Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R2
|
44 |
314.5 |
5848508 |
99.3% |
5807568 |
128.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AssemblyC74_contig_12 |
59,113 |
A→G |
N75N (AAT→AAC) |
rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 ← |
Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,113 | 0 | A | G | 79.6%
| 3705.3
/ inf
| 1630 | N75N (AAT→AAC) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (141/189); new base G (610/677); total (757/873) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 |
Only 100 of 1630 total aligned reads displayed.
TCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCA > AssemblyC74_contig_12/58982‑59245
|
gCTCCTTTGGTTAGACCTGACTGCTGAACGTTTCCATTGTCATCTTGTAAATCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGGTTTGGTCATAGATATTTGTCAACAAGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATtttct < 1:118025/135‑1 (MQ=21)
CCTGTTGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTtttctttc > 1:2440252‑M1/1‑135 (MQ=255)
GTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCGTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCaa < 2:347062‑M1/134‑1 (MQ=255)
ttagaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGttt > 2:932697‑M1/65‑122 (MQ=255)
ccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTac < 1:2114262‑M1/75‑1 (MQ=255)
CTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTac > 2:174775‑M1/1‑133 (MQ=255)
ggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 1:1004693‑M1/78‑1 (MQ=255)
ggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 2:1166105‑M1/78‑1 (MQ=255)
ggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 2:1203400‑M1/78‑1 (MQ=255)
ttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCAGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCACTTCTaccac < 2:1460014‑M1/78‑1 (MQ=255)
CTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 2:891622‑M1/132‑1 (MQ=255)
GCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 1:512001‑M1/130‑1 (MQ=255)
GCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 2:167556‑M1/130‑1 (MQ=255)
GCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 2:26913‑M1/130‑1 (MQ=255)
GCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 2:2365884‑M1/130‑1 (MQ=255)
GCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 1:1362566‑M1/130‑1 (MQ=255)
GCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 2:2921934‑M1/130‑1 (MQ=255)
GCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 2:1713800‑M1/130‑1 (MQ=255)
GCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 2:2761609‑M1/130‑1 (MQ=255)
ctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGActtc < 1:1613742‑M1/92‑1 (MQ=255)
ctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACAGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGActtc < 2:2269784‑M1/92‑1 (MQ=255)
ctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTATGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTACTTCAATTCTACCACCGCTGTCTGActtc < 2:652920‑M1/92‑1 (MQ=255)
tccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGActtct > 2:1931306‑M1/43‑135 (MQ=255)
tccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGActtct > 1:2386410‑M1/43‑135 (MQ=255)
CCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGActtct > 1:547882‑M1/1‑134 (MQ=255)
cttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCttt < 1:2309918‑M1/95‑1 (MQ=255)
CATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCttt < 1:1935061‑M1/135‑1 (MQ=255)
CATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCttt < 2:1071996‑M1/135‑1 (MQ=255)
CATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGACATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCttt < 1:2835504‑M1/135‑1 (MQ=255)
tcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGAt > 2:2307824‑M1/37‑135 (MQ=255)
ggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGAtct < 1:317024‑M1/101‑1 (MQ=255)
TTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCa < 2:2606848‑M1/133‑1 (MQ=255)
TTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCa < 2:849595‑M1/133‑1 (MQ=255)
taactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTc > 2:1411315‑M1/28‑135 (MQ=255)
taactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTc > 2:598874‑M1/28‑135 (MQ=255)
aaaaaCAGCTCC‑TGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGgt < 1:1862623/135‑1 (MQ=255)
AAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTcgatcgg < 1:2018282‑M1/135‑4 (MQ=255)
aaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTc < 1:1456934‑M1/108‑1 (MQ=255)
aaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGgt < 2:1013657‑M1/115‑1 (MQ=255)
aaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGgt < 1:371544‑M1/115‑1 (MQ=255)
aacagctccttgcagtatTTCCCCGATTTGTTCATCGATATTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGTTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGgtgt > 1:2791529‑M1/19‑135 (MQ=255)
cagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGAtc < 1:288475‑M1/100‑1 (MQ=255)
cagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCg > 2:1991681‑M1/17‑135 (MQ=255)
cttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCaa < 2:2498790‑M1/69‑1 (MQ=255)
cttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTac > 2:2864665‑M1/11‑85 (MQ=255)
CTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCa < 1:2274977‑M1/135‑1 (MQ=255)
CTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTc > 2:1549689‑M1/1‑77 (MQ=255)
ctgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGcatctaa < 2:807719‑M1/126‑4 (MQ=255)
tgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAAt > 2:719033‑M1/9‑135 (MQ=255)
tgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAAt > 2:1797130‑M1/9‑135 (MQ=255)
tgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGATGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAAt > 1:2680759‑M1/9‑135 (MQ=255)
tGCAGGCTTTCCCCGCTTTGGCCCTCGTTCTTGGTCAACAAGCCACCGCCTGGTGTCACTCGGTTTTGTTTAGTTTCTTCTTCCACGTGTTTGTTACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAAt < 1:417592/135‑1 (MQ=255)
caggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTc > 1:217543‑M1/7‑135 (MQ=255)
tcCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGt > 2:2813597/1‑135 (MQ=255)
cGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATAccctatt > 2:1608290/1‑130 (MQ=255)
cGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGActtctt > 1:457427/1‑89 (MQ=255)
cGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGtt > 1:1761206/1‑134 (MQ=255)
cTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTTTCGCATCTAATTCATACCCTATTGgc < 1:665908/135‑1 (MQ=255)
cTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGgc < 2:403302/135‑1 (MQ=255)
ttGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGgcg < 1:167556/134‑1 (MQ=255)
tGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGc < 1:1994519/110‑1 (MQ=255)
tGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAAt > 1:109520/1‑117 (MQ=255)
tGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGgcg < 2:451319/133‑1 (MQ=255)
tGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCt > 1:1514893/1‑135 (MQ=255)
tGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCt > 1:751646/1‑135 (MQ=255)
ggTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCtt < 1:1049744/135‑1 (MQ=255)
aTCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGAGt > 2:546957/1‑135 (MQ=255)
tCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGtt < 2:1514893/135‑1 (MQ=255)
gATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTc < 1:1555404/135‑1 (MQ=255)
cTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTAc < 1:951191/135‑1 (MQ=39)
tttGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTAcc < 2:2029959/135‑1 (MQ=39)
gTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTAcc > 1:842627/1‑132 (MQ=38)
aaCACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTAc > 1:1831455/1‑128 (MQ=38)
aaCACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTg < 2:1312039/134‑1 (MQ=255)
acacGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGAt < 1:793955/135‑1 (MQ=255)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 2:2188594/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 2:512484/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:2224143/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:892327/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGAt > 1:2600579/1‑131 (MQ=38)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 2:1269394/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 2:1862380/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:2547551/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 2:2132289/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:1239421/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 2:207947/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:1418932/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:1713800/135‑4 (MQ=37)
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CTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAAT > SRR22894674.2349795/1‑151 (MQ=60)
CTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAAT > SRR22894674.2860407/1‑151 (MQ=60)
CTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGATGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAAT > SRR22894674.1305916/1‑151 (MQ=60)
CTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATAGGTGTCGCATCTAAT > SRR22894674.2554463/1‑151 (MQ=60)
CTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGC > SRR22894674.1576234/1‑105 (MQ=60)
aaAAAAACAGCTACTTGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATT < SRR22894674.1478272/149‑1 (MQ=60)
CAAAAACAGCTCCTTGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTC < SRR22894674.925389/151‑1 (MQ=60)
CAAAAACAGCTCCTTGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTC < SRR22894674.1751700/151‑1 (MQ=60)
AAAACAGCTCCTTGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGTTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCAT < SRR22894674.234308/151‑1 (MQ=60)
AAACAGCTCC‑TGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATAC < SRR22894674.2059435/151‑1 (MQ=60)
AACATCTCC‑TGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACC < SRR22894674.585384/151‑1 (MQ=60)
AACAGCTCCTTGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATAC < SRR22894674.391277/151‑1 (MQ=60)
AACAGCTCCTTGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATAC < SRR22894674.2482489/151‑1 (MQ=60)
GCTCCTTGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCta > SRR22894674.306822/1‑149 (MQ=60)
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CCTTGCAGGATTTCCCCGCTGTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGGGTAAGTCGGTATTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTGCTTTCGATCTCCAACTCGATTTGTGTCGCctcaacttcataccctattg > SRR22894674.163247/1‑131 (MQ=60)
CTTGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGG < SRR22894674.1874536/151‑1 (MQ=60)
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CTCGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGG < SRR22894674.2281585/151‑1 (MQ=60)
CCTGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGG < SRR22894674.1037192/151‑1 (MQ=60)
tgggctctgttatgtgtattcgagacaGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGG < SRR22894674.919197/123‑1 (MQ=60)
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ATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAG < SRR22894674.2489799/151‑1 (MQ=60)
ATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGG > SRR22894674.1442407/1‑151 (MQ=60)
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ATATTTGTCAACAAGACACCTCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTAATTTCTACAACCTCTGTCTGACTTCTTTAGATCTAAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATAtgctc < SRR22894674.2308793/151‑6 (MQ=50)
actttttatACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCC < SRR22894674.899246/142‑1 (MQ=60)
TTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATAtgttcctgg > SRR22894674.2644167/1‑142 (MQ=60)
GTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATAtg > SRR22894674.2050830/1‑140 (MQ=60)
GTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTG > SRR22894674.2790933/1‑151 (MQ=60)
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ACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAA > SRR22894674.886980/1‑151 (MQ=60)
ACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTT > SRR22894674.2314871/1‑62 (MQ=60)
ACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCG > SRR22894674.2534495/1‑114 (MQ=60)
ACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAA > SRR22894674.2543526/1‑151 (MQ=60)
ACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAA > SRR22894674.1516212/1‑151 (MQ=60)
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CGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCGATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAAC > SRR22894674.1223711/1‑150 (MQ=60)
GTCACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAAC < SRR22894674.2138664/149‑1 (MQ=60)
ACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGT > SRR22894674.1904422/1‑151 (MQ=60)
ACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGT > SRR22894674.2613301/1‑151 (MQ=60)
ACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCC < SRR22894674.1565872/137‑1 (MQ=60)
ACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCG < SRR22894674.1430840/150‑1 (MQ=60)
CACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGT > SRR22894674.2046108/1‑150 (MQ=60)
GCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATT > SRR22894674.1208452/1‑151 (MQ=60)
GCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCtataggggtattttaaactacaacgagacaacgtgaagcttatattgataacatt > SRR22894674.2246167/1‑96 (MQ=60)
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GCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCAAATTCATACCCAGTTGGCGCTTGctgtgtattatacacatctacgagcccacgagactcatagatt > SRR22894674.508339/1‑108 (MQ=60)
CTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCCACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTATTTCATACCCTCTTGGCGCTTGTGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGC < SRR22894674.698931/151‑1 (MQ=60)
GGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCA > SRR22894674.1793624/1‑151 (MQ=60)
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CGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTATACCAGCTGATATTCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCAT > SRR22894674.1858179/1‑151 (MQ=60)
ATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATC < SRR22894674.250998/150‑1 (MQ=60)
|
TCTATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATC > AssemblyC74_contig_12/58964‑59262
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
