Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F1 I0 R1
|
73 |
134.7 |
2417326 |
96.9% |
2342388 |
265.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,304,520 |
G→T |
6.6% |
intergenic (+129/+586) |
eco → / ← mqo |
ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,304,520 | 0 | G | T | 6.6%
| 280.8
/ 6.3
| 98 | intergenic (+129/+586) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/40); new base T (4/3); total (54/44) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
AAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGT > NC_000913/2304233‑2304806
|
aagaaagaGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCg > 2:340967/1‑288 (MQ=255)
aagaaagaGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCg > 2:280793/1‑288 (MQ=255)
tgagaaaaTTGGTCACCGGGTATCGGAGCGAGTGTGGAAGACGGCGTTACAACGGCAAGCTGCCGATCGTGGTGAGT‑ACGCCAGACAATGTGGATGTGAAGAAGCGCGTCTGGGAAGCGGAAGAGAAAAT‑GGACAACGC‑GGAAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCGGTAGTTCATGCAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGATCCGGTTGCCTGATGCTACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCg < 2:228571/284‑1 (MQ=21)
aagaaATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGAAGATGTGAAGTACCGCGCCTGGGAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAAATGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACCAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTGGCCTGATGCGACGCCGGCGCGTCGTCTCATGCCCACCTCCCGGTGACGTGCTGCCACCCgca > 2:225171/1‑287 (MQ=37)
agaaATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTa < 1:849159/288‑1 (MQ=255)
aaaatggtaaCCTCGTCTCTGGGAGTTTGTGGAATGCTGCGTTACAAAGTCAAGCTGCCGATCGTGGTGTTT‑ACGCAGGATAATGTAGCTGTAAAGGACCGCGTCTGGAAGGCTGACGAGAAAAT‑TGACTACGC‑GTTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTCGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAgg < 2:989108/279‑1 (MQ=18)
caccgggttgatgtgggATGCTCGGAGGCGGCGTTACAACATCAAGCTGCCGATCG‑GGAGTTTGACACCAGACAATGGATACGGGAAGCACCGCACATGGAAGGGGGAAGAAAAAAC‑TGACAACGC‑GGTAGTTGTGTCAACTGCCATGAAGTGCGGCACACCGTAGGTCAGACAAAGCGGTCACGCCTCATCCTACATACAACGCCCGAGCCTGTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTTTTAGCAGGCCTACACGGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACaa < 2:43256/272‑1 (MQ=255)
ggCGATGTTGGAATGCTGCGTGACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCGACACCGCTGTGCAGTTCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCCG‑TCAcgccgc > 1:7717/1‑289 (MQ=255)
catgtgatgaaaTGCTGCGGTACACAGGCAAGCTGCGGATCGTGGTGTAA‑ACGCCAGACAAGGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACCGCCGTGAAGGGCAGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCAcgccg < 2:678291/277‑1 (MQ=21)
gATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCAt > 1:1106995/1‑288 (MQ=255)
tGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAACTTCCGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCg > 1:1094489/1‑289 (MQ=255)
gCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGa < 1:340967/289‑1 (MQ=255)
ctgcGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCGGACAAGGCGG‑CCACGCAGCAACCGACACCCAAc > 1:329494/1‑288 (MQ=255)
ctgcGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGCCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCTTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGTACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAAc > 1:219333/1‑288 (MQ=255)
ctgcGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCAGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACAt > 1:678291/1‑283 (MQ=255)
cGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGccc > 1:145387/1‑289 (MQ=255)
gTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGG‑TTACGCCGCATCCGACATCTAACGccca < 1:516450/289‑2 (MQ=255)
gCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGACGCGACGCTCGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGCGAAGTGCGTCACCCCGTAGGCAAGTCCAGGCGGTTCAC‑CCACAACCGACCGCCAACGCCCGTACCGGtt > 2:639548/1‑288 (MQ=25)
aGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGCGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCCTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCAGCCCTCCGCAGGCCTGCGAAGCCGG‑TCACGCCGCACCCGACCTCCAAAGGCCCAACCGGTTAcc > 2:964974/1‑288 (MQ=21)
ccGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGc > 2:760803/1‑289 (MQ=255)
tgtAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGACTGATGCGAAGCCGgc > 1:394251/1‑288 (MQ=255)
t‑aCGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTTAAGTGCTGCAACCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCATGCCGAATCCGACATACACCGCCCACGCAGGTTGCCGGCTGCgccctcggcgccg > 2:353330/1‑276 (MQ=18)
t‑aCGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCg < 2:820747/213‑1 (MQ=255)
t‑aCGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCg > 1:820747/1‑213 (MQ=255)
