Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F9 I0 R1
|
260 |
102.5 |
2178490 |
93.2% |
2030352 |
226.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
630,187 |
A→G |
20.1% |
G98G (GGA→GGG) |
cstA → |
carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 630,187 | 0 | A | G | 20.1%
| 154.3
/ 5.9
| 76 | G98G (GGA→GGG) | cstA | carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/41); new base G (9/9); total (25/51) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.57e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTG > NC_000913/629951‑630419
|
gCTCTGGGATACTTTGTTTTAAAGCGTGGGGAACAGAACAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATGTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGGCAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGc < 2:365833/239‑1 (MQ=255)
ttttgtttAAACCGGGGGGAACAGAGCAACGCGCTGTGGGTTTGGGGGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTTTGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCtggt < 2:1067460/234‑1 (MQ=255)
tttGTTTTAAATCGGGGGGAACAGTGAAACGCTGTGTGGGTTGGGGTGGGGTCGGTCTGGATGTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTAGATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGGCCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCtggt < 2:915442/238‑1 (MQ=255)
cTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTCGCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGTGCGGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGGCTAGGTCGCCACCGGGCCGGCCAAAGGAAGGGCT‑GTAGTACGTGGCGCCGGACAAGAAAGTGCT‑CTTCCGTCCCCCTTTTGCGCGCAGTCGCGGAGGAG‑GGGCGCgggggggg > 2:192650/1‑239 (MQ=255)
cTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCCACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCACTAACGACGGGCTGGGCCTAT‑TGTCGACGGGCCAGAAAGAGCT‑GTTGGGTCCCCCTTTTGCGGCCCTTGCCGGGGAGA‑GGCCGCTGgggggg > 2:207691/1‑239 (MQ=255)
tttAACACGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGTTGGCGTCGGTCTGTAACTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTgggg < 1:692339/238‑1 (MQ=255)
tttAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTgggg < 1:207691/238‑1 (MQ=255)
aaTCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTTACCCCACGCGTATGAGGCCCGCGGTGGGCCCTAACCACGGGCT‑GGGCTATGTGCCCGCGGGCACAAGAGTGCG‑TTTTGGTCGCCCTTTTTTGGCCACTGACCGGGGAG‑GGCCGCGGGTggggggggg > 2:586968/1‑234 (MQ=255)
aaTCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGAACATTTGCCGACGGACAAGAAAGTGCC‑GTTCGGGCACCATTTTTCGGCCCTTGCCGCGGCAG‑GGCCCCCGGGGGGGCCGGt > 1:376820/1‑239 (MQ=255)
tGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGTCCCGACTCGGATGACGCCAGCGGGGGGCCCTAACGCCGGGCT‑GGACCATGTGCCGACCGGCCAGCAAATGGT‑GTTCGGTTCCCGTTTTGTGGCCCTTGCCGGGGCAGCGACCGCTGGGGGGGcgcgcacgg > 2:654159/1‑231 (MQ=255)
aTCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGAACCGTATGACGCCCGCGGGGCGGCCTAACGACGGGCC‑GGACTCTGTGCCGCCGGCAAAGAAAGGGGC‑GTTCTGTCCCCCTTTTGCGGCCATTGCCGGGGCAG‑GACCGGTGGGGGGGCGGGGAC‑TG‑GG‑GGGGCaaaa > 2:794728/1‑238 (MQ=255)
cgcgCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGGCCCGGAATACGCCAGCGGCGGGTCATAACGACGGGCC‑GGACTATGGGGCGACGGCACAGAAAGGGCTGGTCCGGTC‑CCCTTTTGCGGCCCTGTCCGGGGCAG‑GGCCGCAGGGGGGGGCGGGCC‑TG‑GG‑Ggcgcccacggggg > 2:584785/1‑230 (MQ=255)
cggtttgGTTTGTGGTGGCGTCGGTTTGTATCTATCTGACCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTAc < 1:377413/234‑1 (MQ=255)
gtggtgGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGGATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGGC‑GGTCGGTCACCATTTTTGTGCCCTTGGCGGGGCAG‑GGCCGCCGGGTGGGCCGGGAC‑CA‑GCGGGCGGAAAGGGGCGACCCC‑CCggggg > 2:705195/1‑238 (MQ=255)
cggtttgtttttttttggtCGCTTACCTTTTTTATGGGCTTTATTACGCCAAAAATGGGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTAGGGCGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGgctg < 2:969285/221‑1 (MQ=255)
ggtaactgattGATCGGTTACCGTTTTTAGGGGCTGTATATCGCCAAAAAGGGGCTGGGGGTTGACCCGACGCGTATGCCGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGc < 1:1087504/229‑1 (MQ=255)
tatctatcTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCCGCGGTGCGCCCTAAAGACGGGCT‑TGACTATGGGCCGACGGGAAAAAAAGGGCC‑GGTTGGGAACCATTTTGCGGCCATTGCCGGGACGG‑GGTCGCCGGGGGGGGCGG‑GC‑TGTGG‑GGGGCACAAGGGCGACCTG‑CCggggggggtgttgggtcgcgggg > 2:1087504/1‑220 (MQ=255)
