Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F9 I0 R1
|
113 |
83.2 |
1840812 |
91.6% |
1686183 |
224.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,219,538 |
C→T |
10.6% |
A315V (GCG→GTG) |
aceK → |
isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,219,538 | 0 | C | T | 10.6%
| 181.3
/ 9.8
| 73 | A315V (GCG→GTG) | aceK | isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/29); new base T (4/3); total (39/34) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 |
CCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTGCTGGAGAAGCGGCATATTTCCCCGGCATTAATGGAATTACTGCTT > NC_000913/4219307‑4219776
|
ctgcgcgatgtcgccccgccgAAGCGGGCATTGTTTTTGGCGTTGGGCGTTCTTTTTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGt < 2:700998/224‑1 (MQ=255)
caggcctgACGACGCCCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCggg < 1:236745/235‑1 (MQ=255)
ttcctgtgtaccgccgccgAAGCGGGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTAGGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAACCCACCGCTGAATTGTATATAGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTAt < 2:270079/226‑1 (MQ=255)
cgcccgccgAAGCGATCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAAt < 1:481870/235‑1 (MQ=255)
acCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACCCCAAAACCGAAAGCTACCGCGGATATCTCGTTTTTTTACAGGGGCGTAATGAGGAGTTCATTGAAAGACCGGGTATTTGGGGaacag > 2:236745/1‑235 (MQ=255)
gAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCGACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGtt < 1:211822/239‑1 (MQ=255)
gCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGtt < 1:595514/238‑1 (MQ=255)
aTTTTTTTCGGATTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTGTATGCGCCGCTGCCCGGATCGCTGGTCGAGTGGCTCCGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTa < 1:663049/238‑1 (MQ=255)
ttttGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGGCGGTGCCCGCAGCGCTGGTCGGGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGc < 1:446636/239‑1 (MQ=255)
ttttGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGc < 1:723018/239‑1 (MQ=255)
ttaagatgccgaTTTTTTGGTTTTGGCGCCGCTGCCCGCACGCCTGGGCGGGGGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTg < 2:732345/228‑1 (MQ=255)
cgcgTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGACAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGAt < 1:138849/239‑1 (MQ=255)
ttCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCCCGTTTATCTACAGGGCCGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTTGTGGAATGGGGGTGTTGGGGTTTACCCTGCCGGGCTTTGATCggg > 2:755997/1‑239 (MQ=255)
tATGGTTTAGGCGCCGCTGCCCGCAGGGCTGGTCGAGTGGCGTCGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCAACGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAg < 1:325518/239‑1 (MQ=255)
tGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGAATGGGGTTGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGGTTTGTACGGGGTTTCAAAgac > 2:366257/1‑237 (MQ=255)
tGGTTTATACGCCGCTGCCAGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTATGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCAAACACCGAAAGCTACCGCGAGAATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGACGTTCATTGAACACCCGGGTCTTCGTGCAATGGGGATGTTGGGGGTTACACCGCGGGGCTTTAGTCgggggttaaagaga > 2:172597/1‑228 (MQ=255)
gTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCCGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGGATTCaaataact > 2:145732/1‑234 (MQ=255)
tATGCGCCGCTGCCCGCAGCGTTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAACAACACCGCTGAATTGTATATGTCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGCAAGCTACCGCGAATATCTCGTTCATCTCCAGGGCTGTAATGAGAAGTTCATTTAACCCCCGGGCCATTGTGGAAGGTGGACGTTGGAGTTTACGCGCCCGGGCTTTGACCGGGGATGCaaaatggaaac > 2:731111/1‑231 (MQ=255)
tATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGGATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGAAtt > 1:732345/1‑227 (MQ=255)
tATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTg > 1:458458/1‑217 (MQ=255)
tATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTg < 2:458458/217‑1 (MQ=255)
