Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F9 I0 R1
|
260 |
102.5 |
2178490 |
93.2% |
2030352 |
226.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,219,538 |
C→T |
13.8% |
A315V (GCG→GTG) |
aceK → |
isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,219,538 | 0 | C | T | 13.8%
| 189.2
/ 14.1
| 89 | A315V (GCG→GTG) | aceK | isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/32); new base T (3/8); total (48/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 |
ATACCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTG‑CTGG‑AGAAGCGGCATATTTCCCCGGCATTAATGGAATTACTGCTT > NC_000913/4219304‑4219776
|
tctccctcctgcgcccccccccggAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTTTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGGGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCg < 2:709023/216‑1 (MQ=255)
aTACCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCg > 1:774720/1‑239 (MQ=255)
aTACCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCg > 1:425019/1‑239 (MQ=255)
ccctccctgACGCCCTCCGCCGAAGCGGGCTTTTTTTTTGGCTTTGCGCGTTTTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCggg < 2:425019/238‑1 (MQ=255)
tgcctgACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTAt < 1:799246/239‑1 (MQ=255)
gcctgACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAACCCACCCAAAACCGAAAGCTACCCGGGATATTTCGTTTATCTACAGGGCTGCAATTAGCAGGTCATTTAAAGGCCGGGTAtt > 2:1071763/1‑239 (MQ=255)
cctgACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGCATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGGAAGCTACCGCGGATATCGCGGTTATCTACAGGGCTGTAAGGAGCAGGTCTTTTAAGGGCCggggttgc > 2:607812/1‑234 (MQ=255)
cctgACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCCCGTTTATTTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGACCCGGGTATTc > 2:248455/1‑239 (MQ=255)
cctgACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGAACGCCAAAACCGAAAGCTACCCCGAATATCTCCTTTTTCTACAGGGCTGGAAGTAGCAGTTCATTGAAAGGCCGGGGATTc > 2:133548/1‑239 (MQ=255)
gacgacgacCGCAGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTg < 1:680352/239‑1 (MQ=255)
cgacgacCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCGGTAATGAGCAGTTAATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGa > 1:972818/1‑239 (MQ=255)
tgggagtgtgattaagagaccggTTTTTTGGTTTGCCCGTTCTTATTGTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGa < 1:467239/216‑1 (MQ=255)
ccgAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCCGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGGATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGGGAAGTTCATTGAAAGGCCGGGGTTTGGTGGAATggggggt > 2:851088/1‑234 (MQ=255)
gAATCGGGCTTTGTTTTTTGCTTTGGGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGtt < 2:343186/239‑1 (MQ=255)
aTTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTa < 1:133548/238‑1 (MQ=255)
ttttGGCTTTGCGCGTTTTTAATTTATGGTGTATGCGCCGCTGCCCGGAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTTCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGc < 1:927021/239‑1 (MQ=255)
tGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGGAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCCGCTGCCAGAAGAACGCCAAAACCGAAAGCTACCCCTACTATGCGGTTTTACTCACGGGCCGTAATGAGAAGCTCGTTGAAGCCCCGGGGATTCGTTGAATGGGGGAGGTGGGGTTTAGgcgggcgg > 2:393670/1‑239 (MQ=255)
tGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTCCCGGGCTGTAATAGGCAGTTCCTTGAAATGCCGGGTTTTCGGGGAATGGTGATGTTGGGGTTTCAGCGGCCGGGCtttt > 2:650005/1‑238 (MQ=255)
tGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTCAAGGGCTGGAATGAGCCGTTAATTGAGACGCCGGGTATTCGTGGAATGGGGATGGTGGTGTTTACGC‑GCCgggggttgg > 2:548117/1‑233 (MQ=255)
tGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTTGAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGGGAAGTTGGGGTTTACGCGTCCgggggttg > 2:959965/1‑234 (MQ=255)
tGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGGGTTTACGCTGCCGGGCTTTg > 1:969561/1‑239 (MQ=255)
tGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTAAGCGCCGCTGGCCGCAGGGCTGGTCGAGTTGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAACCCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGTTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTg < 1:484355/239‑1 (MQ=255)
ggcttCTTTTTTTACGGTTTATGCGACGCTGCCCGCAGGTGTGGTCGAGTTGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAACCCAACGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCTCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCTGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGAt < 1:938331/235‑1 (MQ=255)
gcgTTCTTATTTTATGGTTTATGCCCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGAt < 1:747018/238‑1 (MQ=255)
tttGGTTTTTGCCCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTTCGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAg < 2:972818/237‑1 (MQ=255)
tATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAg < 1:659529/239‑1 (MQ=255)
tGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTAt > 1:679807/1‑181 (MQ=255)
tGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTAt < 2:679807/181‑1 (MQ=255)
ttATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGtcatc < 1:548117/238‑1 (MQ=255)
ttAGGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGtcatc < 1:248455/238‑1 (MQ=255)
tATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCCTTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGGATTCAAAgaaaacaa > 2:257850/1‑232 (MQ=255)
tATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCGGTAATTAGACGTTCATTGAAGAGCCGGGGATTCGGGGACAGGGGATGTTGGTGTTTAAGCGTCCGGGCTTTGGTCGGGGGTTTAAAgataccaa > 2:703854/1‑232 (MQ=255)
tATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGGCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAACCCGAAACCTACCGCGAATATCTCGTTTATTTACATGACTTAAACGAGCAGTTCCTTGCAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGGGATGTTGGGGTTTACGCTGCCGGGCATTGATTGGGAATTaaaatctataaa > 2:730876/1‑231 (MQ=255)
cgcTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAAGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGGGTTTACGCTGCCGGGGTTTTGTCGGGGATTCAAAATCACCAAAGACAgg > 2:170693/1‑239 (MQ=255)
cGCAGCGTTGGTCGAGTGGCAACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCgcgc < 1:378071/239‑1 (MQ=255)
cgcTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGGGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGTTCGGGAATTCAAAGGCATCAAAGAACGGGTCCcgccgccg > 1:735627/1‑237 (MQ=255)
tttcaCGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCCCCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTc < 2:969561/234‑1 (MQ=255)
gggAAATTCTGCCAGGTAAAACCTACGCTGAATTGGATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTTCAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCt < 1:941934/239‑1 (MQ=255)
gAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGTGGAACTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGATACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTc < 1:873235/238‑1 (MQ=255)
gCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGGGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAATGCATCAAAGACAGGTTCTCGCGGCAGAAAGAGATGTCTACCGCCCACGttgggg > 2:345687/1‑235 (MQ=255)
cAGGTAAAACCGCCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGc < 1:607812/238‑1 (MQ=255)
cAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGTTGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTAACGTTCGTg > 1:207529/1‑237 (MQ=255)
cAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGcc < 1:257850/239‑1 (MQ=255)
aaCCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGGGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTAAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCCCAGAAAGAGATGTCGGCCGCTCACGTTCGGGcccggtcta > 2:141847/1‑232 (MQ=255)
ccccccgttgatttttctttGGCTTTCGGCTGCCAGAAGCCCGCCAAACCCGAATGCTACCGCGAATATCCCGTTTATTGACAGGGCTGTAATGGGCAGTGCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCa < 2:735627/220‑1 (MQ=255)
ccccctggAATTTTTTTTGGCTTTCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAAc < 2:443218/232‑1 (MQ=255)
gCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACCTTCGTGCCTGCTATCAACTggg > 1:272690/1‑238 (MQ=255)
taagtGTATTGGGCTTCCGGCTGCAAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATAGCTCGTTTATCTACAGGGCTGGAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGaa < 2:207529/235‑1 (MQ=255)
ggCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTACAGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCCCGacc > 1:207326/1‑237 (MQ=255)
ggCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGCTTTCAAAGGCATCAAAAACAGGTTCGCCCCCCAGAAAGAGAGGTCTGCCGCCCACGTTCGGGCCCGCTATCAACTGGGGAAAAAGAAcaacc > 2:673447/1‑235 (MQ=255)
cTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGGTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTTGGCCCCCCACGTTCGGGCCCCCTAACAACGGGGGAAagagagagaaggg > 2:1073486/1‑230 (MQ=255)
tacgggctccAGAAGCAAGCCAAAACCGAAAGCTGCCGCGAATATCCCGTTTATCTAGAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGt < 1:536745/231‑1 (MQ=255)
aTCGGCTGCCAGAACGACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGGTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAAGGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGt < 1:463392/239‑1 (MQ=255)
tCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGCATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGGATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGCATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGGCTGCCGCTAACGTTCGTGCCTGCTATCACGTGGTGAAAGAGCACGATcgcggg > 1:854359/1‑237 (MQ=255)
tCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGCTGTCGGCAGCTCACGTTCGTGCCTGCTCTCAACTGGGGAAAGAGCACGATcgcggg > 1:491887/1‑237 (MQ=255)
tCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGGGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGAATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCCGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAAAGGGGGAAAGAGCACGATagcggg > 2:819710/1‑237 (MQ=255)
tCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAACGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCCCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCCCCCGTTCGTGCCTGCCATCAAATGGGGAAAGAGAACGATCGCGTg > 2:458370/1‑239 (MQ=255)
ccAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTAACAACTGGGGAAAAAACACGAACGGGGGGGCCaaa > 2:493730/1‑239 (MQ=255)
aGCCCGGCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGGCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGc < 1:311961/238‑1 (MQ=255)
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|
ATACCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTG‑CTGG‑AGAAGCGGCATATTTCCCCGGCATTAATGGAATTACTGCTT > NC_000913/4219304‑4219776
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
