Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F17 I0 R1
|
124 |
155.2 |
3079696 |
98.3% |
3027341 |
226.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
827,507 |
T→G |
37.8% |
D492A (GAC→GCC) |
ybhF ← |
putative ABC transporter ATPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 827,507 | 0 | T | G | 37.8%
| 143.1
/ 27.7
| 104 | D492A (GAC→GCC) | ybhF | putative ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/49); new base G (42/2); total (53/51) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-16 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
AGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGTGG‑CGTGGGAGGC‑GATACTTTTCAGGCCGAACGCCTCGCTCATGCGGGAGATTTTTTCGTTCTGCGCCCGACCGCGTAAGCCATACACACCAGAGAAAAAGCGTAAATTCTGTTCGACCGTCAGGTTACCGTAGA > NC_000913/827271‑827744
|
aGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCa > 1:1324134/1‑239 (MQ=255)
tCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGCaa > 2:1326987/1‑238 (MQ=255)
aCTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGCGGGGGTCAAGGCCGGGAGTc > 1:330798/1‑239 (MQ=255)
gAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGGGGGGGGCAAAGGCGGAAGAC‑ggg > 2:561187/1‑238 (MQ=255)
gAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGGCACGCCggggagcggg > 2:1429179/1‑231 (MQ=255)
aaTAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGCAACGACGGCAggagggt > 1:230484/1‑233 (MQ=255)
aTAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGtt < 1:1429179/238‑1 (MQ=255)
aTAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGtt < 1:724580/238‑1 (MQ=255)
tAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGCAACGCCCGGAGTC‑GGTtcg > 1:1329691/1‑239 (MQ=255)
cTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGCAACGCCCGGAGGC‑GGGTCACCgag‑a > 2:1246563/1‑239 (MQ=255)
ttGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCgag‑a < 2:834281/238‑1 (MQ=255)
tGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGCTTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGCGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGCTGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGCGGGGCCACGGCGGAAGTC‑gggttgtgggggaa > 1:912570/1‑227 (MQ=255)
tGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGCAATC‑GGTGCGGCGCG‑aa > 1:128739/1‑238 (MQ=255)
tGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGGCAAAGcccgcatacgggtgctgccgaaa > 2:900756/1‑218 (MQ=255)
tGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑aaa > 1:130183/1‑239 (MQ=255)
tGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGCGGGGGGGGTCACGCCGGAAATC‑GGGTCGTCGAG‑aaa > 1:56613/1‑239 (MQ=255)
ggATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGGGGGGGGCAAAGCCGGGAGTA‑GGTTCGGCGGG‑AAACAA‑AAAGGCC‑gg > 2:270301/1‑239 (MQ=255)
aTCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGt < 1:295621/238‑1 (MQ=255)
tCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGTCCACGCCGGGAGTC‑GGGTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGtt > 1:885478/1‑238 (MQ=255)
ttGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGCACCGCCGGGAGTC‑GGTTCTTCGGG‑GACCAG‑GATGGCC‑GGtgtacgg > 2:1450147/1‑232 (MQ=255)
ttGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGCAACGCCGGGAGGC‑GGGTCGTCTCG‑AAAACG‑AAAGTCC‑GGGTCCTGcc > 2:1266769/1‑238 (MQ=255)
tCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCa < 1:1396148/238‑1 (MQ=255)
tCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAg < 1:1206171/215‑1 (MQ=255)
cGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGaa < 1:1246563/239‑1 (MQ=255)
cGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGTCAACGCCGGGAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTTATGCATCAGCGa > 1:1056082/1‑238 (MQ=255)
cGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGGAACGCCCGAAGGC‑GGTTCGTCGAG‑AAAAAA‑AATGTCC‑GGTTCATGCAACAGCGaa > 1:1455885/1‑239 (MQ=255)
cGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGGCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGaa < 2:470049/239‑1 (MQ=255)
gCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGGCAACCCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGGC‑AAACAG‑AATGTCC‑GGGTCCTGCATCAGCGAACaag > 1:1253317/1‑236 (MQ=255)
cTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGGGGGGGGGAAACCCGGGAGTT‑TGGTTGTCGAG‑AAAAAGAAAATTCC‑GGTT‑ATGCATTAACGGACAgggccgc > 1:1115578/1‑233 (MQ=255)
cTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGCGGGGGGGAACGCCGGGAGGC‑GGGTGGTCGAGAAAACAG‑AAGGACG‑GGTGC‑TGGCTCACCGCACAGgccagc > 2:802552/1‑238 (MQ=255)
gtgCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGGGGGGGGCAACGCCGGGAGTG‑GGTTGCTCGCG‑AAAAAG‑AATGTCC‑GGGTGATGCACCAGCGAACAgtgcacggc > 2:628882/1‑230 (MQ=255)
tgCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGCAAAGCCGGAAGGCGGGTTGGACG‑G‑AAACCG‑AATGGCC‑GGGTCCTGCATTCACGAAACGgcccgcg‑cc > 2:1258539/1‑238 (MQ=255)
tgCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGCGGGGGGCAACGCCCGAAGTC‑GGTTCGTCGGG‑GAACAA‑AAAGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGgcccgcg‑cc > 1:393265/1‑238 (MQ=255)
ttCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCg < 1:17506/239‑1 (MQ=255)
gcccGGCGTGCCGCTGGCGATTAAGTACCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGGGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCACCGCCGGAAGTC‑GGTTCGTAGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTaa < 2:8113/237‑1 (MQ=255)
gTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTaa < 1:1438127/239‑1 (MQ=255)
gTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTaa < 2:1331872/239‑1 (MQ=255)
gTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTaa < 2:679067/239‑1 (MQ=255)
gTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTaa < 2:682569/239‑1 (MQ=255)
gTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTaa < 2:1324134/239‑1 (MQ=255)
gTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCAAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTaa < 2:933579/239‑1 (MQ=255)
tCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGCAACGCCGGGAGGC‑GGTTCGTCGGG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTtaa > 1:629062/1‑239 (MQ=255)
tCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGCAACGCCCGGAGTC‑GGGTCGTCGGG‑AAAAAG‑AATGTCC‑GGGTCATGCAACAGCGGACCGgcccgcg‑cccccccccgttttaa > 2:228131/1‑225 (MQ=255)
tCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGCAACGCCGGAAGGC‑GGTTCGTCGAG‑AAAAAG‑AAAGGCC‑GGGTCATGCATTAGCGCACAGGACAGCC‑CCAGCCGCTGTTTaaa > 1:1161732/1‑239 (MQ=255)
cGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGGGGGGGGCAACACCGGGAGTC‑GGTTTGGCGAG‑AAACAT‑AATGTCC‑GGTTCCTGCATAAGAGAACAGGGCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTtaaa > 1:1240639/1‑238 (MQ=255)
cGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGCGAACCCGGGAGTG‑GGGTTGTCGGG‑AAACAG‑GAAGTCC‑GGGTCTTGCACTCGCGAAAAGGCCCGCC‑GCCGCCCCCGTTTaagaa > 2:115383/1‑236 (MQ=255)
gTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTAAAACCTaa < 1:270301/239‑1 (MQ=255)
cGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATgg < 1:1203404/238‑1 (MQ=255)
cGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATgg < 1:115383/238‑1 (MQ=255)
cGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATgg < 2:1267687/238‑1 (MQ=255)
ccGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGTGG‑CGTg < 1:1330054/239‑1 (MQ=255)
tACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCTCCGTGGCGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGTGG‑CGTGGGAgg < 1:82093/238‑1 (MQ=255)
tACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGGGGGGGGCAACGCCGGGAGTC‑CGTTCGTCGGG‑AAAAAG‑AATGTTC‑GGTTCTGGCCTCCACGAACATGCCAGCC‑CCCACCGCCGTTTTAAACCTAATAGTCGGTCATCGGCGG‑GGTggggggg > 2:1160062/1‑238 (MQ=255)
tACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGTGG‑CGTGGGAgg < 1:228131/238‑1 (MQ=255)
tACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGTGG‑CGTGGGAgg < 1:1474749/238‑1 (MQ=255)
cGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGCAAACCCGGGAGGC‑GGTTCGTCGGG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGGTCATGCATCAGCCAACAAGCCAGCGCCCCCCCCCGGTTTAAACCATAAT‑GCAATTTCTCGGGGG‑CGTGGGGGGC‑GGCACtttt > 2:392982/1‑238 (MQ=255)
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|
AGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTC‑GGTTCGTCGAG‑AAACAG‑AATGTCC‑GGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCG‑CCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGTGG‑CGTGGGAGGC‑GATACTTTTCAGGCCGAACGCCTCGCTCATGCGGGAGATTTTTTCGTTCTGCGCCCGACCGCGTAAGCCATACACACCAGAGAAAAAGCGTAAATTCTGTTCGACCGTCAGGTTACCGTAGA > NC_000913/827271‑827744
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
