Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F121 I0 R1
|
45 |
69.8 |
1582072 |
96.2% |
1521953 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,513,930 |
A→T |
100% |
L413F (TTA→TTT) |
USA300HOU_RS07375 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,513,930 | 0 | A | T | 100.0%
| 138.5
/ ‑6.5
| 47 | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_RS07375 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (24/22); total (24/23) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
ATTTATTTGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1513794‑1514062
|
atttaattGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGATTTTCACTTGGATAAAGCGCACAAAAAATACTGTAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACACATAATATGTTGTATTg > 2:56826/1‑141 (MQ=255)
tatttGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTAt < 1:235971/141‑1 (MQ=255)
atgtatCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTAAAAAAACAAAAAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGatt < 2:653570/141‑1 (MQ=255)
tatCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGattatt < 1:491633/141‑1 (MQ=255)
tatCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCATACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGattatt > 1:456748/1‑141 (MQ=255)
atCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTAGTAGGAttatta > 1:690949/1‑141 (MQ=255)
tattaGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTCTATCACTCATAATCTGTTTTATTGTATTAGTATTATTAATACCat > 1:211751/1‑141 (MQ=255)
ttaGTAGCCATTGGCATTGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCAAATCGAGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCatta < 2:725390/141‑1 (MQ=255)
agtagCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCattatt > 2:201474/1‑141 (MQ=255)
agtacCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGCATAAAGCGTACAAAAAATACTGCCATAAAAGTACCACATCCCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTGTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCataatg > 2:480456/1‑140 (MQ=255)
tgaccATTGGCATTGGGTTTGTCCTTTCGAGACATAGAACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTACGATTACTAATGCCATTATTTg < 2:357199/138‑1 (MQ=255)
agCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTgg > 2:191825/1‑141 (MQ=255)
ttGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTAt > 2:498817/1‑141 (MQ=255)
ttGGCATGGGGTTTGTCTCGTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCAGATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATAACTCATAATATGTTTTATTCTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTAt > 2:440981/1‑141 (MQ=255)
ttGGCATGGGGTTTGTCTCGTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTAACAGATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTATATTAGGATTATTAATGCCATTATTTggtatat > 2:440937/1‑136 (MQ=255)
ttGGCATGGGGCTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAANACTGCAATACAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCCGCATCTCTATCACACATAATATGTTTNCTGGTATCAGGATTATTAATGCCATTATTTGGTTTAt > 2:571856/1‑141 (MQ=255)
aTGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACtt > 2:513458/1‑141 (MQ=255)
gTCTCTTGGATATAGCGTACAAAAAATACTGCACTAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATACTATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGTATTATCACTTATCCTTGTa < 2:441572/141‑1 (MQ=255)
ctctTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCAATCATAATATGTTGTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATGATCACTTATCCTTGtttt > 1:46404/1‑141 (MQ=255)
ttGGATAAAGCGTATAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTtat > 1:435420/1‑141 (MQ=255)
ggATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATaa < 1:358726/141‑1 (MQ=255)
ggATAAAGCCGACAACAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGCATTATTTATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATaa < 2:511776/141‑1 (MQ=255)
gATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAAt < 1:630490/141‑1 (MQ=255)
gATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAAt < 1:346573/141‑1 (MQ=255)
aaGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGat > 2:250209/1‑140 (MQ=255)
aaGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATAACTTATCCTTGTATTTATAATTGaa > 2:616480/1‑141 (MQ=255)
gTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTaa < 1:772738/141‑1 (MQ=255)
aaaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTTTAATTGAATTAAtattat > 1:501637/1‑141 (MQ=255)
aTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATtatata < 1:191825/141‑1 (MQ=255)
tACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTatatat > 2:369218/1‑141 (MQ=255)
cAATAAAAGTACCACATCTCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAg < 2:471118/141‑1 (MQ=255)
aaTAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGa < 1:108496/141‑1 (MQ=255)
aTAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGAt < 1:530631/141‑1 (MQ=255)
aaGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGAtcgtc < 1:101308/141‑1 (MQ=255)
acaTCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTaa < 1:524663/141‑1 (MQ=255)
caTCGCGTAAAAAAACAAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCAATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTaaa > 2:242646/1‑141 (MQ=255)
gTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAATATCGTCGTTCTAAACaataa < 1:352385/141‑1 (MQ=255)
tAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACaataat > 2:479375/1‑141 (MQ=255)
aaaCCAGCATCTATATCACACATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACt < 1:129744/141‑1 (MQ=255)
aaCCAGCCTCTATATCACTCATAATATGTTTAAATGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGACTTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAAGAATGCACtt < 1:523146/141‑1 (MQ=255)
aaCCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTGAACAATAATGCACtt > 2:320162/1‑141 (MQ=255)
aCCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTa > 1:681638/1‑141 (MQ=255)
atatCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGaa < 1:196922/141‑1 (MQ=255)
cTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACg < 1:679664/141‑1 (MQ=255)
cATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGaa > 2:759201/1‑141 (MQ=255)
cATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGaa > 1:786861/1‑141 (MQ=255)
ataataTGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGaaa < 1:16978/141‑1 (MQ=255)
atatGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCATTGTATTTTTAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGGCGAAAttt > 2:301597/1‑141 (MQ=255)
|
ATTTATTTGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1513794‑1514062
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
