Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F40 I1 R2
|
9 |
47.0 |
1202306 |
84.5% |
1015948 |
134.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,710,898 |
(T)6→7 |
coding (29/1812 nt) |
oatA ← |
possible acetyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,710,892 | 1 | . | T | 91.8%
| 136.5
/ 7.7
| 49 | coding (35/1812 nt) | oatA | possible acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base T (24/21); total (27/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 |
ACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑TTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCT > CP000730/2710756‑2711025
|
aCCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑tttt > 1:483692/1‑141 (MQ=255)
gAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCGGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑TTTTTTCt > 2:475774/1‑141 (MQ=255)
aCGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGTGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACg > 2:592630/1‑141 (MQ=255)
cGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGt > 2:386142/1‑141 (MQ=255)
cGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGt > 2:322215/1‑141 (MQ=255)
aagaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGttt > 1:366366/1‑141 (MQ=255)
agaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTa < 2:183102/141‑1 (MQ=255)
agaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATGCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTa < 1:5312/141‑1 (MQ=255)
gTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCGGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑TTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCt < 2:198522/141‑1 (MQ=255)
tATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCt < 1:196674/141‑1 (MQ=255)
aTCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACCT‑TTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCtt > 1:447697/1‑141 (MQ=255)
tCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCttt < 2:10946/141‑1 (MQ=255)
tCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCttt > 2:119274/1‑141 (MQ=255)
aaGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGtt < 1:92011/141‑1 (MQ=255)
aaGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGtt > 2:301600/1‑141 (MQ=255)
gCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTtaa > 1:514212/1‑141 (MQ=255)
cACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAAc > 2:190823/1‑141 (MQ=255)
tAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGccc < 2:19594/141‑1 (MQ=255)
cATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATc > 1:24058/1‑120 (MQ=255)
cATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATc < 2:24058/120‑1 (MQ=255)
aTTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCTATGTTAATAAACGCCCCattt > 1:346894/1‑141 (MQ=255)
gCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAg < 1:474515/103‑1 (MQ=255)
gCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAg > 2:474515/1‑103 (MQ=255)
tCAAGTGATAAATAATGTTTTTTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTtctc < 1:153580/141‑1 (MQ=255)
tGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTAttt > 2:41601/1‑141 (MQ=255)
aatGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTg > 1:296108/1‑135 (MQ=255)
aatGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTg < 2:296108/135‑1 (MQ=255)
gATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCGGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑TTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATca > 1:305498/1‑141 (MQ=255)
tCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATcaca > 1:537643/1‑141 (MQ=255)
ccTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACaa < 2:178797/141‑1 (MQ=255)
aaCTGCGAATGCACTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATAttt > 2:240516/1‑141 (MQ=255)
aCTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATAtttt > 1:251704/1‑141 (MQ=255)
cTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATAttttt < 1:375611/141‑1 (MQ=255)
cGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCCTTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaa > 1:207496/1‑141 (MQ=255)
tGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaata < 1:186252/141‑1 (MQ=255)
aaTCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATAtt > 1:418203/1‑141 (MQ=255)
aaTCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATAtt > 1:478013/1‑141 (MQ=255)
aaTCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATGGATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATAtt > 1:116119/1‑141 (MQ=255)
aTCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTg > 2:17174/1‑141 (MQ=255)
aTCTAATACAGGTAAGTATCGCGGGGTATA‑CATTTTTTTCTAACCGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACt < 2:235265/141‑1 (MQ=255)
tctcATCCCGCTAAGTATCGCGGGGAATA‑GATTTTTTTCTAAACCTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCTCATTTATTTTTCTCTATTTTGGAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTg < 2:555277/141‑1 (MQ=255)
aaTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAtt < 1:190823/141‑1 (MQ=255)
cAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCa < 1:476698/141‑1 (MQ=255)
ggTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTTCACTGTTTTTCttt > 2:159377/1‑141 (MQ=255)
cgcgGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGAttt < 1:592630/141‑1 (MQ=255)
gcgGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTa > 2:100768/1‑141 (MQ=255)
gcgGGGAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTa < 1:17285/141‑1 (MQ=255)
gtaaTA‑CATTTTTTTCTAAACGTTGAAAGTCTTTTGTATCCATTTTAATAGACGCCCCATTTATTTTTGTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAGccc < 2:514212/139‑1 (MQ=255)
ggAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCAATAATTGATTTAAccc > 1:359124/1‑141 (MQ=255)
gAATA‑CATTTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCGTTTGTATTCATGTAAATAAACGGCCCATTTTTTTTTCTCTATTTGTTAGCATATCATCATACTTTTGAAAATAAAATATTGCACTCATTTTCATTAATTGATTTAACCCt < 2:60001/141‑1 (MQ=255)
|
ACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑TTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCT > CP000730/2710756‑2711025
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