t‑aCGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCCTCCGACATCCAACGCCCGAGCCGCTTGCCTGATGCGACGCTGGcgcg > 2:416805/1‑287 (MQ=255)
gCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTa > 1:133893/1‑289 (MQ=255)
ccgagaaagggggATGTGAAGTACGGCGTCTGGAGGACGGAAGAGAAAAT‑TGAAAGCGC‑GGTAGTTCGCGAAACTGCCGTGAAGGGCGGCACCCCGGAGGGCAGACACGGCGGTCACGCAGCATCCGACACCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 2:882637/277‑1 (MQ=18)
aaagaaaaatgagatgggcagatgcgcgGCTGGAAGGCGGAAGTGCGAAT‑GGACACCGG‑GACAGTCCGCTAAACGGCCGGGAAAGGCGGCACCCCGTAGGTGAGACGGGGCGGGCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCGGGTGGCCTGATGCGACGCTGGAGCGTCTTATCAGCCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCGGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 2:484183/265‑1 (MQ=14)
cAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt > 1:538624/1‑288 (MQ=255)
cAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATc < 1:280793/289‑1 (MQ=255)
cAGACAATGAAGATGGGCAGTACCGCGGCGGGAAGGCGGAAAAGAAAAT‑TGACAACGG‑GGGAGTTGGCGAAACGGCCGTGAAATGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGAGGCGACGCTGGCGCGTCTGATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 2:1106995/288‑1 (MQ=17)
aCAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGG‑TTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGCTGCGACGCTGGCCCGTCTTATCAg > 2:51298/1‑288 (MQ=255)
aCAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCTAAc > 1:853440/1‑245 (MQ=255)
aCAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt > 1:636679/1‑285 (MQ=255)
aCAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAg > 1:999987/1‑288 (MQ=255)
aCAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAg > 1:401590/1‑288 (MQ=255)
aCAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAAAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGATGGCGCGTCTTATCAg > 1:1090255/1‑288 (MQ=255)
aCAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGACCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCATGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTGTCAg > 1:687407/1‑288 (MQ=255)
tGTAGATGCGAAGTACCGTGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGAAAACGC‑GGTAGTTCGCTAGAGTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGGCAGACAATGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGGCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTa < 1:134532/289‑1 (MQ=255)
aggacaggAAGTACAGGGTCACGAGGGCGGAAGGGAAAAT‑TGTCAATAC‑GGTAGGTCGCAGAACTGCCGTGGAGTGCAGCACCCCGTAGGATAGACAAGGCGGTCACGCCGCAGCCGCAATCCGACGCCCGGGCCGGTTGCCTAATGCGACACTGGCACGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTaca < 2:292751/282‑1 (MQ=17)
aTGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCATACCAGGCAG‑CCACGCCGCATCCGACATCCAACCCCCGCGCCGGTTACCCGATGCGACGCCGGCCCGTCTTAACAGGCCCACAcc > 2:19511/1‑288 (MQ=18)
ggggaagttgagcgTCTGGAAGGGAAAAGAGAGAATGTGA‑AACTC‑GGTAGTTCGTTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTGCGCCGCATCCGACATCTATCGGCGAAGCCGGTTGCCTGATGGTACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGG‑TTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGCTGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAgcatacgccac < 2:845242/277‑11 (MQ=11)
tgAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACAcc > 1:495158/1‑285 (MQ=255)
tgAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACAcc > 1:1105511/1‑285 (MQ=255)
aaGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACCCCGCtgtg > 1:503534/1‑289 (MQ=255)
aaGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCtgtg > 1:992247/1‑289 (MQ=255)
aaGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCtgtg > 1:109736/1‑289 (MQ=255)
aaGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCACCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCAATCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACACCGCtgtg > 1:781391/1‑289 (MQ=255)
aatgtgggggaaggAAGGCGGAAAAGAAAA‑‑TGCGAACGCGGGGAAGGCGCGAAACAGCCGTGACGTGCGGAACCCGGTCGGTCAGACAAGGCGGGCAGGCCGCATCCGTCTGCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGGAACGCTGGCGCGGCTTATCAGGGCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCtgtg < 2:576213/276‑1 (MQ=14)
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gcgTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCt < 1:416805/289‑1 (MQ=255)
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tGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGCCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGACGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTAGCCCGATGCGCCGATGGCGCGTCTTATCAGACCGACACCGCTGTGACGTGCGCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGACGCAACCGAAATCTAACGCCaaa > 1:1077577/1‑289 (MQ=11)
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|
AAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGT > NC_000913/2304233‑2304806
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