ttattttaTCGCTTCCCGTTTTTTTGGGCTGGATATCGCCAAAAATGGGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTgggg < 2:830687/232‑1 (MQ=255)
ctatctGAGCGCTTACCGTTTTTAGGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGGATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTgggg < 1:459062/239‑1 (MQ=255)
ccaactGATCGGTTGCGGTTTTGATGGGCTGTATATCGCCAAGAATGTGCTGGAGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGGCTGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTgggg < 1:284128/235‑1 (MQ=255)
tctGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGGGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGGCCAAAAGGGGTACCTG‑CCGGGGGTGATTTGGCTGGCTGCTGgggggg > 1:721334/1‑239 (MQ=255)
tgtcgtgttttcGTTTTTTGGGGTTGTATATGCCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGGCCCGACGCGTATGACGCCAGGGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTTTGTGCCGGCGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCTTTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGtt < 2:312934/228‑1 (MQ=255)
tgagcggtgtccGTTTTTATGGGGTTTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTTGCCCGACGCGTATGACGCCAGGGGTGCGCCATAACGACGGTCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGtt < 2:197852/229‑1 (MQ=255)
tGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGGAC‑TG‑GC‑GGCGCCAAAGGGCTACCTT‑CCGGGGGTGGTCTTGCTTCCCGCTGgggggggt > 1:830687/1‑237 (MQ=255)
aTCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGGATGACGCCAGCGGTGGGCCATAACGCCGGGCT‑GGACTTTTTGCCGCAGGGCAAGAAAGTGCC‑GTTCCGTCCCACTTTTGCGGGCATTGCCGGAGAAG‑GTGCCCCGGTGGGGCCGGGCCTTG‑GC‑GGC‑CACATTGGCGACCCGCCCGGGGGTGATCGGGCCGTCCGTCGGGGGGGTtc > 2:230663/1‑239 (MQ=255)
gCTTACCGTTTTTTGGGGCTGTATATCGACAAAAATGGGCGGGCGGGTCGCCCGGCGGGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGc < 2:121715/239‑1 (MQ=255)
ccttttttATGGGCTGTATGTCGCCAAAAATGGGCTGGGGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtg < 2:944578/236‑1 (MQ=255)
ccttttttAGGGGCTGTATATCGCCAAAAAGGGGTGGGGGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtg < 2:627242/236‑1 (MQ=255)
ccGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtg < 1:655743/239‑1 (MQ=255)
ccGTTTTTATGGGCTGGATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtg < 1:789601/239‑1 (MQ=255)
ccGGTTTTAGGGGCTTTATATCCGCAAAAATGGGCCGGCGGTTGCCCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtg < 1:436029/239‑1 (MQ=255)
aataagagacaggCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtg < 1:402569/228‑1 (MQ=255)
tttagtggCTGTATTACACAAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTAGGACGCCAGCGGTGCGTCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg < 1:445521/233‑1 (MQ=255)
ttattgtgttgatatggcgcAAAAATGTGTTGGCGTTTGACCCGACGCGGATGACGCCAGCGTTGCGCCTTACCGACGGGCT‑GGTCTAGGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGTTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGGGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGGTCTCGCcggtgcggtg < 2:203859/220‑1 (MQ=255)
tCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCTTATGACCCCGGCGGGGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGGGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTg < 2:1075290/239‑1 (MQ=255)
tCGCCAAAAATGGGCGTGCGGTTGGCCCGGCGCGTATGACGCCAGTGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTg < 1:574588/239‑1 (MQ=255)
tCGCAAAAGATTGGCTGGCGTGTGACTCGACGGGTATGGCGCCAGCGTGTCGCCATAACGGCGGGCT‑GGACTAGTGGCCGGCGGACAAGAAAGGGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTg < 2:401661/239‑1 (MQ=255)
accccAAAAATGGGCTGGGGGTTGCCCCGACGCGTAGGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGGCGGGCT‑GGACTATGGGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTg < 2:721334/236‑1 (MQ=255)
gCTGGCGGTTGACCCGGCGGGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCCCCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTa < 1:700450/239‑1 (MQ=255)
gcgTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGGGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGtcgc > 1:704669/1‑238 (MQ=255)
gTATGAGGCCAGCGGGGCGCCAGAACGGCGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGtcgctc < 1:951353/238‑1 (MQ=255)
gTATGACGCCAGGGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGtcgctc < 1:870794/238‑1 (MQ=255)
tGACGCCAGCGGTGCGCCGTAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGGGGATCTGGCGGCCCGCTGGGGGGGGTCTGGCCGGGGCGGGGCGGGGTTTCATGGGCGTGTTTGTTGTTAcggcccgcggtgggggggctgtg > 2:1053968/1‑218 (MQ=255)
cAGGGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAg < 1:648097/239‑1 (MQ=255)
aGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCCAATGGGCTACCTG‑CCGGGGCTGATCTGGCGGCTCGCTGGGGGGGTTCGCGCCGGTGCGGGGCAGGATTTTCTGGGGGTGTTTGTTTTTACGCGGCGGGGCGGTCCGTCCCTgggggggg > 2:574438/1‑234 (MQ=255)
gcgcCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGCAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGGTGATTTGGCTGCGCGCTGGGGTGGTTGTCGCCGGTGCGGGGCAGGGGTTCATGGTGCTGGTTGTTTTTACGCGCCGGGTCGGgcgctgccggggggggcggggca > 2:192534/1‑221 (MQ=255)
ttatcggcgGGCT‑GGTCTTGGTCCCGACGGACAAGAAATGGTC‑GTTGGGTCCCCATTTTGCGGCCATGCGCGGGGCAG‑GTCCGCTGGGGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTCCCTG‑CCGGGGATGATCTTGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAaagaa < 2:672130/232‑1 (MQ=255)
cggtgggCT‑GGCCTATGTGCCGGCGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAgaga < 1:911295/235‑1 (MQ=255)
ttggtttttgtgCCGTGGGCGAAGAAGGTGCT‑TTTGGGGCCCCTTTTGGGGGCCATGGCGGGAGGCG‑GGCCGGTGGGGGGGCGGGTAC‑TG‑GG‑GGCGCAAATGGGCTTCCTG‑CCGGGGAGGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGcc < 2:377641/231‑1 (MQ=255)
tgtgCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGAAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCGGCTCCCTGGGGTGGGTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGGTTTCATGGGGCTGTTGGGTTTTAGCCGCCGTGGCGGTGCCTCCCTGGGGGGGCCGGGCAAAGCACAGATGGGGCCAAacgccg > 2:116708/1‑239 (MQ=255)
cGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGGGGTTCTCGCCGGTGCGGGGCAGGGTTTCATGGGGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGGGACGGTCGCTCGCTGGGGGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCgggggg > 1:853607/1‑237 (MQ=255)
cGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCAGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGGTGATCTGGCTGCTCGCTGGGGGGGTTGTCGCCGGTGCGGTGCAGGGTTTCATGGGGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGGTGCCCGCTGGGGGGGCGGGGCAAAGAAAGGAGGGGGCCAACCGCGgggggg > 2:439021/1‑237 (MQ=255)
gACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGGTGATCTGGCTGCTCGCTGGGGGGGGTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTTGACGGCCCCTGACAGGCCCCCCCTGGGGGGGCCGGTTCAAGAAAGGAGGGGGcagcaccgcggggggg > 2:234353/1‑224 (MQ=255)
cGGACAGTAAAGTGCT‑TTTCGGTCACCATTTGGCGGCCTTTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTTCCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCCCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGAt < 1:35865/238‑1 (MQ=255)
cGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAAAGGGCTACCTG‑CCGGGGGTGGTCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTTTCGCCGGGGCGGTGCCGGAGTTCATGGGGCCGTTTGTTTTTACGCGCCGGGCCGGGCGCCCGCGGGGGGGGCGGGGCAACGAAGGGATGGGGACAACCGCCggggggggt > 2:159237/1‑234 (MQ=255)
gACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAACTGGGCTACCTG‑CCGGGGGTGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGGGCGGTGCAGGATTTCTTGGGGCTGTTTGTTTGTCCGGCCCGGGACGGTCGGCCCTTGGGTGGGGTTGTTCAAGAGAGGATGGGGACAACCCCCCGGGGGAtggg > 2:465035/1‑236 (MQ=255)
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gctggtgtgTCACTATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGGTGGGGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGc < 1:654159/229‑1 (MQ=255)
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ccATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGGGAAAAGGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTAt < 1:574438/238‑1 (MQ=255)
aTTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGGGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTTTGATCATGGGCATTATCCt > 1:546742/1‑239 (MQ=255)
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tGCCGGGGCAG‑GGTCGTGGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTg < 1:586968/239‑1 (MQ=255)
|
GCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTG > NC_000913/629951‑630419
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
