Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F9 I0 R1
|
260 |
102.5 |
2178490 |
93.2% |
2030352 |
226.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
469,266 |
A→G |
13.2% |
G132G (GGA→GGG) |
mdlA → |
putative multidrug ABC transporter ATPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 469,266 | 0 | A | G | 13.2%
| 296.1
/ 4.1
| 124 | G132G (GGA→GGG) | mdlA | putative multidrug ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/73); new base G (14/7); total (44/80) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.95e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCA > NC_000913/469030‑469495
|
gggCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGgaga < 1:282054/239‑1 (MQ=255)
ggCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTTCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCCCGTGCGCCCAATGAAGTCCACCCCGCCGTGTTTTCCCCCGGGGaa > 2:884213/1‑239 (MQ=255)
ggCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGGCCAATGGAGTCGTACGCGTCGTGTTTGCCCCCGGAGaa > 1:88929/1‑239 (MQ=255)
ggCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGGGGGACCCATTACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGaa > 1:1042580/1‑239 (MQ=255)
ccgttccttgtgtgGTTCGCCACCTTGGTGCTGATTGCCGTTTTGGTTTACCTCCTGCGTTTCGTCTGGCGGGTATTGCTTTTTGGTGCGTCTTAACAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAg < 2:282039/228‑1 (MQ=255)
aTGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCCCAT‑GGCCCGTGCGGCCAATGACGTCGATCGCGGCGTGTTTGCCCCCGGAGAAGGGGGGCTGAc > 1:673028/1‑239 (MQ=255)
gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACg < 1:953863/238‑1 (MQ=255)
tCGCCACCATGGTGTTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCtggt < 1:754043/238‑1 (MQ=255)
cccccaTGGTGGTGATTGCCGTTGTGGTTTATCCCCTGCGTTACGTTTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGa < 1:844226/235‑1 (MQ=255)
caccaTGGGGGTGATGGCTGTTGTTGTTTATCTCCTGGGTTCCGGTGGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGAtt < 2:1026879/239‑1 (MQ=255)
cttGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCAc < 1:967761/237‑1 (MQ=255)
cgtGGTGCTGTTGTCCTTTGTGGTTTTTCTCCTGGCTTCCGTTGGGCGGGTTTTGCTGTTTGGTGCTTCTTATCAACTGGCTGGTGAACTGCGTTAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAATTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCCCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCAc < 2:20015/237‑1 (MQ=255)
cctggttgtgttttcttgtgtgGTTTTTCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCAc < 2:270456/221‑1 (MQ=255)
caTGGTCTTGATGGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTGTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTACCAAATGGGTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCAc < 1:527632/239‑1 (MQ=255)
gcggATTGCCGTTTGGGTTTATCTCCTGCGTTACGGCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTg < 1:1016699/235‑1 (MQ=255)
gCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTg < 1:884213/238‑1 (MQ=255)
cTGATTGCCGTTTTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGAt < 1:165801/239‑1 (MQ=255)
cTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGGGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGCCCACAGCCATCGTTCGCGCCGTGTTTGCCTCCGGGAGAGGGGTGCTTACGCTCGGGGGTTCACTGGTggt > 1:1038073/1‑237 (MQ=255)
ttttccttttGTGTTTTA‑CTCCTGTGTTTCGTTGGGGGGGTTTTGCTGTTTGGGGCGGCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATggg < 2:599906/231‑1 (MQ=255)
gttGCCGTTGTTGTTTATCTCCGGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTTTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATggg < 1:1077630/238‑1 (MQ=255)
aTTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTTCCGCCGGGGAAGGGGGGCTGACGCTGGGGGATTCACTGGTgtggg > 1:270456/1‑234 (MQ=255)
tGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCt < 1:390595/239‑1 (MQ=255)
cttttttgTTTTTCTCCGGCGTTATGTTGGGCGGGTTTTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTgcg < 2:383743/232‑1 (MQ=255)
ctttGTGGTTTTTCTCTTGCGTTCAGTCTGGTGGGTTTTTCTGTTTGGTGCGTTTTACCAGCTGGCGGTTGAACTGCCTGACGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCAGCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTgcg < 2:356653/237‑1 (MQ=255)
cGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGGGAAAGGGTGCTGACCCTGGGGGATTCCCTGGTGATGGGCTgcg > 1:670776/1‑239 (MQ=255)
tgtttttattcccgtcGTTGCGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCtgt < 2:967870/224‑1 (MQ=255)
ggTTTTTCTCCTGGTTTTCGTGTGGGTGGTTTTGGTTGTTGGTGCGTTCTATCAACTGGCTGTTTAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTgtgt < 2:35756/239‑1 (MQ=255)
ggTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTgtgt < 1:232332/239‑1 (MQ=255)
gCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGGTCGCGTGGTGTTTGCCGCCGGGGAAGGGGTGCTGAAGCTGGTGGAGTGACTGGTGATGGGCTGCGCCGTGTTGAtttgggtg > 1:351335/1‑232 (MQ=255)
gCGTTACGTCGGGCGGGTATTTGTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGt < 1:724695/239‑1 (MQ=255)
ttttGCTTTTTGGTGCGTTTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTgg < 2:1042580/237‑1 (MQ=255)
tGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTTCCGCCGGAGCAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGTTGGGCTGCGCTGGGTTGATTATGATGTCTCTGCAAATTAGCTGGCA‑GGTGCCCt > 1:394376/1‑239 (MQ=255)
tGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGGGCGACCAATACCGTCGTTCGCGTCGGGTTTGCCGCCGGCGGAGGGGGGCTGACGCTGGTGGATTCGCTGGGGGTGGGCGGCGGTGGGGTGGTTTTGATGTGCACGCAAAATGGGTGGGA‑GGTGGCCt > 2:1088302/1‑239 (MQ=255)
tGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCCCGGGGGACCAATTACCTCGGTCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGGGAAGGGGTGCTGAACCTGGTGGATTCACTGGGTATGGGGTCCCCGGTGGTGTTTATGCTGTTTACCAAAATTAGCGGGCA‑TTGGACCtatt > 2:844621/1‑236 (MQ=255)
gCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACCGCGTGAAGATTATTACCGTCAGATAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCCCCGGTGACTTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTAtt < 1:1059998/239‑1 (MQ=255)
ctCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTAtttt < 1:658082/238‑1 (MQ=255)
cTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCCGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGCCCAATGACGTCGCTACCGCCGTGTTTTGCGCCGGCGGAGGGGGGCTGACGCTGGGGGACTCCCCGGGGTTGGGCCGGGCGTGGTTGGTTTTGAGGTTCACGCAAATCAGCTGGCAGGTTGACTttttttc > 2:335563/1‑237 (MQ=255)
cTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGGGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGGGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGAA‑GTTGGCCTTTTTTTc > 1:162245/1‑238 (MQ=255)
tCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGGGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTTTGATGTGTACGCACATTAGTTGGAC‑GTTGACCTTATTTTCCCTGt > 1:991671/1‑239 (MQ=255)
cTGGCTTTTGATCTGCGTGAAGATTATTTCCGTCAGCTAAGCCGGCTGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGGCCCGGTGGCCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGcc < 2:303284/239‑1 (MQ=255)
tGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTTCCTGGTGATGGGCTGGGCTGTGTTGGTTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTTccc > 1:842326/1‑238 (MQ=255)
tGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGGGTTGATTATGATGTCTACGCCAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTTTTTTCCCTGTTTCCg > 1:581429/1‑239 (MQ=255)
tGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCCCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGACGGGGGGCTGACGCCGTGGGATTCACTGTGGAGGGGCTGGGCGGGGTTGATTTTAGTGTTTCCGGCAATTTGGTGGCG‑GTTGGCCTTTTTTTTCCTGTTGCCg > 2:204005/1‑239 (MQ=255)
ggCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGGGACCAATGCCGTCGGTCGCGCCGTGGTTGCCGCCGGCGAAGGGGTGCTGAAGCCGGTGGATTGCCTGGGGGTGGGCTGGGCGGTGGGGTGTTTGCTGTGGCCGCAAATTATCTGGGA‑GGGGGCCTTGTTTTCCCGGTTGCCgc > 2:794455/1‑238 (MQ=255)
ggCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCCATGACGTCGATCGCGTCCCGTTTGCCGCCGGGGAAGGGGTGCTGACGCTGGGGGGGTCACTGGTGATGGGCGGCGCCGGGTTGGTTATGATGGTTACGCCAATTACCTGGGA‑GGTGGCCTTTTTTTCCCCGTTGCCgg > 2:1071248/1‑238 (MQ=255)
gCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCCTCGGGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACCCGTGGGGGTTCACTGGGGATGGGCTGCGGCGTGTTGATTTTGTGGTTTACGCAAATTGGCTGGCC‑GTTGGACTTTTTTTCCCTTTTTCCggt > 2:863398/1‑237 (MQ=255)
