Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R2
|
44 |
314.5 |
5848508 |
99.3% |
5807568 |
128.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AssemblyC74_contig_12 |
59,248 |
C→T |
A30A (GCG→GCA) |
rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 ← |
Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,248 | 0 | C | T | 99.6%
| 840.8
/ ‑5.7
| 256 | A30A (GCG→GCA) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (124/130); total (126/130) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
TTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑C > AssemblyC74_contig_12/59116‑59337
|
ttctttcGTCAATTCTACCACCGCAGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTAGAAAGGTTTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGAATGGGTTTCTAACATCTGATACACTCCTGGAGCTAAGACGACAATCGc > 2:1088831/1‑135 (MQ=25)
aaTCCTACCACCGCTGTCTGACTACTTTCGATCACAAACTCGATTGGTTTCGCATCTATTTCCTTCCCTATTTGAGCTGGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTcc < 1:1460849/134‑1 (MQ=16)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGTTCTCATTCTCTTTTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTCTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCAt < 1:1128499/135‑1 (MQ=18)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGTGCTCAAACTCGTTTGGTGTCGCATCTTATTCATTCCGTATTGGCGCTTGAGTTTATACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCAt < 2:1514203/135‑1 (MQ=18)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCATCCTCGATCGGTGTCGCATATTATTCATCACTTTTCGGCTGTTGAGGTTGTACAAGCTGTAATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCAt < 2:2262742/135‑1 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTAAAACTCGATTGGTGTCGCATCTTATTCATAGGCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGGTGATATGCTCCTGGTGATTAAGCGTCAATTGCCTGTTTTCCAt < 1:6324/135‑1 (MQ=18)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTAGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCAt < 2:2282458/135‑1 (MQ=18)
tACCACCTCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGTTTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGATGATATGTTCCTGGTGCTAAAACGTCAATTGCCAGTTTTCCATCttc < 1:1101124/135‑3 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTACGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTTCCAGCTGTGATTCTCCTGTTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCAtcttct < 1:789163/135‑1 (MQ=18)
accaccGCCGTCCGACTTCTTTCGATCTCAATCTCGCTTGCTGTCGGATATAATTCATACTCTTGTGGCGCTTGGTTTTATAGATGCTGATAAGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCAtcttct < 2:848214/135‑1 (MQ=255)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 2:2641413/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 1:1728804/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt > 2:1157996/1‑135 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 1:1956524/135‑1 (MQ=17)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTa > 1:1066388/1‑135 (MQ=17)
tGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAa > 1:2059841‑M1/1‑133 (MQ=255)
tGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGa < 2:4050/135‑1 (MQ=17)
tGACTGCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAa > 1:2157109‑M1/1‑133 (MQ=255)
gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaac > 1:267772‑M1/1‑132 (MQ=255)
gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaac > 2:680881‑M1/1‑132 (MQ=255)
cttcttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccg > 1:2846144/1‑134 (MQ=14)
tcttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggt < 1:2552713/135‑4 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTTACGCATCTAATTCATACCCTAATGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGATCCTGGTGATAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTATACTGTAGTTAAAccggtt > 2:141596/1‑131 (MQ=12)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt > 2:1725114/1‑131 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCAt < 1:841262/112‑1 (MQ=14)
ttCGATCTCAATCTCGATTGGTGTCTCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTTAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCTTTTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAAccggtttg < 1:957774/135‑7 (MQ=2)
gATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGt > 2:289701/1‑100 (MQ=17)
gATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTcc < 2:1934804/105‑1 (MQ=14)
gATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTcc > 1:1934733/1‑105 (MQ=14)
tcAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCAt > 2:1360921/1‑103 (MQ=14)
tcAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 2:582396/117‑1 (MQ=11)
tCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttc < 2:486857‑M1/134‑33 (MQ=255)
cATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgt > 1:1024836‑M1/1‑99 (MQ=255)
cATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgt > 1:521795‑M1/1‑99 (MQ=255)
tCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaa > 1:1340565‑M1/1‑91 (MQ=255)
tCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaa > 2:1885887‑M1/1‑91 (MQ=255)
tCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaa > 2:894731‑M1/1‑91 (MQ=255)
cATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaa < 2:1703281‑M1/135‑46 (MQ=255)
cATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaa < 1:1179183‑M1/135‑46 (MQ=255)
ccctattggcgcTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaa > 1:1867372‑M1/6‑86 (MQ=255)
ctattggcGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagc > 2:2732536‑M1/4‑84 (MQ=255)
tattggCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctcc > 2:493234‑M1/3‑83 (MQ=255)
tattggCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctcc < 1:2633729‑M1/133‑53 (MQ=255)
attgGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctcct < 2:1278192‑M1/134‑54 (MQ=255)
tGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttg > 1:53889‑M1/1‑80 (MQ=255)
tGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttg < 2:390949‑M1/135‑56 (MQ=255)
tGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttatccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttg < 2:1667821‑M1/135‑56 (MQ=255)
gcgcTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCttc > 1:2232761/1‑65 (MQ=11)
gcgcTTGAGTTTCTACCAGCTGATGTGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaa > 1:1591825‑M1/1‑78 (MQ=255)
gcgcTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaa > 2:715672‑M1/1‑78 (MQ=255)
gcgcTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaa > 2:257765‑M1/1‑78 (MQ=255)
gcgcTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaa > 2:449269‑M1/1‑78 (MQ=255)
gcgcTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaa > 1:731267‑M1/1‑78 (MQ=255)
gcgcTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaa > 1:1310451‑M1/1‑78 (MQ=255)
gcgcTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttatccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaa > 1:2718948‑M1/1‑78 (MQ=255)
cTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaagga < 1:2344528‑M1/135‑61 (MQ=255)
gggTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATAGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGACCTGTGTGAAGATGTTCTCCTTAGCCTTTATGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGaaat > 2:2069885/1‑132 (MQ=9)
gagttTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggactt > 1:2063936‑M1/3‑72 (MQ=255)
gagttTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggactt > 1:918169‑M1/3‑72 (MQ=255)
gagttTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggactt > 1:1368443‑M1/3‑72 (MQ=255)
gagttTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggactt > 1:2012813‑M1/3‑72 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttc > 2:2822404‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaactgctccttgaaggacttc > 2:1751495‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttc > 2:338233‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttc > 2:318124‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggact < 2:2466341‑M1/132‑63 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGATCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAtaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggact > 1:2466341‑M1/1‑70 (MQ=255)
tttCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttca < 2:1017754‑M1/134‑66 (MQ=255)
tACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccact < 1:391808‑M1/135‑71 (MQ=255)
aCCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccact > 2:1851530‑M1/1‑64 (MQ=255)
aCCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccact > 2:2584926‑M1/1‑64 (MQ=255)
gCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgcctt < 1:2900466‑M1/135‑76 (MQ=255)
gatatgctcctggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgcctt < 1:428907‑M1/126‑76 (MQ=255)
gatatgctcctggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgcctt < 1:2686702‑M1/126‑76 (MQ=255)
atatgctcctgGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagc > 2:2368461‑M1/6‑56 (MQ=255)
atatgctcctgGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctcct > 2:760708‑M1/6‑56 (MQ=255)
atatgctcctgGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctcct < 1:760708‑M1/104‑54 (MQ=255)
atatgctcctgGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagcaccttgaaggacttca > 2:120663‑M1/6‑56 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:731267‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:1176656‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:110078‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:1504953‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:363540‑M1/134‑86 (MQ=255)
tGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCAACATCTCCTGTAGTTAcaccggtttggagcgttactccttctcgtttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaat < 2:2019871‑M1/135‑89 (MQ=255)
ggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAcaccggtttgtagcgtttctccttctcggttc < 1:1006259‑M1/78‑33 (MQ=255)
ggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctctgttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatt < 2:160504‑M1/135‑90 (MQ=255)
ggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatt > 1:1893‑M1/1‑46 (MQ=255)
ggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatt > 2:2037091‑M1/1‑46 (MQ=255)
ggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatt > 2:2839861‑M1/1‑46 (MQ=255)
ggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatt > 2:783274‑M1/1‑46 (MQ=255)
gagctAAACCGACAATTGCCAGTTTTCCATCTACTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctcctagaagtacttcaccactgccttcagcaagtttaatta > 2:2439373‑M1/3‑45 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta < 1:1608550‑M1/135‑91 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta < 2:2147516‑M1/135‑91 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattag > 1:1738601‑M1/1‑43 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttca < 1:306376‑M1/108‑66 (MQ=255)
ccGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaac > 1:1786827‑M1/1‑37 (MQ=255)
ccGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaac > 2:1298253‑M1/1‑37 (MQ=255)
gTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacacc < 1:1885887‑M1/135‑101 (MQ=255)
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gTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta > 1:7057‑M1/1‑35 (MQ=255)
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TTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑C > AssemblyC74_contig_12/59116‑59337
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
