Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F27 I0 R1
|
83 |
86.1 |
2053078 |
89.1% |
1829292 |
215.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
469,266 |
A→G |
15.0% |
G132G (GGA→GGG) |
mdlA → |
putative multidrug ABC transporter ATPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 469,266 | 0 | A | G | 15.0%
| 225.8
/ 3.3
| 94 | G132G (GGA→GGG) | mdlA | putative multidrug ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/56); new base G (15/2); total (36/58) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.55e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATG‑CTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAA > NC_000913/469031‑469502
|
ggCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑CTGCGACCCA‑TGACGTCGAACCGCTCGGTTTTGCCGCCGGGGaa > 2:143965/1‑239 (MQ=255)
ggCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGGGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGGTTGGGGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGGCAGCTAAGACGGCAGCATCCTGGGTTTTACCCTCGCTCTCGCACAGGTTACCTCCCGG‑CCC‑GGTGGACCCA‑GTACGGCGACACCGTCGTGTTTTCGGCCGGaaaa > 1:593502/1‑239 (MQ=255)
tgtgGGTCGCCGCCATGGTGGTGATTGCCGTTTTGTGTTATCTCCTGCTTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACGGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGCCGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACg < 1:706305/239‑1 (MQ=255)
gATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCCA‑TGACGTCGATCCGGCCGGTGTTGCCCCCGGGGAAGGGGGGCTGAccccgg > 2:435094/1‑234 (MQ=255)
gATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GGGCGGCCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGGGTTTGCGCCCGGGGAAGGGGGGCTTAcccggg > 2:504726/1‑234 (MQ=255)
aTCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GGGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGGGTTTGCCGCCCGGGAAGGGGGGCTGACGCtggt > 2:575110/1‑239 (MQ=255)
aTCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGAGTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCCA‑TGCCGTCAGACGGGTAGTGTTTACCGCCGGGGAAcggggtcttgcgctgtg > 2:764799/1‑226 (MQ=255)
aTCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGAATTGCTGTTTGGGGCGTCTTATAAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGATTTTTACTTCTGCCATCGCCCCGGTGGCCCCATGGCCCC‑TTGCG‑CCAC‑TAAAGCGGATCCCGTCGGGTTTGTCGCCGGGGGAGGGGGGCTGACGcgtgg > 1:768701/1‑235 (MQ=255)
ggccacaTGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGa < 2:54531/234‑1 (MQ=255)
gCCCCCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATTCCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGGCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTTGa < 2:886569/239‑1 (MQ=255)
ccaTGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACCTCGATACCGTCGGGTTTGCCGCCGGGGAAgggggggtggcaccgggggtgtc > 2:873462/1‑219 (MQ=255)
ttatgtgtttttaagagacaggttttATCTCCTGCGGTACGTCTGGCGGGTTTTGCTGTTTGGGGCCTCTTAACAACTGGCTGGTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCAc < 1:873966/216‑1 (MQ=255)
cgttgtgtttgttGCGGTTGTGGTTTATCTCCTGCTTTACGTCTGGCGGGTATTGGTGTTTGGTGCGGCTTAGCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGGCCTCATGG‑CTC‑GTGCGGCCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCAc < 1:655581/228‑1 (MQ=255)
cTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCCGCTTGTGTTTGCCTCCGGGGAAGGGGGGCCGACGCTGGTGGGTTCACTggg > 2:813515/1‑235 (MQ=255)
tttgccttttGTGTTTTTTC‑CCTGCGTTTCGGCTGGCGGGTTTTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATggg < 1:913337/231‑1 (MQ=255)
gttgctttttttgttttttcccTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGGCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGATTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATggg < 1:575110/219‑1 (MQ=255)
ataagggccagggTTTAGCTCCTGCGTTACGGCTGGCGGGTTTTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATggg < 2:823874/228‑1 (MQ=255)
aTTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCCTCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGCCCAA‑AGACGTCGATCGCCCCGTGTTTGCCGCCGGATGAGGGGTGCTGACCCTGGTGGATTTCCTGGTGTTgg > 2:973668/1‑238 (MQ=255)
aTTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGCCATCGCACCGGTGACCTCCTGG‑CTC‑CTGCGACCAA‑TGACGCCCACCGCGTCGTGTTTTCCCCCGGGGACGGGGGGGGGGCGCGGGGGGGTTCACCgggggttgg > 1:891800/1‑232 (MQ=255)
cGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGGCCAA‑TGACGTCGATCGGGTCGTGTTTGCCGCCGGCGAAGGGGGGGTGAGGCTGGGGGGGTGACTgggggggggggggg > 1:1016064/1‑227 (MQ=255)
cGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTgcg < 2:467463/239‑1 (MQ=255)
cGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCGGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTgcg < 2:891800/239‑1 (MQ=255)
ttgTTTTTTTCCTGGGTTACGTTGGGCGGGTTTTGATGTTTGGGGGGTTTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGAGTATTACCGGCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCtgtg < 1:533223/237‑1 (MQ=255)
ggTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTgtgt < 2:727113/239‑1 (MQ=255)
gTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCt < 2:181221/200‑1 (MQ=255)
tctcCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCCCACCGGGTACCTCATGG‑CTCTGTG‑GTCCAACTGCCG‑CGGTCCCCTCGTGGTTTCCGCCGGCGAAGGGGGGCTGAGGCCGGGGGGGTCACGGGAGTTGGGcgccgccggggggagtc > 1:20352/1‑223 (MQ=255)
tGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTTCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGGGGATTCACTGGGGATGGGCCGGGCtcttatacacatttcc > 2:873966/1‑224 (MQ=255)
tGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GGGCGACCAA‑TGACGTGCATGGCGGCGGGTTTTCCGCCGGGGGAGGGGGGGTTGCGGTGGGGGGTTCACTGGGGTTgggggggcggggggtggttctttta > 1:823874/1‑217 (MQ=255)
tGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGACTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGGGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTTACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGGTTatgatg > 2:313387/1‑239 (MQ=255)
gCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CCC‑GGGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGGGTTTTCCGCCCGGGGAGGGGGGCTGCCGCTGTGGGGTTGCCTGGGGGTGGGGTGGGCGGTGTGGTTTttgaggg > 1:799525/1‑236 (MQ=255)
ggCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGGTTGGCGCCGGGGGAGGGGGGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGCGATGGGCGGGGCTGGGGTGGTTTTGATGTTGACGGAAAtt > 1:109576/1‑239 (MQ=255)
ggTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAggg < 2:913276/169‑1 (MQ=255)
gTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCt < 2:357891/238‑1 (MQ=255)
aTTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTgg < 2:125535/238‑1 (MQ=255)
gTTTGGTGCGTCTTAGCAAATGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTTCCGGCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTg < 2:964163/238‑1 (MQ=255)
tttGGGGCGTCTTAACAACTGGCTGTTGAACTGCGGGAAGATTATTCCCGGCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGAc < 2:224873/239‑1 (MQ=255)
tGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGGGCTGACGCTGGGGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGCTTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCt > 2:173397/1‑239 (MQ=255)
gCGTTTTATCACCTGGCTGTTTAACTGTGTTAAGATTATTCCCTTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCGGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTAtt < 1:513305/239‑1 (MQ=255)
tGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTTGGACCAA‑TGACGTTGATCGCGTGGTGTTTGCCGCCGGCGGAGGGGGGCTGCCGCTGGTGGCTTTCATGGTGATGGCGTGCGCTGTTGTGATTTTTATGTGTACGCACATTA‑GCTGGCCGTTTACCTTTTTTTTCCTGttt > 1:839875/1‑235 (MQ=255)
gCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGAAGTCGATCGCCTCGGGTTTGCCGCCGGGGGCGGGGTCGTGAGGCTGGTGGGTTCACTGGGGATGGGCTGCCGCGTGGTGGTTTTGAGGTCTACGCCAATTA‑TCTGGCAGTTGACCTTTTTTTCTCTTTTTCCGAt > 1:117676/1‑239 (MQ=255)
gCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTAATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GGGCGACCAA‑TGACGCGCAACGCGTCGTGGTTTCCGCCGGAGAGGGGGGGCTGCCGCGGGGGGGGTCAACGGGGATGGGGTGCGCTGTGTTGCTTATTGTGTCTACGCAAAATA‑GCTGGCAGTTGAGCTTATTTTCCCTGATGCCGag > 1:758237/1‑238 (MQ=255)
cttttGAACTGGGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTCCCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGAt < 2:768701/235‑1 (MQ=255)
tGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCt < 2:350906/206‑1 (MQ=255)
gTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCGAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGc < 2:249273/238‑1 (MQ=255)
gAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGt < 2:1016064/239‑1 (MQ=255)
cGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTgcgc < 2:369529/164‑1 (MQ=255)
cGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGc < 2:207634/239‑1 (MQ=255)
cGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATAGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGTTGACGCTGGGGGATTCACTGGTGCTGGTGTGCGCGGGGTTGGTTTTGATTTCTTCGCCACTTG‑ACTGGCGGTGGGCCTAGTTTTCCCTGTTGCCGGTGCCAggaaaggc > 1:756419/1‑232 (MQ=255)
gTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGc < 2:799525/238‑1 (MQ=255)
tttaCCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGAtt < 2:109576/238‑1 (MQ=255)
attaCCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGAtt < 2:733261/239‑1 (MQ=255)
cccGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCCTCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGTCCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAg < 2:794392/238‑1 (MQ=255)
aCCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCTGTGAACTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAg < 2:355582/239‑1 (MQ=255)
tCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTTCCGCCGGAGAAGGGGGGCTGACGCTGGGGGGTTCACTGGGGATGGGCTGCGCGGTGTTGTTTATGATTTCTCCGCGAATTACGTGGGCGGTTGCCTTTTTTTTCCCT‑TTTCTCTTGCCATTGGTGGCGAACATATTTAAGGGCa > 1:794392/1‑239 (MQ=255)
cAGCTAAGCCGGCAGCACCCTGAGTTTTACCTGGGGCAGCGCACCGGTGACCTTATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGGCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCaa < 1:173397/239‑1 (MQ=255)
aagccgggcggctccgtggTTTTTCCTGCGTCCTCGCACCGGTTACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCg < 1:873462/221‑1 (MQ=255)
aaGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCg < 2:930608/239‑1 (MQ=255)
accggAGTTTTCACTGCGTCATCGCACCGGTCACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCTATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATG‑CTTTGCATg < 2:871245/235‑1 (MQ=255)
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ccTGACTTTTTCCTGCGTTACCGCCCCGGGGTGCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGGTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATG‑CTTTGCATGa < 1:184227/239‑1 (MQ=255)
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ttACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGGGTTTGGCGCCGGGGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCCGTGTTGATTATGATGTCTAAGCAAATTA‑GCTGGCCGGTGGACGTATTTTTCCTTTTTGCGGTGCCAGGTATGGGCGTAATGATTAAGCGCAACGGGCATG‑CCTTGCATGGAAGCGTTa > 1:425161/1‑239 (MQ=255)
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ctggttCATCGCACCGGTGCCCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATG‑CTTTGCATGAACGCTTTAAGCt < 1:313387/234‑1 (MQ=255)
atgggTCATCGCCCCGGGTGCCTCAGGG‑CTC‑GTGCGACGAA‑TGAGGTAGATCGCGTCGTTTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATG‑CTTTGCATGAACGCTTTAAGCt < 2:426418/235‑1 (MQ=255)
gCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGGTTAAGCGCAACGGCGATG‑CTTTGCCTGAACGCTTTAAGc > 2:208067/1‑236 (MQ=255)
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aCCTTATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATG‑CTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTc < 2:61206/238‑1 (MQ=255)
gg‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATG‑CTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCCCAGGCGGCGGTTTCCCGTCTTa > 2:417458/1‑239 (MQ=255)
gTGGGACCAA‑TGATGGCGTTCGGGTGGTGGTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGAGGCTGGTTGAGTCAATGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATG‑CTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGAc < 1:233849/239‑1 (MQ=255)
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gTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATG‑CTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGa > 2:271444/1‑238 (MQ=255)
tGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGGGCAACGGCGATG‑CTTTGCATGAACCCTTTAAACTGGCACAGGCGGCGTTTTcccagcttaaatac > 2:945266/1‑226 (MQ=255)
tGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATG‑CTTTGCATGAACGCTTTCAGCTGGCAAAGGGGGCGTTTTCCAATCTTAATGaa > 2:912767/1‑237 (MQ=255)
gcccattccgtgtgtCGGGTCGTGGTTGCCGCCGGAGAGGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACGGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTAGTTGCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATG‑CTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCAc < 1:102301/225‑1 (MQ=255)
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acggtgttcgtggcgggtTTGGCGCCGGGGAAGGGGTGCTGGCGCTGGGGGAGTCAGTGGGGATGGGCGGCGCTGTGTTGATTATGATGGCGACGCAAATTA‑GCTGGCATTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGAGGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATG‑CTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAgg < 1:143965/221‑1 (MQ=255)
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cGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTAACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATG‑CGTTGCATGAACGCTTTAAACTGGCACAGGCAGCGCTTTACACTGTTAATACCACCACCCACGaaaac > 1:351357/1‑236 (MQ=255)
gATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATTGCGATCATGATTAAGCGCAAAGGCGATG‑CTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGGTTTCCAGTCTTAATGGCCGCCCCCAGGAAAAccc > 1:1004856/1‑238 (MQ=255)
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gtccggcgGGGGAGGGGGGCTGACGCTGTGGGAGTTAATGGTGATGTGTAGTCCTGTGTTGAGTATTAGTGCTACCGAAATTA‑GCTGGAAGTTGAACTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGGGATG‑CTATGCATGAACGCTTTAAGCTGGCTCAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCGCCCAGGAACGCCTCACCAGTATCCGCa < 1:631547/237‑1 (MQ=255)
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|
GGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATG‑CTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAA > NC_000913/469031‑469502
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
