Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F27 I0 R1
|
120 |
139.6 |
2835800 |
98.5% |
2793263 |
226.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
630,153 |
T→G |
13.2% |
V87G (GTG→GGG) |
cstA → |
carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 630,153 | 0 | T | G | 13.2%
| 236.1
/ 5.3
| 92 | V87G (GTG→GGG) | cstA | carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/38); new base G (12/2); total (52/40) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.87e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGTCTGGACAGTGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGC‑TGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGC > NC_000913/629917‑630390
|
cGTCTGGACAGTGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGCCGGACAAGAAAGt > 1:465040/1‑237 (MQ=255)
cTGGACAGTGCTCTATGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTTGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGt < 2:797667/239‑1 (MQ=255)
tGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGCTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGCGCGCCATAACGACCGGCTGGCCTATGTGCCGCAGGGCCAGAAAGGGCGTGTCGGTCACCAttttt > 2:392851/1‑238 (MQ=255)
aaTGGGTGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAGTGTGCTGGCGGTTGCCCCGACGCGTATGATGCCAGCGGTGCGCCATAACGCCGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTTACCATTTTGct > 1:752795/1‑237 (MQ=255)
tGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGc > 2:79002/1‑238 (MQ=255)
gCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAACTGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGTCGCCAGCCGTGCACCCTAACGAACGGCTGGACTATGTGGCTCAGGGCAAGACACGGCTGTTCGGGCGCCCTTTTGCCGCCCTTg > 2:860602/1‑238 (MQ=255)
gCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGCCGGACCAGAAAGTGCTGTTCCGTCACCATTTTGCGGCCATTg > 2:8908/1‑238 (MQ=255)
gCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTg > 1:152093/1‑238 (MQ=255)
aTTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGCCGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCg > 1:328961/1‑239 (MQ=255)
aTTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGc < 1:677677/237‑1 (MQ=255)
aTTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGGGCGCCATAACGACGGGCTGGACTCTTTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGGCCTTGCCg > 2:552436/1‑239 (MQ=255)
ggATACATTTCTTTAAAACGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTAGAGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGGTTACCGTTTATATGGGCTGTAGATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCGCCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTc < 2:829365/238‑1 (MQ=255)
ggATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGGCCCGACGCGTATGACGCCAGCGGGGCGCCATAACGACGGGCCGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGGTCGGTCACCATTTTGCGGCCCTTGCCGGAGCAGGTcc > 1:907816/1‑239 (MQ=255)
aTACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCg < 2:330247/238‑1 (MQ=255)
aTTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCtggt > 1:1031311/1‑239 (MQ=255)
tGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGGGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCAGTGCCGGGGCAGGTCCGCtggggg > 2:268675/1‑239 (MQ=255)
cTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTTACCCGGCGCGGATGACGCCAGCGGGGCGCCCTAAAGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGGGCTGGTCGGGGACCAGTTTGCGGCCCTTGCCGGAGCCGGTGCGCTGgggggg > 2:262013/1‑239 (MQ=255)
cTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGGAAGTGCTTTTCGGTCACCCTTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTggg > 1:1363459/1‑238 (MQ=255)
cTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGGGCCGACGGACAAGGAAGGGCTGTTCGGTCACCCTTTTGCGGCCATTGCCGGAGAAGGTCCGCCGGTgggg > 2:936724/1‑239 (MQ=255)
tttAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGc < 2:152093/239‑1 (MQ=255)
tGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCCGCGGGGCGCCATAACGACGGGCTGGAATATGTGCCTACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTTCGGCCATTTCCGGCGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTCCTg > 2:1272190/1‑238 (MQ=255)
tGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTg > 1:993111/1‑238 (MQ=255)
tGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGGGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGGCGGACAAGAAAGAGCTGTTCGGTCACCATTTTTCGGCCATTTCCGGAGCCGGTCCGCGTGGGGGGGCGGGACTgg > 2:843553/1‑239 (MQ=255)
ggggAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTgg < 2:1051603/238‑1 (MQ=255)
ggggAACAGATCAACGCGCTGGTGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTgg < 2:1063093/238‑1 (MQ=255)
gaacagaacaACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTggc‑gg < 1:1068798/238‑1 (MQ=255)
aGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCa > 2:682275/1‑181 (MQ=255)
aGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCa < 1:682275/181‑1 (MQ=255)
aaCGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATggg < 1:467163/239‑1 (MQ=255)
cgcTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTa > 1:1090870/1‑238 (MQ=255)
tgtgGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGGGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTCCCt > 1:270157/1‑238 (MQ=255)
ttgGATTGGTGTGGCGTCGGTCTGTATCTATAGGATCGTTTACCGTTTTTATGGTCTGTTTCTCCCCAAAAATGTGCCGGCGGTTGGCCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACTCCGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATAGCCGGAGCAGGACCGCTGGTGGGTCCGGTACTGGC‑GTCGCAAATGGGCTACCTGc < 2:752795/238‑1 (MQ=255)
gtgGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGc < 2:1240114/239‑1 (MQ=255)
gtgGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGc < 1:268675/239‑1 (MQ=255)
gtggtgGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGgat < 2:1052407/239‑1 (MQ=255)
gCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCCTTGCCGGCGCAGGTCCGCTGGTGGGGGCGGTACTGGC‑GGGGCCAATGGGCTACCTGCCGGGGGTGATCTg > 1:947654/1‑239 (MQ=255)
gCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACCCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGGGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCCGGTCCGCTGGGGGGGCCGGTAATGGC‑GGCGCCAACGGGCGAACCTCCGGGggtggtgtg > 2:815742/1‑234 (MQ=255)
ggTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGAACCGACGCGTGTGACGCCAGCGGTGGGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGGGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGGACTGGG‑GGCGCAAATGGGCGACCTGCAggcggtggtgtgggtgg > 2:408448/1‑224 (MQ=255)
ctatctGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGC‑Tgggg < 2:1090870/239‑1 (MQ=255)
ctatctGAGCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGC‑Tgggg < 2:1133451/239‑1 (MQ=255)
atctGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGCCGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGGTGATCTGGCTGCTCGC‑TGGggtg > 1:82088/1‑239 (MQ=255)
tctGATCGCTTACCGTTTTTATTGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGGATGACGGCAGGGGTGCGCCCTAACGACGGGCTGGACCATGTGCCGACGGACAAGGACGTGGCGTTCGGTCACCCTTTTGCGGCCTTTGCCGGCGCAGGTCCGATGGGTGGGCCGGTACTTGG‑GGGGCCAACTGGTTACCTGCAGGGGGTGGTATGGGCGCTCCG‑TGGggtgg > 2:51268/1‑239 (MQ=255)
tctGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGGTGATCTGGCTGCTCGC‑TGGggtgg > 1:1147636/1‑239 (MQ=255)
aTCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGCCGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTTCCGGCATTGCCGGAGCAGGTCCGCCGGGGGGGGCCGGACTTGC‑GGCCCCAATGGGCCTACTGGCGGGGGTGGACTGGGCGCTCCCGTGGgggggtc > 2:763211/1‑237 (MQ=255)
aTCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGGCAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGGGCAGGTCCGCTGGGGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCCACCTGCCGGGGGTGGTCTGGCTGCGCGC‑TGGGGTGGTtc > 1:1410472/1‑238 (MQ=255)
aTCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTTTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGGCCGGTGGGGGGGCCCGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCCACCCGCCCGGGGGGGGCTGGCGGCTCGC‑TGGGGGGGttg > 2:1239583/1‑237 (MQ=255)
aTCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACCATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGGACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTAACTGCCGGGGGAGATCTGGCTGCTCGC‑TGGGGGGGGtc > 1:1405681/1‑238 (MQ=255)
aTCGCCTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGGCACGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTTCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGGACTGGC‑GGCGCCAATGGGGTACCTGCCGGGGGTGGTCTGGGTGCTCGC‑TGGGGTGGTtc > 2:476791/1‑238 (MQ=255)
ttACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGC‑TGGGGTGGTTCTCGCcg < 1:392851/239‑1 (MQ=255)
ccGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGC‑TGGGGTGGTTCTCGCcggtg < 2:328961/239‑1 (MQ=255)
ccGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATAATCTGGCTGCTCGC‑TGGGGTGGTTCTCGCcggtg < 1:151549/239‑1 (MQ=255)
tATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGC‑TGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCa < 1:79002/239‑1 (MQ=255)
tATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGC‑TGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCa < 2:497332/239‑1 (MQ=255)
ggCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGCCCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGC‑TGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGa < 2:490400/238‑1 (MQ=255)
ggCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGGGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCCAAAGGGCTACCTGTCGGGGGGTAGCTGGCTGCTCGC‑CGGGGGGGTTGTCGCCGGTGGGGGGGAGGAt > 2:1219599/1‑239 (MQ=255)
gCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGGGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGT‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCggg < 1:481130/189‑1 (MQ=255)
cTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGCATGACGCCAGCGGTGCGCCATTACGCCGGGCTGGACTATGTGCCGACGGCCAAGAAAGGGCCGTTCGGTCACCCTTTTGCCGCCACTGCCGGGGCCGGTCCGCTGGGGGGGCCGGTACCGGCGGGCGAAAAT‑GGCCACCTGCCGGGGGGGGATTGGGTGCTCGG‑CGGGGCGGTTCTTGCCGGCGCGGGGGAggggtt > 2:480784/1‑235 (MQ=255)
gTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGC‑TGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCa < 1:414582/239‑1 (MQ=255)
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ggCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGC‑TGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATggg > 2:418354/1‑238 (MQ=255)
cTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGC‑TGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGGGCAGGGTTTCATGGTGCTGTTTGTTTCAACGCGCCGTGACGGTTGCCCGCTGGGTGGCCTGGTCAACGGAGAGCTGGGGcc > 2:975555/1‑239 (MQ=255)
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aCGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGATGCTCGC‑TGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGGGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGAt > 1:169198/1‑239 (MQ=255)
aaGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGC‑TGGGGGGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGGGATTgcgat > 2:1234767/1‑237 (MQ=255)
aaGAAAGGGCTGGTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGC‑TGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCt < 1:1100143/239‑1 (MQ=255)
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|
CGTCTGGACAGTGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGC‑GGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGC‑TGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGC > NC_000913/629917‑630390
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
