Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R2
|
44 |
314.5 |
5848508 |
99.3% |
5807568 |
128.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AssemblyC74_contig_12 |
59,264 |
G→T |
A25E (GCA→GAA) |
rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 ← |
Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,264 | 0 | G | T | 99.6%
| 926.9
/ NA
| 266 | A25E (GCA→GAA) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (144/121); minor base A (1/0); total (145/121) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
ACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑C > AssemblyC74_contig_12/59132‑59337
|
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 2:1221001/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt > 1:2416946/1‑135 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 1:1956524/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 1:742199/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 1:1728804/135‑1 (MQ=17)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTa > 2:183991/1‑135 (MQ=17)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTa > 1:1066388/1‑135 (MQ=17)
tGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAa > 1:2059841‑M1/1‑133 (MQ=255)
tGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGa < 2:4050/135‑1 (MQ=17)
gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaac > 2:680881‑M1/1‑132 (MQ=255)
gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaac > 1:267772‑M1/1‑132 (MQ=255)
aCTTCTTTCGATCTCAATCTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCTTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCATCTGATATGCTCCTGGTGATAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAAcc < 2:1086044/135‑1 (MQ=14)
aCTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaacc > 2:2618234‑M1/1‑131 (MQ=255)
cttcttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccg > 2:2473639/1‑134 (MQ=14)
tcttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggt < 1:2552713/135‑4 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTTACGCATCTAATTCATACCCTAATGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGATCCTGGTGATAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTATACTGTAGTTAAAccggtt > 2:141596/1‑131 (MQ=12)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 2:1284108/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 1:2857361/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAAccggtt < 1:814796/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTGTCTACCCGCTGATATGCTCCTGGTGATAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 1:2633559/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 2:2835504/135‑5 (MQ=14)
tCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAg > 1:36485/1‑125 (MQ=17)
tCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAg < 2:776948/125‑1 (MQ=17)
tCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttc < 2:486857‑M1/134‑33 (MQ=255)
cATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgt > 1:1024836‑M1/1‑99 (MQ=255)
tctaattcATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaa > 2:1172012‑M1/4‑97 (MQ=255)
tCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaa > 1:1340565‑M1/1‑91 (MQ=255)
cATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaa < 1:1179183‑M1/135‑46 (MQ=255)
ccctattggcgcTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaa < 2:1867372‑M1/126‑46 (MQ=255)
ccctattggcgcTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaa > 1:1867372‑M1/6‑86 (MQ=255)
cctattggcgCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagc > 1:71674‑M1/5‑85 (MQ=255)
attgGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctcct < 1:124482‑M1/134‑54 (MQ=255)
tGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttg > 1:1467156‑M1/1‑80 (MQ=255)
tGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttg > 2:848503‑M1/1‑80 (MQ=255)
tGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttg < 2:2038191‑M1/135‑56 (MQ=255)
tGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttg < 2:390949‑M1/135‑56 (MQ=255)
tGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttg > 1:53889‑M1/1‑80 (MQ=255)
tGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttatccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttg < 2:1667821‑M1/135‑56 (MQ=255)
ggCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttga > 1:2225330‑M1/1‑79 (MQ=255)
gcgcTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaa > 1:2189930‑M1/1‑78 (MQ=255)
gcgcTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaa > 2:257765‑M1/1‑78 (MQ=255)
gcgcTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaa > 1:2508226‑M1/1‑78 (MQ=255)
gcgcTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttatccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaa > 1:2718948‑M1/1‑78 (MQ=255)
cTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaagga < 2:2402076‑M1/135‑61 (MQ=255)
cTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaagga < 1:2344528‑M1/135‑61 (MQ=255)
gggTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATAGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGACCTGTGTGAAGATGTTCTCCTTAGCCTTTATGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGaaat > 2:2069885/1‑132 (MQ=9)
gagttTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggactt > 1:1368443‑M1/3‑72 (MQ=255)
gagttTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggactt > 1:1123654‑M1/3‑72 (MQ=255)
gagttTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggactt > 1:2012813‑M1/3‑72 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAtaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttc > 2:910036‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaactgctccttgaaggacttc > 2:1751495‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttc > 2:338233‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTATTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttc > 2:2858251‑M1/1‑70 (MQ=255)
tttCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttca < 2:2268162‑M1/134‑66 (MQ=255)
tttCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttca < 2:1017754‑M1/134‑66 (MQ=255)
gCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgcctt < 1:2900466‑M1/135‑76 (MQ=255)
gatatgctcctggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgcctt < 1:428907‑M1/126‑76 (MQ=255)
gatatgctcctggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgcctt < 1:2686662‑M1/126‑76 (MQ=255)
atatgctcctgGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctcct < 1:760724‑M1/104‑54 (MQ=255)
atgctccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagca < 1:1525419‑M1/131‑81 (MQ=255)
tgctcCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctcctgctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatg > 2:2732011‑M1/3‑53 (MQ=255)
ccaggtgcTACACCGACAATTGCCAGTATTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:739565‑M1/131‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:1340565‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:2787433‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:727837‑M1/134‑86 (MQ=255)
tGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCAACATCTCCTGTAGTTAcaccggtttggagcgttactccttctcgtttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaat < 2:2019871‑M1/135‑89 (MQ=255)
ggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAcaccggtttgtagcgtttctccttctcggttc < 1:1006259‑M1/78‑33 (MQ=255)
ggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctctgttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatt < 2:160504‑M1/135‑90 (MQ=255)
ggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatt > 1:1893‑M1/1‑46 (MQ=255)
ggTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatt > 1:2830927‑M1/1‑46 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta > 2:171755‑M1/1‑45 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta < 1:1608550‑M1/135‑91 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta < 2:2147516‑M1/135‑91 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattag > 1:1754228‑M1/1‑43 (MQ=255)
cGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAcaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacac < 2:1985812‑M1/135‑100 (MQ=255)
gTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacacc < 2:110923‑M1/135‑101 (MQ=255)
gTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacacc < 2:1195177‑M1/135‑101 (MQ=255)
gTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacacc < 1:1885887‑M1/135‑101 (MQ=255)
gTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacacc < 1:757054‑M1/135‑101 (MQ=255)
gTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtgtaattagttcaacac > 2:2357728‑M1/1‑35 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTATTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggccttctccactgccttccgcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:356771‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:1688903‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 1:1091686‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:511074‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:1469491‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 1:926826‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 1:529541‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 1:655644‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacacaaccc > 2:2443538‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta > 1:1808519‑M1/4‑31 (MQ=255)
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|
ACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑C > AssemblyC74_contig_12/59132‑59337
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
