Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
46 |
290.7 |
5144628 |
99.3% |
5108615 |
130.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AssemblyC74_contig_12 |
59,264 |
G→T |
A25E (GCA→GAA) |
rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 ← |
Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,264 | 0 | G | T | 99.5%
| 640.7
/ ‑5.5
| 191 | A25E (GCA→GAA) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (87/103); total (88/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
ACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGAC > AssemblyC74_contig_12/59132‑59337
|
accaccGCTGTCTGACTACTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCCTACACTATTGTCTCGTGTGTTTGTACAAGCTGATATGCTACTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCAtcttct < 1:758832/135‑1 (MQ=255)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 2:930373/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt > 2:724727/1‑135 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 2:551006/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 1:1742237/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 2:2565183/135‑1 (MQ=17)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCAtcttct < 1:2349845/125‑1 (MQ=17)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTa > 1:7536/1‑135 (MQ=17)
tGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaa < 1:2530717‑M1/135‑3 (MQ=255)
tGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAa > 2:2424407‑M1/1‑133 (MQ=255)
gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaac > 2:426529‑M1/1‑132 (MQ=255)
gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAc > 2:2189678/1‑135 (MQ=14)
gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCGTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAc > 1:1156195/1‑135 (MQ=14)
aCTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaacc > 2:389264‑M1/1‑131 (MQ=255)
cttcttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccg > 2:1712469/1‑134 (MQ=14)
tcttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggt < 2:2472434/135‑4 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtt > 2:1020370‑M1/1‑127 (MQ=255)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 2:2054431/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAAccggtt < 2:1809209/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAAccggtt < 1:1526635/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATGGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 1:2141811/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATAAACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATAGCGAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGAccggtg > 1:414880/1‑131 (MQ=255)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCAGCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt > 2:1390447/1‑126 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCCATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt > 2:1236022/1‑131 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 2:2142726/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 1:1373381/135‑5 (MQ=14)
ttCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtttg < 1:2046165/135‑7 (MQ=14)
gATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCAtcttct > 2:522853/1‑112 (MQ=14)
gATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCAtcttct < 1:522853/112‑1 (MQ=14)
taatTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAtaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactc < 2:515079‑M1/134‑41 (MQ=255)
ggCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttc < 1:693885‑M1/111‑33 (MQ=255)
gcgcTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCAtcttct > 2:1857063/1‑68 (MQ=11)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttc > 1:1758563‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttg < 1:578994‑M1/125‑56 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttg > 2:578994‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaa > 1:1615409‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagagtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagatccatgaaggacttc > 2:686828‑M1/1‑70 (MQ=255)
tttCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttca < 2:274212‑M1/134‑66 (MQ=255)
tttCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttca < 2:1172589‑M1/134‑66 (MQ=255)
tttCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttca < 2:1890863‑M1/134‑66 (MQ=255)
ttCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcac > 1:443573‑M1/1‑68 (MQ=255)
tCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcac < 1:2177841‑M1/133‑67 (MQ=255)
tGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaagga > 2:1181517‑M1/1‑58 (MQ=255)
tGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaagga < 1:1181517‑M1/118‑61 (MQ=255)
atatgctcctgGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagc > 2:1064727‑M1/6‑56 (MQ=255)
atatgctcctgGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagc > 1:2419886‑M1/6‑56 (MQ=255)
atatgctcctgGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcgggtctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagc > 1:358813‑M1/6‑56 (MQ=255)
tatgctcctGGTGATATACCGTCAATTGACAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAatccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaataacagctccttgaatgacttcaccactgccttcagca < 1:686828‑M1/131‑81 (MQ=255)
atgctccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagca < 2:655301‑M1/131‑81 (MQ=255)
ccTTGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATATTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:746012‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:841424‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:1394651‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:603483‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:381030‑M1/134‑86 (MQ=255)
ccTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTCAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 2:2216475‑M1/134‑86 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta < 1:101199‑M1/135‑91 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta < 2:2339669‑M1/135‑91 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta < 1:388682‑M1/135‑91 (MQ=255)
gTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatta > 1:1699761‑M1/1‑45 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattag < 1:1848049‑M1/134‑92 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattag > 2:1192135‑M1/1‑43 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattag > 2:278770‑M1/1‑43 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattag > 1:2365980‑M1/1‑43 (MQ=255)
gCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctcct > 1:276159‑M1/1‑43 (MQ=255)
aaaccgtcAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttca < 1:2238969‑M1/132‑96 (MQ=255)
aaaccgtcAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttca < 1:1086427‑M1/132‑96 (MQ=255)
ccGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaac > 2:1350731‑M1/1‑37 (MQ=255)
ccGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaac > 1:554262‑M1/1‑37 (MQ=255)
cGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAcaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacac < 2:2010461‑M1/135‑100 (MQ=255)
cGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacac < 2:2503946‑M1/135‑100 (MQ=255)
cGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacac < 2:909112‑M1/135‑100 (MQ=255)
cGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacac < 1:1570707‑M1/135‑100 (MQ=255)
gTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaacaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacac > 2:1083219‑M1/1‑35 (MQ=255)
gTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacacc < 1:1565511‑M1/135‑101 (MQ=255)
gTCAATTGCCAGTTTTCAATCTTCTACTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcgggtctgtaactcaaaaaaagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacacc < 2:1594752‑M1/135‑101 (MQ=255)
aaTTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaatt < 1:918574‑M1/121‑90 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAcaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:2067369‑M1/113‑86 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctctgttctgtaactcaaaatcagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:2358480‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaatcagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:280127‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 1:24965‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 1:1058316‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:824525‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 1:129498‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:443689‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:1093440‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:2528852‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccaccc > 2:1883166‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgttt < 1:2006076‑M1/113‑86 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccact < 2:1216440‑M1/98‑71 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccact > 1:1216440‑M1/4‑31 (MQ=255)
attgccaGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaaca < 2:2035030‑M1/75‑48 (MQ=255)
gCCAGATTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAatccgttttttagggtttctccttctcggttatgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgta < 1:1980964‑M1/135‑108 (MQ=255)
aGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatca < 1:1526923‑M1/135‑111 (MQ=255)
ttCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatcaag < 1:1440314‑M1/133‑113 (MQ=255)
ttCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatcaag < 2:1758324‑M1/133‑113 (MQ=255)
ttCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatcaag < 2:2019596‑M1/133‑113 (MQ=255)
tcttctCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatcaaggatgttt < 2:344472‑M1/135‑120 (MQ=255)
tcttctCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatcaaggatgttt < 2:122318‑M1/135‑120 (MQ=255)
tcttctCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatcaaggatgttt < 1:1487162‑M1/135‑120 (MQ=255)
tcttctCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccactgccttcagcatgtttaattagttcaacaccacccgtatcaaggatgttt < 2:853479‑M1/135‑120 (MQ=255)
|
ACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGAC > AssemblyC74_contig_12/59132‑59337
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
