Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F17 I0 R1
|
115 |
121.7 |
2441348 |
96.4% |
2353459 |
231.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
630,153 |
T→G |
16.5% |
V87G (GTG→GGG) |
cstA → |
carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 630,153 | 0 | T | G | 16.5%
| 239.2
/ 3.6
| 100 | V87G (GTG→GGG) | cstA | carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/35); new base G (17/3); total (62/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TCGTCTGGACAGTGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCAAAT‑GGGCTACCT‑GCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCG‑CCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGC > NC_000913/629916‑630390
|
tCGTCTGGACAGTGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTg < 1:169115/239‑1 (MQ=255)
cGTCTGGACAGTGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGCATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGCCGGGCTGGACTAT‑GTGCCGCCGGACAAGAAAGGGc > 1:340854/1‑239 (MQ=255)
tGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGGCGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGCCGGGCTGGACTCT‑GGGCCGACGGGCAAGACAGTGCTGCTCGGTCa > 2:1206989/1‑238 (MQ=255)
tGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGGCAAGAAAGTGCTGTTCGGTCa > 1:1174184/1‑238 (MQ=255)
tGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGCAAAGAAAGGGCTGTTCGGTCa > 1:96096/1‑238 (MQ=255)
ctctctGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACTGGCTGGACTAT‑GGGCCGACGGACAAGAAAGGGCTGTTCGGGCA‑CCa > 1:1092750/1‑239 (MQ=255)
ctctctGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCa > 1:1160199/1‑239 (MQ=255)
ctctctGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGCTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACCCGTATGACGCCCGCGGTGCGCCCTAACGACCGGCTGGGCTAT‑GTTGCGACGGAAAAGGAAGGGCTAGTCGGACA‑CCa > 1:717538/1‑239 (MQ=255)
tctGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCCGCGGGGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGGCGGACAAGAAAGGGCTGTTCGGTCC‑CCAttt > 1:1138208/1‑239 (MQ=255)
tGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTg < 1:914684/239‑1 (MQ=255)
tGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGCCCGGTATGACGCCCGCGGTGAGCCAGAACGACGGGGTGGACTAT‑GTGCCGACCGACACGAAAGTGCGGTTAGGTGA‑CCATTTTGCGGc > 2:946912/1‑238 (MQ=255)
tGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGAAGCGTATGTCGCCAGCCGGGCGCCATAACGCCGGGCTGGACTATGGGGCCGA‑GGACAAGGACGAGCCGTTTGGTCA‑CCATTTTggggg > 2:986262/1‑237 (MQ=255)
gAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGGGGGCCCTAACGACGGGGTGGACTAT‑GTGCCGCCGGGCAAGGAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCCtt > 1:19882/1‑239 (MQ=255)
gAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGAGCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACGCGTCGCGGTGGACGCCCGCGGATGGCCATAACGACCGGCTGGCATCA‑GTGGCGCCCAGCAAGAAAGGGATGTTCGGTCA‑CCACTTTGCGGcgcgt > 2:671773/1‑235 (MQ=255)
gCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAGAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGGCGCCAGCCGTGCGCCATAACCAGGGGGTGGACTCT‑GTGCCGACGGGCAAGAAAGGGCTGTTGGGTAACCCATTTTgggcccttc > 2:80552/1‑230 (MQ=255)
gCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGGCCCGCCGCGGATGGCCCCTGCCGGGGGCCATAACGACGGGCTGGACCAG‑GTGCCGACGGACCAGGAAGGGCTGTGCGGGCG‑CCCTTTTGCGGCCATTg > 2:502554/1‑238 (MQ=255)
gCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGGCCCGAACCGTATGACGCCAGCGGGTGGCACTAATGGCGGGCTGGGAAAT‑GTGCCGACGGGCCAGAAAGGGCTGTTCGGCCA‑ACATTTTGCGGGCATTg > 2:894421/1‑238 (MQ=255)
gCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTg > 1:407776/1‑238 (MQ=255)
gCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTg > 1:446132/1‑238 (MQ=255)
aTTTGCTCTGGGATCCATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGCCGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTCT‑GTGCCGCCGGACACGAAAGTGCTTTTCCGTCA‑CCATTTTTCCGGCATTGTCg > 1:627239/1‑239 (MQ=255)
aTTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGATGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGAATAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCg > 1:629765/1‑239 (MQ=255)
aTTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGAGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCg > 1:1068206/1‑239 (MQ=255)
tttGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGGCCCGACGCGTATGGCGCCACCGGTGCGCCACAACGGCGGGCGCGGCTCT‑GCGCCGCCGGGCCAGGAAGGGCTCTTTGGGCT‑CCAGTTTGCGGCGCATGCCgg > 2:1144208/1‑239 (MQ=255)
aTACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAGAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCg < 1:80552/238‑1 (MQ=255)
aTTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCtggt < 1:703813/239‑1 (MQ=255)
cTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGATGACCCGACGCGTATGACGCCTGCGGGGCCCCCTAACGACGGGCTTGGCTAT‑GTGGCGCCGGCCGACCAACGGCTGCTTGGGAA‑CCCTTTTTCGGCCCATGCCGGAG‑GCGGATCGGTGGTgggt > 2:720983/1‑238 (MQ=255)
cTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTATGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGCCGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGGG‑CAGGTCCGCTGGTggg > 1:616945/1‑238 (MQ=255)
tttAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTgggg < 2:462043/238‑1 (MQ=255)
tCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑c < 1:1121570/216‑1 (MQ=255)
tGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGGCCCTTCCGGGATGGAGGCAGCGGTGCGCCCTATCGGGGGGCTGGGATAG‑GGGCCGACGGCAACGGAAAGGCCGTTCGGTGC‑CCATTTTGAGTCCATTGGCGGCGACAGGCGCG‑TGGTGGGGG‑CGGTAT‑Tgg > 2:576434/1‑239 (MQ=255)
tGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGGCGCGGATGACGCCAGCGGGGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGGGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCCTTGCCGGGG‑CAGGGCCGCGGGGGGGGC‑CGCGAC‑Tgg > 2:204631/1‑239 (MQ=255)
tGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGGGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGGGGGGG‑CGGTAC‑Tgg > 1:1138783/1‑239 (MQ=255)
aGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCaa < 2:703390/239‑1 (MQ=255)
aaCGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCAAAT‑ggg < 2:370534/239‑1 (MQ=255)
cgcgCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGCTGACCCGACGCGGATGACGCCAGCCGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑ATGCCGACGGACAAGAAAGAGCTGTGCGGTGG‑CCATTTTCGGGCCCTTGACGGCG‑CACGTCGGCAGGTGGGGC‑Cgctgcgcggggcggcaacgggcc > 2:50242/1‑217 (MQ=255)
gcTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTTGCCCGACGCGTATGACGCCAGCGGGGCGCCATAACGCCGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACCAGGAAGGGCCGTTCGGGCA‑CCATTTTGCGGCCAATGCCGGGG‑CCGGTCCGGCGGGGGGGC‑CGGGCCTTGTCGG‑CGCCAAT‑ggggac > 2:433455/1‑235 (MQ=255)
tgtgGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGGGGGGC‑CGGTAC‑GTGCGG‑CGCCAAT‑GGGCTACCt > 1:855302/1‑238 (MQ=255)
tgtgGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGAATAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGGGGGGC‑CGGGAC‑TGGCGG‑CGCAAAA‑GGGCTACCt > 1:21617/1‑238 (MQ=255)
gtgGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCAAAT‑GGGCTACCT‑Gc < 1:422685/239‑1 (MQ=255)
tgGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCTAAT‑GGGCTACCT‑Gcc > 1:969417/1‑239 (MQ=255)
aTTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAGAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGGGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑GGCAAAA‑GGGCTACCT‑GCCggg > 1:524906/1‑239 (MQ=255)
tggtggCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGAAGCCCGCGGGGCGCCATAACGCCGGGCTGGACTAT‑GTGCCGGCGGACAAGAAAGGGCGGTTTGGTCA‑CCCTTTTGCGGCCCTTGCCGGGG‑ACGGGCCCCTGGGGGGGC‑CGGGAT‑TGGCGG‑CGCCCAA‑GGGGCACCTGGCCgggggt > 2:1030646/1‑237 (MQ=255)
tggCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCCGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGAAGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCAAAT‑GGGCTACCT‑GCCGGGggtga > 1:423536/1‑237 (MQ=255)
cgttcgttatctatcGTATCGCTTACCGTTTTTAGGGGCTGTATATCGCCAAAAAGGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCAAAT‑GGGCTACCT‑GCCGGGGATGATCTGgct < 2:941029/231‑1 (MQ=255)
cGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCAAAT‑GGGCTGCCT‑GCCGGGGATGATCTGgctg < 1:331004/239‑1 (MQ=255)
cGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCAAAT‑GGGCTACCT‑GCCGGGGATGATCTGgct < 1:323958/238‑1 (MQ=255)
ggTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCTGCGCGGATGGCGCCCGCGGTGCGCCATAACGACGGGGTGGACTAT‑GGGCCGGCGGGAAAGAGAGTGCTGTTCGGGCA‑CCATTTTGCGGCCGGTTCCGGGG‑ACGGTACGGTGGGGGGGCGCGGCA‑‑TGGCGGCCGCAACG‑GGGGT‑CCT‑GCCgggggggcgcggggtg > 2:641880/1‑226 (MQ=255)
tGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCAAAT‑GGGCTACCT‑GCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGc < 1:650858/239‑1 (MQ=255)
tctatctGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCAAAT‑GGGCTACCT‑GCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTggg < 1:856655/239‑1 (MQ=255)
ctatctGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCAAAT‑GGGCTACCT‑GCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTgggg < 1:986262/239‑1 (MQ=255)
tctGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCAAAT‑GGGCTACCT‑GCCGGGGATGATCTGGGTGCTCGCTGgggggg > 1:201593/1‑239 (MQ=255)
aTCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTTCGCCATAACGACGGGCTGGAATAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCAAAA‑GGGCTCACT‑GCCGGGGGTGATGGTGGTGCTCGCCGGGGGGGttt > 2:1084697/1‑237 (MQ=255)
aTCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACCAGAAAGGGCTGTTCGGGCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGGCCGCTGGTGGGGC‑CGGGAC‑TGGCGG‑CGCCAAT‑GGGGGACCT‑GCCGGGGGTGGGCTGGGTGCTCGCTGGGGGGGGtc > 2:919339/1‑238 (MQ=255)
tACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCCAAT‑GGGCTACCT‑GCCGGGGATGGTCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCG‑Ccgg > 1:1022519/1‑239 (MQ=255)
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ccGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCAAAT‑GGGCTACCT‑GCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCG‑Ccggtg < 1:946912/239‑1 (MQ=255)
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|
TCGTCTGGACAGTGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTAT‑GTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCA‑CCATTTTGCGGCCATTGCCGGAG‑CAGGTCCGCTGGTGGGGC‑CGGTAC‑TGGCGG‑CGCAAAT‑GGGCTACCT‑GCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCG‑CCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGC > NC_000913/629916‑630390
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
