Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
46 |
290.7 |
5144628 |
99.3% |
5108615 |
130.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AssemblyC74_contig_12 |
59,272 |
G→A |
T22T (ACC→ACT) |
rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 ← |
Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,272 | 0 | G | A | 99.5%
| 684.8
/ NA
| 203 | T22T (ACC→ACT) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (89/113); total (90/113) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGAC > AssemblyC74_contig_12/59141‑59337
|
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 2:930373/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt > 2:724727/1‑135 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 1:559547/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 2:551006/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 1:1742237/135‑1 (MQ=17)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTa > 1:7588/1‑135 (MQ=17)
tGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaa < 1:2363067‑M1/135‑3 (MQ=255)
tGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGa < 2:1187933/135‑1 (MQ=17)
gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAc > 2:2189678/1‑135 (MQ=14)
gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCGTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAc > 1:1156195/1‑135 (MQ=14)
cttcttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccg > 2:1712469/1‑134 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtt > 2:1020370‑M1/1‑127 (MQ=255)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 2:2054431/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAAccggtt < 1:1526635/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAAccggtt < 2:1288295/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAAccggtt < 2:1809209/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCGTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt > 1:624298/1‑131 (MQ=17)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATGGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 1:2141811/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt > 2:273183/1‑131 (MQ=17)
cttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTa > 2:11415/1‑127 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 2:2142726/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 1:1373381/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGGAGTTAGAccggtt > 2:1235983/1‑131 (MQ=14)
ttCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtttg < 1:2046165/135‑7 (MQ=14)
tGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttg < 1:542163‑M1/135‑56 (MQ=255)
gggTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt > 2:2528304/1‑76 (MQ=11)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttc > 1:2503946‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttc > 1:1758563‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttg > 2:578994‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaa > 1:1615409‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagagtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagatccatgaaggacttc > 2:686828‑M1/1‑70 (MQ=255)
tttCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttca < 2:475376‑M1/134‑66 (MQ=255)
tttCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttca < 1:2387921‑M1/134‑66 (MQ=255)
tttCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttca < 2:1890863‑M1/134‑66 (MQ=255)
tCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcac < 1:2177841‑M1/133‑67 (MQ=255)
tGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaagga < 1:1181517‑M1/118‑61 (MQ=255)
gatatgctcctggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgcctt < 2:518621‑M1/126‑76 (MQ=255)
gatatgctcctggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgcctt < 2:18824‑M1/126‑76 (MQ=255)
atatgctcctgGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagc > 2:1064727‑M1/6‑56 (MQ=255)
atatgctcctgGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaaaagctacttgaaggacttcaccacagccttcagc > 2:393142‑M1/6‑56 (MQ=255)
atatgctcctgGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcgggtctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagc > 1:358813‑M1/6‑56 (MQ=255)
atgctccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagca < 2:655301‑M1/131‑81 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCCTCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:1220640‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:426529‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:1394651‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:603483‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:38313‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:841424‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:412324‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTCAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:2216475‑M1/134‑86 (MQ=255)
ggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatt < 2:2423092‑M1/135‑90 (MQ=255)
ggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatt > 1:752347‑M1/1‑46 (MQ=255)
ggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatt > 2:1382905‑M1/1‑46 (MQ=255)
ggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaa < 2:2462891‑M1/91‑46 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAcaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta < 2:429685‑M1/135‑91 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta < 2:2339669‑M1/135‑91 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta < 1:388662‑M1/135‑91 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta < 1:101199‑M1/135‑91 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta > 1:1699761‑M1/1‑45 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattag < 1:1848049‑M1/134‑92 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattag > 1:2489965‑M1/1‑43 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattag > 2:278810‑M1/1‑43 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaataag > 2:2487619‑M1/1‑43 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctcct < 2:276159‑M1/96‑54 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctcct > 1:276159‑M1/1‑43 (MQ=255)
aaaccgtcAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttca < 1:2238969‑M1/132‑96 (MQ=255)
aaaccgtcAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttca < 1:1086427‑M1/132‑96 (MQ=255)
ccGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaac > 1:709872‑M1/1‑37 (MQ=255)
cGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAcaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacac < 2:2010461‑M1/135‑100 (MQ=255)
cGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacac < 2:909112‑M1/135‑100 (MQ=255)
cGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacac < 1:1570707‑M1/135‑100 (MQ=255)
cGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctcattctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaagtacttcaccactgacttcagcatgtttaattagttcaacac > 1:692586‑M1/1‑36 (MQ=255)
gTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaacaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacac > 2:1083219‑M1/1‑35 (MQ=255)
gTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacacc < 2:1203557‑M1/135‑101 (MQ=255)
gTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacacc < 2:256510‑M1/135‑101 (MQ=255)
gTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacacc < 1:1565511‑M1/135‑101 (MQ=255)
gTCAATTGCCAGTTTTCAATCTTCTACTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcgggtctgtaactcaaaaaaagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacacc < 2:1594752‑M1/135‑101 (MQ=255)
aaTTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatt < 1:918574‑M1/121‑90 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAcaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:2067369‑M1/113‑86 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:824525‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:280569‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 1:129498‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 1:1058316‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:1093440‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:2006076‑M1/113‑86 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccact > 1:1216440‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaaca < 2:2035030‑M1/75‑48 (MQ=255)
gCCAGATTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAatccgttttttagggtttctccttctcggttatgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgta < 1:1980964‑M1/135‑108 (MQ=255)
aGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatca < 1:1526923‑M1/135‑111 (MQ=255)
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ttCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatcaag < 1:1440314‑M1/133‑113 (MQ=255)
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GTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGAC > AssemblyC74_contig_12/59141‑59337
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