gcgcCGCTGCCCGCAGGGCTGGTCGGGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGa < 1:811380/239‑1 (MQ=255)
gTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCCGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGGATTCGTGGAATGGGGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCGTTGATCGGGAATTTCAAGTAACCAAAAAACGGTTGGCGCCCCGGaagag > 2:103916/1‑236 (MQ=255)
tCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATAAAAGACAGGTTCGCGCCCCAGAAaggg > 1:152132/1‑237 (MQ=255)
ggggCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGGCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGAt < 2:342722/188‑1 (MQ=255)
gTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGAt > 1:342722/1‑190 (MQ=255)
ccAGGAAAACCCACCGCTGAATTGTATATGGGTAACGGATGCCAGAAGCGCGCCAAAGCCGAAAGCTACGGCGAATATCTGGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGGGTCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGc < 1:116784/239‑1 (MQ=255)
cAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTg > 1:96110/1‑237 (MQ=255)
cAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGc < 1:755997/238‑1 (MQ=255)
aaacccccccttaatttgttttGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTTCCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTAt < 2:96110/218‑1 (MQ=255)
ccGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCGGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCTTCAAAGACAGGTTCCGCCCCCAGAAAGAGAAGTCTGCCGCTCCCGTTCGGGCGTGCTATAAAcgg > 2:68006/1‑237 (MQ=255)
cGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGGATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGCCGTCCGCTCACGTTCGTGCCGGcgaagaacggg > 2:775064/1‑229 (MQ=255)
tgaatttttattGGCTTTCGGCTGCAGGAAGGCCGCCAAAACCGAAAGCTACCGGGAATATCCCGTTTTGCTACAGGGCTGTAATGAGCAGGTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGa < 2:155217/228‑1 (MQ=255)
tGAATTGTATATGGCTATCTGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGa < 1:259471/239‑1 (MQ=255)
aaTTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGaaa > 1:627601/1‑239 (MQ=255)
tataTGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGc > 1:179214/1‑238 (MQ=255)
tatGGCTTGCCGCTGCCAGAAGCCCCCCAAAACTGAAAACTCCCTGGAATATCTCGGTTATCTACAGGGCCGAAAGGAGCATTTCCTTGAAGCGCCGGGTGTTCGGGGAATGGTGATGTTGGTTGTTACGCTAGCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTTCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACg < 2:558195/239‑1 (MQ=255)
aTCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAGCCGAATGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGt < 1:361660/239‑1 (MQ=255)
tCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGc > 2:189033/1‑205 (MQ=255)
tCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGc < 1:189033/205‑1 (MQ=255)
tCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGGGCCTCCTATCACCTGGGGAAAAAGCACCATcgccgg > 1:611640/1‑236 (MQ=255)
tGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGAGATGTTGGTGTTTACGCGGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAGAGCATCAAAGACAGGTTCCCGCGGCGACAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTCTGTTCCTGCTATCAACGGGTGAAagaggaggagcgggggggagg > 2:789305/1‑222 (MQ=255)
tGCCAGAAGCACCGCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATTTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGcc < 1:103916/238‑1 (MQ=255)
ccAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTg < 1:472288/182‑1 (MQ=255)
ccAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTg > 2:472288/1‑182 (MQ=255)
aGCACGCCAAAACCGAAAGCTTCCGGGAATTTCTTGTTTATCTACAGGGCTGTAATGGGCAGGTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGc < 1:635361/238‑1 (MQ=255)
aCGCCAAACCCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCgg < 1:366257/237‑1 (MQ=255)
atCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCgg < 1:598941/210‑1 (MQ=255)
ttaacgaCAGGGCTTTAATGAGCGGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTTGAATGGTGATGTTGGGGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTGCTGGAGAAg < 1:102279/232‑1 (MQ=255)
tCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCCGGAGTTTGAAAACTTTTTGCTGGAGAAGCGGc > 1:531387/1‑239 (MQ=255)
tCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTCTGTGCTGGAGAAGCGGc > 1:432639/1‑239 (MQ=255)
tCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGGGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGCAGTGCGGGCACCCAGGa > 2:598941/1‑210 (MQ=255)
aGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGGGAAAGTGCACGATCGCGTGGGCCCGCTGCCGGCAACCCAGGAATTTGAAAACTTTGTCGTGGAGGAGGGGGATAtt > 2:177317/1‑239 (MQ=255)
aGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCAATCAACTGGTGAAAGAGCACGATGCCGTGGGCCGAGTGGCCGACACCCAGGAGTTTAAAAACTTTGGCCTGGAGAAGCGGGAAAtt > 2:252534/1‑239 (MQ=255)
ggCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTg < 2:30244/130‑1 (MQ=255)
ggCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTg > 1:30244/1‑130 (MQ=255)
ggCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGGTTGAAAACTTTGGGCTGGAGAAGCGGCAAAttt > 1:772479/1‑238 (MQ=255)
ggCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCCCACGTTCGTGCCTGCTTTCAACTGGTGAACAGGCCAGATCCCGTGGCCCGAATGGCGGCCACCCAGGAGTTTGAAAAATTTGTCCTGGGGAAGGGGCaatttt > 2:795852/1‑233 (MQ=255)
tggaaTGATCAGTTCAGTGAAGGTCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTGGATCGGGCATTCAAAGGCAGCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCGGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTGCTGGAGAAGCGGCATATTTccc < 1:311230/235‑1 (MQ=255)
tGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCACCTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTGCTGGAGAAGCGGCATATTTcccc > 2:25734/1‑239 (MQ=255)
tGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGGGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCCCAGAAAGGGATGTGTGCCGCTCCCGTTCGTCCCTGCTATCCACTGGTTGAAAAGGCCATTCGCGGGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGGGTTTTAAAAAATTGTGGGGGAAAAGGGGGAAATTTaccc > 2:394918/1‑239 (MQ=255)
tGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGGATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGGGCACGAACGCGTGGGCCGCATGGCGGACACCCAAGAGTTTGAAAACTTTTGACGGGAGAAGGGGCATATTAcccc > 2:546819/1‑239 (MQ=255)
tAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCCACTGGGGAAAGAGCACGATCGCGGGGGCCGAATGCCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTTTGCTGGAGAAGCGGGATATTTCCCCgg > 2:449733/1‑239 (MQ=255)
aGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGAGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCAATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGGTTGAAAACTTTTGGCTGGGGAACGGGCAAATTTCCCCGGCATTa > 2:350156/1‑239 (MQ=255)
cAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGGGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTGCGGGAGAAGAGGCCAATTTCCCCGGCCTTAAt > 1:874173/1‑239 (MQ=255)
ttCATTGAAGCGGCGGGTATTCGTGGAATGGTGCTGTTGGAGGTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGGCATCCAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCTTGCTATCAACTGTTGAAAGAGAACGATCGCCAGGGCCGAAAGCCTGCCACCCAGGAGGGTGAAACATTTGTGCTGAGGAAGCGGCATATATGCCCGGCAATaaagaa > 2:115899/1‑235 (MQ=255)
ttCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGTCACCCAGGGGTTTGAAAACTTTGGGCTGGGGAAAGGGCGAATTTACCCGGCATTAATGGa > 2:228578/1‑239 (MQ=255)
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cATTGAAGCGGCGGGTATTCGTTGAATGGTGATGTTGGTGTGTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTGCTGGAGAAGCg < 1:907183/213‑1 (MQ=255)
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cgcCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTAACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTTGGCTGGAGAAGCGGCAAATTTCACCGGAATTAATGAAAATactacta > 2:223491/1‑238 (MQ=255)
cgcCGGGGATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGGGCACGATCGCGGGGGCCGAATGGCGGCCACCACGGAGTTTGAAACATTTGTGCTGGGAAAGCGGGAGTTTTCCACCGCCATAAGTGAAATACTGttt > 2:615767/1‑239 (MQ=255)
|
CCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTGCTGGAGAAGCGGCATATTTCCCCGGCATTAATGGAATTACTGCTT > NC_000913/4219307‑4219776
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
