Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F17 I0 R1
|
124 |
155.2 |
3079696 |
98.3% |
3027341 |
226.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,151,689 |
G→T |
33.0% |
intergenic (+43/+22) |
yegJ → / ← yegK |
uncharacterized protein/ser/thr phosphatase‑related protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,151,689 | 0 | G | T | 33.0%
| 41.5
/ 13.7
| 56 | intergenic (+43/+22) | yegJ/yegK | uncharacterized protein/ser/thr phosphatase‑related protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/16); new base T (10/9); total (31/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.84e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.77e-01 |
TATTGTTACAAACGTAGAATATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAATTTA‑CGGCGG‑TTATACCATTGATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATCCGTA > NC_000913/2151475‑2151921
|
tATTGTTAAAAACGGAGAATAGGGCAGGGAGTGAAAAAAAAAGAAAAAAGATATTTCAGTCTGGATTTATACGGGGGGGAAAAAAATTTG‑CGGTGT‑TTATACCATTGATCTTTTATTGGT‑CACTTATCAAAAAAAAGAAGCCGACGAGAAAAGAGAAAAATTGGTTCGCTAACCCGCCTTTATATTTATTGTTAAAACGGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAactc < 2:939130/238‑1 (MQ=255)
aTTGTTACAAACGTAGAATATGGCGAGGAGGGAAAAAAAAAAAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGAATAAAATTTA‑CGGCGG‑TTATCCCTTTGATCTTTTATTGGT‑CACCTATCAAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGTTAACCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACGGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTTTTTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAactcac < 1:842872/239‑1 (MQ=255)
atatGGCCGGGGGTGAAAAAAAAAAAAAGAAGATATTCCAGACTGGATTTATACGCGCGGGGATAAAATTTA‑CGGGGG‑TTATACAATTAATCTTTTATTGGT‑CACCTACCAAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGAAAAATTAGTTCCTTAATCAGCCTTTATATTTATTGTTAAACCGGGC‑GGTT‑A‑AATTTTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGcc < 1:1370609/237‑1 (MQ=255)
tGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAATTTA‑CGGCGG‑TTATACCATTTATCCTTTTTTTGT‑CACCTATTCAAAAAAAGAAGACGACGAGCTAAGAGCAAAAATAGTTTGCTTATTAGACGTTATATTTATTTTTTAAAATAGC‑GGGT‑GTATTTTTTTTTTTTAA‑CACCCTTGAAAAAACACACTTTCCCCACAGCCCCAg > 1:404175/1‑238 (MQ=255)
gcagggaggaaaaaaaaaaaaaaaaaGATTTTACAATCGGGATGTAACCGGGCGGGGA‑AAAATTTT‑CGGGGGTTTATCCCATTGATCTTTTATTGGT‑CCCCTAACAAAAAAAAGAAGCCGACGAGAAAAGAGAAAAATTAGTTCGCAAACCAGCCGTTATATTTATTTTTAAAACGGGG‑GGTT‑G‑ATTTTTTTTCTACAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGcc < 2:1272789/218‑1 (MQ=255)
cAGGAGTGGAAAAAAAAAAAGAAAGTTTTTTCAGCCGGGATGTATCCGCG‑GGGGAAAAAATTTACCGGGTG‑TTATCCCATTGTTCCTTTATGGGT‑CCCCTACCAAAAAGAAGAACCCAACGAGTTAAGAGAAAAATTGTTCCGCTAATAAGCGTTTATTTTTATTGTTTAAACGGGG‑GGTT‑A‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCaa < 1:501181/238‑1 (MQ=255)
aGTGGAAAAAAAAGAAAAAAGATTTTACACTCTGTATGTATACGCGGTGGAAAAAATTTTA‑CGGGGT‑TTATCCCATTGAT‑CTTTTTTGGTCCCCCTATCAAAAAAAAGAGGCCCGGGAGCAAAGAAAAAAATTTTTTCGTAAACCACCCTTTATATTTTTTTTTTAAACGGGG‑GGTG‑A‑AATTGTTTTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGtt < 2:1073912/238‑1 (MQ=255)
ttCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAATTTA‑CGGCGG‑TTATACCATTGATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCtt < 1:797680/165‑1 (MQ=255)
gttGTATACGCGGGGGGAAAAAATTTC‑CGGGGT‑TTACACTGTTGATCTTTTTTGGGT‑AACATATCAAAAAGAAGAAGCCGACGAGTAAAAATAAAAATTATTTCCATAAACATCTTTTATATTTATTTTTAAAACTGGG‑GGTT‑T‑AATTCTTTCCCTAAT‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGc < 1:1296637/236‑1 (MQ=255)
cgcgggGGGATAAAATTTA‑CGGGGT‑TTATCCCATTGATCTTTTATTGGT‑CACTTATCAAAAAGAAGAAGCCGACGATCTAAGAGAAAAATTATTTCGCAAATCAGCCGTTATATTTTTTGTTAAACCGGGG‑GGTT‑A‑ATTTGTTTTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACaaaa < 1:507052/239‑1 (MQ=255)