gTTTAACTGCGTGAAGATTTTTCCCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCACCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGc < 2:719203/238‑1 (MQ=255)
gAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGt < 1:863398/239‑1 (MQ=255)
aaCTGGTTGAAGATTATTACCGTCAGCGAAGACGGCAGCATCCTGAGTTTTCCCTGCGGCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTg < 1:451697/239‑1 (MQ=255)
ggCGTGAAGATTATTCCCGTCAGCTAATCCGGCACCATCCTGAGCTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAG‑TGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATg < 2:612039/238‑1 (MQ=255)
gctggAAGGTTCTTCCCGTCAGCTAATCCGCCAGCCTCCTTAGTTTTACCTGCGGCATCCCTCCGGTGGCCTCAT‑GTCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCCCGTCGTTTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATgg < 1:1088302/235‑1 (MQ=255)
gTGAAGATTTTTCCCGGCAGCGAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTCCCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGc < 2:394376/238‑1 (MQ=255)
aaatttttttccGTCATCTGAGCCGGCAGCATCTGGGTTTTTACCTGCGTCATCGGCCCGGTGTCCTCAT‑GGCTTGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGAGTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATc < 2:421978/229‑1 (MQ=255)
tttaCCGTCAGTGAAGCCGGCAGCAGCCTGAGTTTTACCTGGGTCACCGCACCGGGGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGAtt < 2:165532/238‑1 (MQ=255)
ttatccctCAGCTAAGCCGGTCGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGAtt < 2:158608/232‑1 (MQ=255)
tCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGAGGGGCTGCGCTGGGTTGATTATGATGTCTCCGCAAATTAACTGGGA‑GTTGACCTTATTTTTCCTTTTGCCGAAGCCAGTGATGGCGATCAAGATTAAGCGCa > 2:54472/1‑239 (MQ=255)
tCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCCGACGCTGGTGGGTTCACTGGGGATGGGCTGCGCTGTGTTGCTTATGTTGTTTCCGCCAATTAGACGGCA‑GTTGCCCTTATTTTCCCTTTTTCCGAGTCCAGTGATGGCGATCATGATTAAgccc > 2:904298/1‑236 (MQ=255)
aGCCGGCTGCAACTTGTGTTTTTACTGCGTCATCGGCCCGGTGACCTCCT‑GGACCGTGGGACCAATTACGTTCTTCGCGTCGTGGTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCTCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTGTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAGCGGCGa < 2:895958/239‑1 (MQ=255)
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ctgttttttTCCTGCGTTATGTCAGCGGTGGCTTCATGGGCCGGTGCTA‑CAGAGACGTTGATCGAGTCGGGTTTGGCGGCGGAGAAGGGGTGGTGACGGTGGTGGATTGACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCGGGCA‑GCTGACCTGATTCTCCCTGTTGCCGATGCCAGGGATGGCGATCATGATTAAGCGCAGCGGCTATGCTTTGCATGaa < 2:664782/234‑1 (MQ=255)
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tccgggttCATCGGCCCGGGGACCTCCT‑GGCTCGTTCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAg < 1:844621/232‑1 (MQ=255)
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aCCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGGGAAGGGGTGCTGGCGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGGGTTGATTATGATGTTTACGCAAATTAGCGGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGGTGCCAGGGATGGCGCTCATTATTAAGGGCAACGGGGATGCTTTGCCAGAACCCTTTTAgggggaccagggcgggctttcc > 2:596068/1‑218 (MQ=255)
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tCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCCAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGCTGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGtttttcc > 2:72780/1‑234 (MQ=255)
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tGCGACCAATGACGTCGAACGCGACGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGGGATGGGCTGCGGCGGGTTGATTATGGTGTTTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTTTTGCCGATGCCCATGCTGGGGAGCATATTTAACGCCAACGGCGGTGCTTTGTGTGAACCCTTTCACGCGGCAACGGCCGCGGGTTCCAGGCTTAAtagcc > 2:667944/1‑235 (MQ=255)
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cggggcgtTTTTGCCGCCGGGGAAGGGGTGTTGGCGCTGGGGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCAc < 2:581429/234‑1 (MQ=255)
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|
GGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCAT‑GGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCA‑GTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCA > NC_000913/469030‑469495
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
