Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F9 I0 R1
|
142 |
103.7 |
2603848 |
81.8% |
2129947 |
227.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,219,538 |
C→T |
6.5% |
A315V (GCG→GTG) |
aceK → |
isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,219,538 | 0 | C | T | 6.5%
| 217.6
/ 2.6
| 93 | A315V (GCG→GTG) | aceK | isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/39); new base T (4/2); total (50/43) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 |
ATACCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAAT‑GGCGGACACCCAGGAGTT‑TGAAAACTTTGTGCTGGAGAAGCGGCATATTTCCCCGGCATTAATGGAATTACTGCTT > NC_000913/4219304‑4219776
|
atccctgcctgACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCg < 2:1057494/236‑1 (MQ=255)
aTACCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCAAAAACCGAAAGATACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATTCGCAGTTCATGAAAGCGCCg > 2:604002/1‑239 (MQ=255)
acgacgacCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTgg > 2:143431/1‑239 (MQ=255)
acgacgacCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTgg > 2:625637/1‑239 (MQ=255)
gacgacCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTGGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGaa < 2:523526/239‑1 (MQ=255)
gacCGCCGAAGGGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATgg < 2:993553/239‑1 (MQ=255)
cccgccgAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTAGGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGt < 2:449107/238‑1 (MQ=255)
acCGCCGACGCGAGCATTTTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCTCT‑GCCCGAAGCGCTTGCCGACTGGCTACGGGGAATTTCGCCCGTGAAAACCGCCGGCTAATTGTCAATGGCTATCAGCTCTCAG‑AAGCACCCCCAAACCACAACCTACAGCGC‑CTCTCTGGGTTGTTTCCAGGTCTTGAATTGGCGGTTACTTAAAGCGCGCGGGATTCGGGGAAgggg > 1:1077019/1‑238 (MQ=255)
acCGCCGAAGCGCTCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGGAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATAGGCTACCAG‑AAGAACGCCACAACCGCAACCAACC‑CGACATAACCCGTTTAACTACAGGAGACGAATGGACAGGTAAATAAAACGCCGGGTACTCGGGGAAAggg > 1:380497/1‑238 (MQ=255)
ataggggtgttttGTTTTTGGCGTTGCCGGTTCTTTTTTTTTGGTTTGGGGCCGGCT‑GCCCCTGGCCGTTGTCGAGTAGCAAGGGGAAATTCTGCCAGGTAAACCCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGt < 1:696188/228‑1 (MQ=255)
gAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAACCCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCCCGTTTTTCTACAGGGCTGCAAGGAGCAGTTCATTAAAGGGCCGGGTATTCTGGGAATGGGGAGTTTGgtgt > 1:718032/1‑239 (MQ=255)
ttGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACg < 2:1077019/239‑1 (MQ=255)
ttttttgtttgttctttttttttttATTGTTTATGCGCGTGT‑TCTCACAGCGCTCGTCGGGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACGGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGGCAAAACCGAAATCTACCGCGA‑ATATCTGGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCATTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGc < 1:443576/218‑1 (MQ=255)
ttttGGTTGTGTGTGTTTTTATTTTATTGTTTAGGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGGTGGTCGAGTGGCTACGGGGAATTCTGCCAGTGAAAACACCCGCTGAATTGTATATGGCTAGCGGCTGCCAG‑AAGCACGACAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGGTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGTGTATTCGTTGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGc < 1:368557/239‑1 (MQ=255)
ttttGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGAT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGc < 2:9608/239‑1 (MQ=255)
ttttGGCTTTGCCTGTTTTTTTTTTAGGGTTTTTGCCGCGCTGGCCCGCA‑CGCTGGGCGTGTTGATACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCCCCGTTGAATTGTATCTGGCTTTCGGTGGCCAT‑AAGCACGCCTAAACCGAAAGCTGCCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGc < 1:736794/239‑1 (MQ=255)
tttgtgcttttccggtgcTTATTTTATTGTTTATGCCCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGc < 2:319640/222‑1 (MQ=255)
tttGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTGAAGCGCCGCT‑GCCCGCCGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGcc < 2:295772/239‑1 (MQ=255)
ggCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGTCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAACTAACGCGA‑AATTTCCGTTTATCTAACGGGCTGTAATTGCCAAGCCATTGAAACCCCGGGGTTTCGTGGAATGGTGGTGTTGTGGTTTACGCTGCCagg > 1:253305/1‑239 (MQ=255)
tGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGTTCGAGTGGCTACGGGCAATTCTTCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGTTATCGGCTGCCAG‑AAGCCCACAAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCACGTTTATAATCAGGGCTGTAATGAGCAGTTATATGCAGCGCCGGAGATTCCGGGAAATGGGATGTTGGGGttgagcgtcgcggctgtta > 1:255375/1‑222 (MQ=255)
tGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGGATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTg > 2:789980/1‑239 (MQ=255)
tGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGCTCATTGAAGCGCCGGGTTTTCTTGGAATGGTGAATTTGGGGTTTACACTGCGGGGGTTTg > 1:607279/1‑239 (MQ=255)
gacaatttttATGGTTTGTGCCCCGGT‑TCCCGCAGCGCGGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGTTGAAGTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCgg < 1:960544/232‑1 (MQ=255)
ttttctttATGGGCCGCT‑GCCCGAAGCGCGGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTTGATTGTATATGGCTTTCGGCTGCCAG‑AAGCACGCAAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAg < 1:912496/234‑1 (MQ=255)
tATGTTTTATGCGTCGCT‑GCCCGACGCGCTGGGTGAGTGGTCAAGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAg < 2:296288/239‑1 (MQ=255)
tATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAg < 2:718032/239‑1 (MQ=255)
tgatttATGCGCCGCT‑GCCCGAAGCGCTGGTCGAGTGGCTACTGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGGTATCGGCTGCCAT‑AAGCAACGCAAAACCGGAAGGTAACGCGA‑ACAACACGGTTATCAACAGGGCTTAAATAGGCAGTTCGTTGAAACACAGGGTTTTCGGGAGAGGGTGATTGTGGAGTGTACCCGGACGGGGGTTGTTAGGGGATTaaaaata > 1:357241/4‑236 (MQ=255)
tGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTTAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGGAATGAGCAGTTCTTTGATGCGCCGGGGATTCGTGGAATGGTGTTGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGCATTCAAAGtc > 2:593935/1‑239 (MQ=255)
tGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGCAAGCTACCGCGA‑AAATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTGCATTGAAGAGCCTGGTATTGGTGGATTGGGTATGCTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGGATTAAAAGtc > 1:1071295/1‑239 (MQ=255)
ttatggcgcggt‑GCCCGCAGCGCTGGTGGGGTGGGTCCGGGAAATTCGGCCAGGTAAAACCCCCGCGTAATTGTATTTGGCTATCGGCTGGCAG‑AAGCACGACAAAACCGAAAGGTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGtcatc < 1:143431/227‑1 (MQ=255)
tATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCCCGCCAAAACCTAAAGCTACCGGCA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGGGCAGTTCATTGAAAGCCCGGGGTCTCGTGGAATGGGGATGTTGGGGTTTGTGCTGCCGGGGTTTGATGGGGGATTAAAAGtcagaaa > 1:587018/1‑235 (MQ=255)
tATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGGGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCaa > 2:611303/1‑239 (MQ=255)
tATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGAATTCAAAGTCATCaa > 2:456076/1‑239 (MQ=255)
tATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGGGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGAATTCAAAGttggtct > 2:960544/1‑233 (MQ=255)
tATGCGCCGAT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGACTACGGGCAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCCAGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTAGTTACAGGGCGGTACATCGAAGTTCATTAAACCGCCGGGTATTCGTGGAATGGGTATGTTGGTGTTTACGCGACCGGGACTTTATCGGGTATTAACAGtacacaa > 1:819294/1‑233 (MQ=255)
ccccgtgggtgggttgCTACGGGAATTTTTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATTGGCTGCCAG‑AAGCCCGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGcgccgc < 1:625637/224‑1 (MQ=255)
cgtGGTTGAGTGGGTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATTTCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGcgccgc < 2:1071295/234‑1 (MQ=255)
tACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGGATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGGGATGTCTGc > 2:349895/1‑238 (MQ=255)
ttCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCCCGt > 2:1136965/1‑238 (MQ=255)
ccatgtaaacccccgtgtGAATTGTGTATGGTGATGGGGTGCCAGCAGGCCCGAGAAAA‑CGAACGCTCCCGGGC‑ATATCTCGTTTAGCGAAAGGGATGTACAGCGCAGTTAATTGAAGCGCCGGTTATTCGTGGAGTGGGGAGGTTGGGGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCGAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCTCCGCAGAAAGAGATGTCTGTCGCTCACGTTCGTGc < 1:604002/222‑1 (MQ=255)
ccAGGTAAAACCAACGCTGAATTGTAAATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGGGA‑ATATCGCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGc < 2:515877/239‑1 (MQ=255)
tAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCAAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTg < 2:607279/237‑1 (MQ=255)
accaccGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCa < 2:253305/239‑1 (MQ=255)
ccccgcgtaaTTTTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAAc < 2:211786/231‑1 (MQ=255)
aaTTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCCATCAACTGGGGaaa > 2:20473/1‑239 (MQ=255)
aaTTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGCATTCGTGGAAGGGGGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTAATCGGGAATTCAAAGTAATCAAAGCAAGGTCAGCACCGCGTGAAGAAAGGTTGACCCTTCACGTTCGTGCCCGTCATAAACCGGCGaaa > 1:37763/1‑239 (MQ=255)
tataTGCGTTTCGGCGTCCAG‑AACCTCGGCAAAACGAAAAGCTAACGGAG‑ATGTCACGTTTATCTGTAGGGGTGGAAGGAGCATGTCATGGAAGCGCCGGGTATTCGTTGAATGGTGATGTTGGTGTTTACTTTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTAAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGTCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCa < 1:593935/239‑1 (MQ=255)
ggCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTTTCACCTGGGGAAAGAGCACGATc > 2:995392/1‑239 (MQ=255)
ggCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGAt > 2:748853/1‑238 (MQ=255)
ttcggtcgCCAA‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCATCCTGGA‑ATTTTTCGTTTATCTACAGGGCTGGAATGATCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGt < 1:611303/232‑1 (MQ=255)
tCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAagctggctcttataca > 2:491855/1‑225 (MQ=255)
tCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAg < 2:1018397/150‑1 (MQ=255)
tCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAg > 1:1018397/1‑150 (MQ=255)
tCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCTTCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCCACCGTTAGTGCCTCCAACCAACTgggaaaaaaagacgacgggggg > 1:618632/1‑219 (MQ=255)
tCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATTCCTGCCGCTCACGTTCAGGCCTGCAATCAACGGGGGAAaaagacggaccggggg > 1:31776/1‑227 (MQ=255)
tCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTg > 2:165766/1‑239 (MQ=255)
ccAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCAGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGGGTTTACGCTGCCGGGCTTTTATCGGGTCTTCAAAGGCACCAAAGGCAGGTTGGCGCCGCAGAAAGAGATTTGTCTCCCTCACGTTCGGACCGTCTACCAACTGGGGAAAGAGcccacggccgggggcccaa > 1:76754/1‑221 (MQ=255)
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tAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAAT‑GGCGGACACCCAGGAGTT‑TGAAAACTTTGTGCTGGAGAAGGGGCATATTTCCCCg > 2:622889/1‑238 (MQ=255)
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aGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGACTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGAACGCGTGGGCCGACA‑GCCGGCAACCCCGGCGTT‑TGAAAACTTTGGCCGGGAAAACGGGCAAATTTCCCGGGAATTa > 1:303961/1‑239 (MQ=255)
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|
ATACCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCT‑GCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAG‑AAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGA‑ATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAAT‑GGCGGACACCCAGGAGTT‑TGAAAACTTTGTGCTGGAGAAGCGGCATATTTCCCCGGCATTAATGGAATTACTGCTT > NC_000913/4219304‑4219776
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