cgcgggGGAAAAAAATTTA‑CGGCGG‑TTATACCTTTTATCCTTTTTGGCT‑CCCCTCCCAAAAAAAAAAAGCCGCCGATCAAAGAGAAAAATTGGTTCGCTAATCAGCCTTTATATTTTTTTTTTAACCGGGG‑GGTT‑G‑ATTTTTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACaaaa < 1:1475065/239‑1 (MQ=255)
ttA‑CGGGGT‑TTATACATTTGATCTTTTATTGGT‑CCCCTATCAAAAAGAAAAAGCCGAAGAGCTAAGAGAAAAATTATTCCGCTAATCAGCGTTTATTTTTTTTTTTTAAACGGGC‑GTTT‑G‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTc < 1:1417096/239‑1 (MQ=255)
ttA‑CGGGGG‑TTAAACAATTGATCTTTTTTTGGT‑CCCCTACCAAAAAAAAGAAGCCGACGAGAAAAGAAAAAAATTATTCCGTTAACCAGCTGTTATTTTTATTTTTAAAACGGGG‑GTTT‑G‑ATTTTTTGTTTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTc < 1:762124/239‑1 (MQ=255)
tacgggagg‑TTATAACTTTGATCTTTTATTGGT‑CCCCTAACAAAAAAAAAAACCCGACGAGTAAAGAAAAAAATTAGTTCGCTAACCAGCCTTTATTTTTTTTGTTAAACCGGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTCCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTc < 1:30365/232‑1 (MQ=255)
tttATACCTTTTATCCTTTTTTGGT‑CCCCTATCAAAAAAAAAAACCGAACGAGCTAAGAAAAAAATTTGTTCGTTAATCACCCTTTTTTTTTTTTTTTAAAACGGGG‑GTTT‑G‑AATTTTTGTTTCCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGtaat < 1:1409538/237‑1 (MQ=255)
aTTTATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGGTT‑T‑AATTTTGTTTTTCAA‑CCCCCTTA‑GGAAAACAACCTTCCCCCCACGCCCCGGGCCACCGTTTTTTCATATACCTTACCCCCGTTTCCCCCGCGGCTGGGCAAAAACTCT‑TTTAAAAATTCCgggataaaaat > 2:254185/1‑227 (MQ=255)
tGATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑GATTTTTTTTTTCCA‑CCCGCATT‑AAAAAATCACTCTTCCCACAACGCCAGTGCCAACGGTTTATCATCATCCCAACCCCCGCTTACCGCCGGGCTGGGCAAAAACTTCTTTTACCATTTCAGGAATTAAATAGAgtt > 2:1125891/1‑239 (MQ=255)
tGATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTTAA‑CCGCCATG‑AGAAAATAACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTTTCATCATCCGTACGCCCCTTTACCCCCGGGCTGGGCAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGGAATAAATCGAgtta > 2:87208/1‑238 (MQ=255)
tGATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCTA‑CCGCCAAG‑AGAAACTCACTCTCCCCACCGCGCCACTGCCCACGTTTTATCATCATCCCTACGCTCGTTTAACCCCGCGCTGGGCCACAACCTC‑TTTTACAATTAAGGTAATAAAACCAgttt > 2:1402626/1‑238 (MQ=255)
gATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑T‑AATTGTTTTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAAATCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACCTTTTTTCATCATCCGTATGCCCCCTTACCGCCCGGCTGGACCAAAACTGC‑TTTTACAATTTAGGTCATAAATCGtgttgt > 1:842855/1‑239 (MQ=255)
gATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAACGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAgttgt > 1:1218018/1‑239 (MQ=255)
gATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAAATCACTCTGCCCACAGCGCCACGGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGGCAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAgttgt > 1:620733/1‑239 (MQ=255)
aTCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCCA‑CCCCCCTG‑AGAAAATCACTCTGCCCCCAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCCTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAAATGC‑TTTAACAATTCCGGTAATAAATCGAgttggt > 2:993269/1‑237 (MQ=255)
ccTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTTGTGTTTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAAACCCCTCTGCCCACAGCGCCCGTGCCAACGGTTTATCATCATCCGGACGCTCGTTTACCCCCGGGCTGGGCCAAAACTGC‑TTTAACAAATCAAGGAATAAATCGAggtttt > 2:586337/1‑232 (MQ=255)
ttATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑GATTGTTGTCTTCAA‑CCCCCCTG‑AGAAACTCACTCTGCCCCCAGCGCCCGGGCCAACGTTTTATCATCATCCCTACCCCCGTTTTCCGCCGGGGCGGGCAAAAACCGC‑TTTTACAATTTAGGTAATaaaaccggcttttcctt > 2:1103948/1‑224 (MQ=255)
tATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑T‑GATTGTTTTCTTCCA‑CCGCCATG‑AGAAACTCCCTCTGCCCCCAGCGCCCGTGCCCACGCTTTTTCATCATCCGTCCCCTCGTTTTCCCCCCGGCTGGCCAAAAACTGC‑TTTTACAATTTCGGTAATaaaaccggttttttcttc > 2:490281/1‑223 (MQ=255)
aTTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑CATTTTTTTCTTCAA‑CCGCCCTG‑AGAAACTCACTCTGCCCCCAGCGCCAGCGCCCACGCTTTATCATCCTCCGCACCCCCGTTTACCGCCCGGCTGGCCAAAAACTGC‑TCTAACAATTCACGCAATAAATCGCGTTCTTCCTGCgg > 2:710382/1‑238 (MQ=255)
gT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑GATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCCTT‑AGAAACTCACTCTGCCCAACGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCACCCTCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTTACAATTCTGGGAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGtt > 2:360203/1‑236 (MQ=255)
gT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTTTTTTTCA‑CCGCCGTA‑AGGAACTCACTCTTCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTTTCAACCACCGTACCCTCGTTTTCCGCCGGGCCGGGCAAAAACCGC‑TTTATCAATTTAGGTCATAAAACGAGCTGTTCCTGCgattca > 2:64607/1‑234 (MQ=255)
caataaataaaaaaaaaaaaGCCGAGAAGAAAAGAAAAAAATTTGTTCGATAAGCATCTGTTATATTTATTGTATAAACGGGG‑GGTT‑A‑GATTTTTGTCAAAAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTtgct < 2:620733/228‑1 (MQ=255)
aCCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCTA‑CCGCCATT‑AGAAACTCACTCTGCCCACAACGCCCATGCCAACGCTTTTTCATCATCCGTAAGCCCGTTTTCCGCCCGGCTGGGCCAAAACTTC‑TTTAACCATTTAGGTAATAAATCGAGTTGTTTCCTCGTtgctgc > 2:488447/1‑238 (MQ=255)
aCCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCCTG‑AGAAACTCACTCTGCCCCCCGCGCCAGTGCCCACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTTCCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTtgctgc > 1:1334267/1‑238 (MQ=255)
aCCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAAATCACTCTGCCCCCAGCGCCAGTGCCAACGGTTTTTCATTATCCGTAAGCCCGTTTACCCCCGGGCCGGACAAAAACTGC‑TTTTACAATTCAGGGAATAAATCCAGTTTTTCCTGCGtttgtgc > 1:274662/1‑233 (MQ=255)
cTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTTTCTTCAA‑CCCCCCTT‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTTTCATCATCCGTACGCTCGTTTATCGCCCGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGGTGTTCCTGCGTTGCTgccg > 1:1198077/1‑238 (MQ=255)
cTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AAATGTTGTCTTCAA‑ACCCCATG‑AGAAAATCAATCTTCCCACAGCGCCAGTGGCAACGTTTTTTTATCATCAGTAACCCCCGTTAACGCCAGGGGGGGCAAAAACTGC‑TTTAACAATTTAGGAACTAAATCAGGTTGTTCCTGCGTTGCTgccg > 2:617755/1‑238 (MQ=255)
aTCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑T‑AAATGGTGTCTTCAA‑CCGCCCTG‑AGAAACTCACTCTTCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCCCGTTTACCGCCGGGCTGGGGAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCa > 1:1260394/1‑239 (MQ=255)
agCCGACGAGCAAGGGTAAAAATTAGTTCGAAAATCAGCCTTTATTTTTTTTGTTAAACCGGGC‑GTTT‑A‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGaaaaa < 1:1021560/239‑1 (MQ=255)
cgaGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTTCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTTTCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTTACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCCTTGAAAAACGGGGt > 1:494350/1‑239 (MQ=255)
agattaaaaaaaaaatTTAGTTCTATAATCAGCGTTTATTTTTTTTTTAAAAACGGGG‑GGTT‑A‑ATTTTTTGTCTTAAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACgggg < 1:993269/226‑1 (MQ=255)
aaagaaaaaaaTTATTTCGCTAATCAGCCTTTTTATTTATTTTTAAAACTGGG‑GGTT‑A‑AATTTTTTTCTTAAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTaaaga < 1:1101029/232‑1 (MQ=255)
agCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGCGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAgg > 1:568244/1‑239 (MQ=255)
tattgcttaattgatccGTTAT‑TTTTTTTTTTAAACTGGG‑AGTTGG‑ATTTTTTGTCTCAAC‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATgag < 1:1402626/224‑1 (MQ=255)
aggTTCGTTACACACCCGTTAT‑TTTATTTGTTAAAACGGG‑GGGT‑G‑AATTGTTGGCTTCAATCCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTGATCATCATCCGTACGCGCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTGGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATgag < 1:1101241/237‑1 (MQ=255)
gTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCCGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCCGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCCGGTAATAAATCGGGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTTAAAAACGGGGTAAAGAAAAGCACATgaggg > 1:723251/1‑238 (MQ=255)
cgaaaacgggcgtatataTTT‑TTGTTAAAAAGGGG‑GGGT‑GAAATTGTTGTCTACAC‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAAGCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGaa < 1:490281/225‑1 (MQ=255)
aaaagaaggccctttttattttttTTTAAACCGGGC‑GGTT‑A‑ATTTTTTTTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGaa < 1:93361/223‑1 (MQ=255)
tAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTTTTTTTTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAAACCACTCTTCCCACAGCGCCCGTGCCAACGTTTTATCTTTATTCCGACGCCCGGTTATCACCGGGGTGGACAAAAAATGC‑CTTTACAATTCAGGTAATAAATCGGATTGTTTCCTCATCGCTGCCGCCCGTCCATTGAAAAAAGGGGTAAAGCAAGGCACATAAGGGGAATTa > 2:409412/1‑239 (MQ=255)
gCCTTTATATTTTTTTTATACACGGGG‑GGTT‑G‑ATTGTTTTTCCTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGc < 1:488447/239‑1 (MQ=255)
tattGTTTAAACTGGC‑GGTT‑T‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCCCAGCGCCCGTGCCAACGTTTTATCATCATCCCTACGCTCGTTTACCCCCCGGCTGGGCAAAAAATTC‑TTTTACAATTCAGGGAATAAATCGAGTTGTTTCTGCGTTGCCGCCCCCAGGCCATTTAAAAAAGGGGGAAAAAAAAGCACCAGAAGGGGAATATTCAGCATATTTaaag > 2:1265149/1‑236 (MQ=255)
tattGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTTAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCCGGGCCAACGTTTTTTCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTTACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCCGTCCATTGAAAAACGGGGGAAAGAAAGGCACATGAGGAGGATTATCCAGCATATTTAACg > 1:1478506/1‑238 (MQ=255)
tGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTTTTTTCTTCAA‑ACGCCATG‑AGAAACCCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAAAGTTTTTTCCTCATTCCTACGCTCGTTTACCCCCCGGCTGGACAAAAAATGC‑TTTAATAATTCCGGTAATAAAATGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCAATGAAAAAAAGGGTAAAGAAAAGCACATTAGGAGAATTATCCAGGATATTTTACGACaa > 2:1177603/1‑238 (MQ=255)
tGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGGTTTATCATCATCCGGACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTTACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCCTTGAAAAACCGGGGAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTactttc > 1:1369070/1‑232 (MQ=255)
tttttttaacttggggttatatttgtttTTTTCAT‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGcc < 1:1125891/217‑1 (MQ=255)
tAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTTACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCg > 1:1260263/1‑238 (MQ=255)
gggC‑GGTT‑A‑AATTGTTTTCTACAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGAt < 1:87208/238‑1 (MQ=255)
gC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCCGTGCCAACGTTTTTTCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGGACATtagga > 1:1372737/1‑202 (MQ=255)
ttttttgtTTCCAC‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATCCGTa < 1:818027/235‑1 (MQ=255)
aTTGTTGTCTCCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATCCGTa < 1:321336/239‑1 (MQ=255)
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TATTGTTACAAACGTAGAATATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAATTTA‑CGGCGG‑TTATACCATTGATCCTTTATTGGT‑CACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTT‑G‑AATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATG‑AGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGC‑TTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATCCGTA > NC_000913/2151475‑2151921
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
