Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F109 I1 R1
|
31 |
90.0 |
1985866 |
95.2% |
1890544 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,513,930 |
A→T |
L413F (TTA→TTT) |
USA300HOU_RS07375 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,513,930 | 0 | A | T | 98.4%
| 193.1
/ ‑4.9
| 61 | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_RS07375 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (36/24); total (36/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.10e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 |
ATTTATTTGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTTACAA > USA300TCH1516_ALE/1513794‑1514066
|
atttattgGTATGTATCGCTTTATTAGGAGTCATAGGCATTGGGTTCGTATCGTGAATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTAACACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTg < 2:667454/141‑1 (MQ=255)
ttGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCGTGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGTGCACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAg > 1:927786/1‑141 (MQ=255)
ttGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAATGAGAACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAg > 1:927776/1‑141 (MQ=255)
tgtatCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGattt > 1:622096/1‑140 (MQ=255)
gCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGGTTTATTGTATTAGGATTATTAATg > 1:444056/1‑141 (MQ=255)
gCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTCGTCGCTTGGATAAAGCGTACAAAAAAAACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCGTACTATGATTTATTGTTTTAGGATTATTAATg > 1:791349/1‑141 (MQ=255)
ttaGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCatta > 1:906416/1‑141 (MQ=255)
taagtagCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCatta > 2:117864/3‑141 (MQ=255)
tagtagACATTGGCAAGGGGTTTGCCTTTTGAATAAACCATACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCATATCGCGTAAAAAAACCAGTATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCattat < 2:750961/141‑1 (MQ=255)
gCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGa < 2:808108/141‑1 (MQ=255)
gCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACCCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGa < 1:56485/141‑1 (MQ=255)
cATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATACCATTATTTGGAtt > 2:152907/1‑141 (MQ=255)
ttGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTAt > 1:777376/1‑141 (MQ=255)
ggCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGCTTATCa > 2:931145/1‑141 (MQ=255)
ggCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCa < 2:877098/141‑1 (MQ=255)
gCATGGGGTGTGGTTGTGGGATAAAGCGTACAAAAAATATTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTTGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCAc < 2:613641/141‑1 (MQ=255)
aTGGGGTTTGCCTCTTGGATAATGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATAGGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACtt < 1:257586/141‑1 (MQ=255)
ggTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATcc < 1:984483/141‑1 (MQ=255)
gTCTCTTGTATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTa < 1:789556/141‑1 (MQ=255)
tAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTg > 2:762624/1‑141 (MQ=255)
aaaGCGAACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGa < 1:164895/141‑1 (MQ=255)
aGCTTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTCGCACATCGCGTAAAAATACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAt < 2:912218/141‑1 (MQ=255)
aGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACCTCGCGTAAAAAAACCCGCACCGATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAt > 1:233017/1‑141 (MQ=255)
aGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAt > 1:745791/1‑141 (MQ=255)
aGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAt > 1:427468/1‑141 (MQ=255)
aCAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAata > 2:121257/1‑141 (MQ=255)
aaaaaTACTGCAATAAGAGGACCACATGGCGTAAAAAAACCGGCAGCTATATGACTCATATTTGGTTTTATTTGATTAGGATTATTAATGCCAGTATGTTGAGTATCTCTTATCCTTGTATTGATAATTGAAGTAAtatta < 1:444099/141‑1 (MQ=255)
aaaaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCGTTATTTGGATTATCACTTATCGTTGTATTTATAATTGAATGAAtatta > 2:496154/1‑141 (MQ=255)
aaaaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAAtatta > 1:591118/1‑141 (MQ=255)
aTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATtatata < 1:494199/141‑1 (MQ=255)
aCTGAAATAAAAGTACCACATCGGGTAAAATAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATACCATTAGTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATAtt < 2:727833/141‑1 (MQ=255)
cTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTa < 1:117864/141‑1 (MQ=255)
tGCAGTAAAAGTATAACATCGCGTAAAAAAACCAGCATGTATAAAACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATGATTAATGCCATTATTTGGTTTATTACTTAACCTAGTATTTATATTTGAATTAATATTTTGTATTaa > 2:857215/1‑141 (MQ=255)
tGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTaa > 1:322564/1‑141 (MQ=255)
cattAAAAGTAGCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAg < 2:255112/138‑1 (MQ=255)
cAATAAAAGTACCACATCGCTTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGACATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAg < 2:43624/141‑1 (MQ=255)
aaaGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGAtcgt < 1:364920/141‑1 (MQ=255)
aaGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGAtcgtc < 2:487142/141‑1 (MQ=255)
aGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGGTTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGATTTAATATTATATATTAAAGAtcgtcg > 1:672594/1‑141 (MQ=255)
aGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTCTCCTTCTAGATCGAGTTGAATTAATATTATATATTAAAGCtcgtcg > 1:181849/1‑141 (MQ=255)
aGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGAtcgtcg > 2:594939/1‑141 (MQ=255)
aCCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGc < 2:777376/141‑1 (MQ=255)
aTCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTCAAc < 1:712066/141‑1 (MQ=255)
cgcgTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATGATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATACCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCTTGCTAAACaa > 1:708945/1‑141 (MQ=255)
cgcgTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATGATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATACCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTAGTGCTAAACaa > 1:709264/1‑141 (MQ=255)
gcgTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATCATATGTTTAATTGTATTAGGACTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATACTAGTATTTATAATTGAATTAATATTATATGTTAAAGATCGTCGTGCTAAACaat < 2:299735/141‑1 (MQ=255)
gTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACaataa > 2:82094/1‑141 (MQ=255)
gTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGATAAACaataa > 2:469785/1‑141 (MQ=255)
aaaaaaCCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTGGTGCTAAACAATAATGc > 2:806833/1‑141 (MQ=255)
aaaaCCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAACCAATAATGAAc > 2:42960/1‑141 (MQ=255)
aactcAGCCTCTATATCCCTCATAATCTGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACt < 1:612005/137‑1 (MQ=255)
aCCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTa < 1:616500/141‑1 (MQ=255)
ccAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAACCAATATTGCACTTaa > 2:125253/1‑141 (MQ=255)
cATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGtt < 1:399172/141‑1 (MQ=255)
cATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATAATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGtt > 1:566848/1‑141 (MQ=255)
cATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTCCACTAGGATTATTAATACCATCATTTGGACTATCCCTTTTCCTTGTCTACATTAATGAAGTAATATGATATATTAAAGAGCGTCGGGCCAAACAATAAGGCACTTAAAggt > 2:474567/1‑139 (MQ=255)
aTCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTGTTTGGATTATCACGTATCCTTGTATTTATCACGGACGTAACTTTAAATAGTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGatt > 2:696915/1‑141 (MQ=255)
tataTCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTCTACAATAATGCACTTAAAGTTTTGa > 1:664741/1‑141 (MQ=255)
ataataTGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGaaa > 2:608703/1‑141 (MQ=255)
atatGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGACCTGACGAAAttt > 2:890070/1‑141 (MQ=255)
gTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGCTTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAATTTTTAAATGCTGAAATTTACaa > 2:640962/1‑141 (MQ=255)
|
ATTTATTTGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTTACAA > USA300TCH1516_ALE/1513794‑1514066
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
