Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
47 |
403.1 |
7099244 |
99.3% |
7049549 |
128.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AssemblyC74_contig_12 |
59,264 |
G→T |
A25E (GCA→GAA) |
rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 ← |
Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,264 | 0 | G | T | 99.3%
| 951.6
/ ‑1.7
| 280 | A25E (GCA→GAA) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base T (133/145); total (133/147) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
TACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_12/59131‑59337
|
cccccccGCTCTCTGCCTACTTTCGATCTCAACCTCGAGAGTTCTCGGATCCAATTCACCCCCATCTGGCGCCTGGCTTTCTACAAGCTGATACCATCCTGGTGCTAAGCCGTCTATCGCCAGTTTTCCATCTGc < 2:1506942/130‑1 (MQ=12)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTATACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 1:317283/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 2:934925/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 2:55287/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt > 2:1979922/1‑135 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 2:1231773/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 1:2803129/135‑1 (MQ=17)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTa > 1:1185904/1‑135 (MQ=17)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTa < 1:727582/135‑1 (MQ=17)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTa < 1:3198087/135‑1 (MQ=17)
gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAc > 2:157229/1‑135 (MQ=14)
aCTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaacc < 1:2468392‑M1/135‑5 (MQ=255)
aCTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCAGATCAGTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGGCAATTGCCAGTTTTCCCGCTTCTCCTGTAGTTAGAcc > 1:273470/1‑135 (MQ=17)
tcttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggt < 1:488626/135‑4 (MQ=17)
tcttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggt < 1:1045980‑M1/135‑8 (MQ=255)
tcttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggt < 1:2676045/135‑4 (MQ=14)
tcttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggt < 2:3044319/135‑4 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtt > 1:985945‑M1/1‑127 (MQ=255)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 1:1123061/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt > 2:757331/1‑131 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt > 2:2589511/1‑131 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 2:687791/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 2:2962491/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 2:3064465/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 1:1799369/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAAccggtt < 2:205997/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 2:3548385/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 2:461246/135‑5 (MQ=14)
tGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCAtcttct < 2:737243/70‑1 (MQ=11)
tGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCAtcttct > 1:737243/1‑70 (MQ=11)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttc > 1:1528912‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttc > 1:1965278‑M1/1‑70 (MQ=255)
tttCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttca < 2:1899024‑M1/134‑66 (MQ=255)
ttCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcac > 1:1907692‑M1/1‑68 (MQ=255)
ttCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcac > 1:1557363‑M1/1‑68 (MQ=255)
aCCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccact > 1:1401743‑M1/1‑64 (MQ=255)
ccAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccact > 2:2445660‑M1/1‑63 (MQ=255)
tGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttc > 1:236611‑M1/1‑58 (MQ=255)
gatatgctcctggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcag > 2:2194167‑M1/7‑57 (MQ=255)
gatatgctcctggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcag > 2:2402551‑M1/7‑57 (MQ=255)
gatatgctcctggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttc < 1:1275141‑M1/127‑77 (MQ=255)
gatatgctcctggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgcctt < 2:1870580‑M1/126‑76 (MQ=255)
atatgctcctgGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagc > 2:1648127‑M1/6‑56 (MQ=255)
atatgctcctgGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagc > 1:1326281‑M1/6‑56 (MQ=255)
atatgctcctgGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctcct < 2:401609‑M1/104‑54 (MQ=255)
atatgctcctgGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctcct > 1:401609‑M1/6‑56 (MQ=255)
ccTGGTGCTACACCTTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAcaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:514082‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:3419214‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:988618‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:192127‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:2777313‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:2892157‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:2142967‑M1/134‑86 (MQ=255)
cTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccact < 1:3461206‑M1/118‑71 (MQ=255)
tGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctcct > 1:2576786‑M1/1‑47 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta < 1:2315597‑M1/135‑91 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta < 1:2525850‑M1/135‑91 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta > 1:2425237‑M1/1‑45 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactc > 2:377809‑M1/1‑45 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattag > 1:2222746‑M1/1‑43 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattag > 2:2295756‑M1/1‑43 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattag > 2:2785760‑M1/1‑43 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt > 2:2485449‑M1/1‑43 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttca > 1:3047483‑M1/1‑43 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaa > 2:1008590‑M1/1‑43 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaa < 1:1008590‑M1/100‑58 (MQ=255)
aaccgtCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:169489‑M1/122‑86 (MQ=255)
accgTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaa > 1:3000724‑M1/2‑38 (MQ=255)
ccGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttc < 2:2572102‑M1/69‑33 (MQ=255)
ccGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtatctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaac > 2:858936‑M1/1‑37 (MQ=255)
ccGTCAATTGCCAGTTTTACATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaac > 1:365743‑M1/1‑37 (MQ=255)
cGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacac < 1:69747‑M1/135‑100 (MQ=255)
cGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacac < 2:3461996‑M1/135‑100 (MQ=255)
aaTTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacc > 2:1457035‑M1/1‑32 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTCGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:1145576‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 1:2661149‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:2333035‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 1:1986942‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:2234074‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:2129068‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 1:3088048‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacac > 1:2123263‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaa < 1:3317138‑M1/124‑97 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattag < 1:1469908‑M1/119‑92 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt > 1:1174094‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaa > 2:2184385‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaa < 1:2184385‑M1/73‑46 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctg < 1:3269474‑M1/62‑35 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctg > 2:3269474‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttc < 2:1813285‑M1/60‑33 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttc > 2:1727937‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaacggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagatccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:1374477‑M1/4‑31 (MQ=255)
aGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcacccctgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatca < 2:2122839‑M1/135‑111 (MQ=255)
gTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatcaa > 1:1101533‑M1/1‑24 (MQ=255)
gTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaaca < 2:3190596‑M1/71‑48 (MQ=255)
ttCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatcaag < 1:2638164‑M1/133‑113 (MQ=255)
tCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacacaacccgtatcaaggat < 1:868202‑M1/135‑116 (MQ=255)
aTCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatcaaggatgtt > 2:2311032‑M1/1‑17 (MQ=255)
tcttctCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatcaaggatgttt < 1:167964‑M1/135‑120 (MQ=255)
tcttctCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatcaaggatgttt < 1:657688‑M1/135‑120 (MQ=255)
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TACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_12/59131‑59337
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
