1 (MQ=255)
cAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCca > 2:4653346/1‑150 (MQ=255)
aataaataCCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCGGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCcac > 2:12843/1‑150 (MQ=255)
ataaataCCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCcaca > 1:2822086/1‑150 (MQ=255)
ataaataCCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGAAGATCTCCGCGATCTACCAGTCATTAAGAACCGTGCCATCGATACCCTGGTCGTGTTCATCGAGCATCTCCTGCGCCAGTTGCTGCACGCTGCGGGTCGCctca > 2:801699/1‑150 (MQ=255)
aataCCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGt < 2:2723262/150‑1 (MQ=255)
ataCCTTCTCTGCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGtt < 2:2506026/150‑1 (MQ=255)
taCCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTc < 2:927107/150‑1 (MQ=255)
aCCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTcc < 2:1703712/150‑1 (MQ=255)
ccTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCg < 2:1772076/150‑1 (MQ=255)
ttCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCggg < 2:1419995/150‑1 (MQ=255)
ttCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCggg > 1:1592381/1‑150 (MQ=255)
ctctTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGaa > 2:4166898/1‑150 (MQ=255)
tctTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGaaa < 1:2966118/150‑1 (MQ=255)
ccAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAAcg > 2:2320874/1‑150 (MQ=255)
cAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAAcgc > 1:3642176/1‑150 (MQ=255)
gcggcgTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGt < 2:2244891/150‑1 (MQ=255)
cggcgTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTc > 1:1029890/1‑150 (MQ=255)
cggcgTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTc > 1:2357398/1‑150 (MQ=255)
cggcgTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTc > 1:3481568/1‑150 (MQ=255)
gcgTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCt < 1:3563153/150‑1 (MQ=255)
cgTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTg < 2:4594470/150‑1 (MQ=255)
gTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAACACGCGTCCTgg > 2:1930927/1‑150 (MQ=255)
gTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTgg > 1:1524342/1‑150 (MQ=255)
gTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTgg < 1:4678786/150‑1 (MQ=255)
tAATCGTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCGTTCAGCTCCGTGCCAGCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGt < 1:4300943/150‑1 (MQ=255)
aTCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGtaa < 2:857348/150‑1 (MQ=255)
aTCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGtaa < 1:286239/150‑1 (MQ=255)
aTCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGtaa < 2:4204776/150‑1 (MQ=255)
tCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGtaat > 1:4599015/1‑150 (MQ=255)
tCTTTCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGtaat > 2:4738993/1‑150 (MQ=255)
tttCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGtaataa < 1:3422641/150‑1 (MQ=255)
tttCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGtaataa < 1:1728654/150‑1 (MQ=255)
tttCCTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGtaataa < 2:2738016/150‑1 (MQ=255)
tttCCTACGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGGTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGtaataa < 1:2068140/150‑1 (MQ=255)
ttCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAAc > 1:3958697/1‑150 (MQ=255)
tCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAAcc > 1:4863238/1‑150 (MQ=255)
ccTTCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCg > 1:4661910/1‑150 (MQ=255)
ttCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGt > 1:2785765/1‑150 (MQ=255)
ttCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGACAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGt > 2:3949742/1‑150 (MQ=255)
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tCGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGTa < 1:4829615/150‑1 (MQ=255)
cGCTGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGTAc > 2:3111306/1‑150 (MQ=255)
tGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGTACAgg < 1:4439839/150‑1 (MQ=255)
tGGTGCAGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGTACAgg > 1:232143/1‑150 (MQ=255)
gCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGTACAGGccac > 1:3275469/1‑150 (MQ=255)
|
CGTGGGCTTGTAGCAACGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGTACAGGCCACCA > CP009273/3501424‑3501720
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
