Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F15 I0 R1
|
22 |
59.5 |
1335882 |
95.9% |
1281110 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,513,930 |
A→T |
100% |
L413F (TTA→TTT) |
USA300HOU_RS07375 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,513,930 | 0 | A | T | 100.0%
| 150.2
/ ‑6.5
| 53 | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_RS07375 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (18/34); minor base G (1/0); total (19/34) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTTATTTGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1513795‑1514062
|
tttatttGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGTATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAACATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTg < 1:10463/140‑1 (MQ=255)
tttatttGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAATAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAACATCTATATCACTCAGAATATGTTTTATTg < 1:10840/140‑1 (MQ=255)
tttatttGTATGAATCGATTTATCTGTAGTCATTGGCATGGGGTTTGTCTTTTTGATAAAGCGTACAAAAAATATTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTg < 1:301464/140‑1 (MQ=255)
ttatttttatttAACCATTTATTAGTAGCGATTAGCATGGGGTTTGTCTCTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGt < 2:608799/140‑1 (MQ=255)
ttatttGTATGTATCGCTTTATTCGTAGCAATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCCTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCTTCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGt < 2:605588/140‑1 (MQ=255)
tgttGGATGGATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTAt < 2:200744/138‑1 (MQ=255)
atttGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATTGCGTAAAAAAAACAGCATCTATATAACACATAATAGGTTTTATTGTAt > 2:559705/1‑140 (MQ=255)
atttGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTAt < 2:343570/140‑1 (MQ=255)
agttGTATGTATCGGTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTAt < 2:624203/138‑1 (MQ=255)
gCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAAt < 1:425308/140‑1 (MQ=255)
cTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATg < 1:174140/140‑1 (MQ=255)
tttggcATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCattatt < 2:495348/135‑1 (MQ=255)
aTTGGCATGGTGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATAAGGATTATTAATGCCATTATTTGGAtt < 1:8341/140‑1 (MQ=255)
aTTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCTCTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGAtt < 2:492262/140‑1 (MQ=255)
tGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTAt > 2:514086/1‑140 (MQ=255)
tGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTAt < 1:141847/140‑1 (MQ=255)
tGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATAATGCAATAACAGTAGAACAACAAGTAAAAGAAACAGAGACTAGCTGCTAGATAGTAAGCTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATCATTTTGATTAt > 2:2276/1‑140 (MQ=255)
ggCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCAGAATAAGATATATTGTATTAGGATTACTAATGCCATAAATTGAatcatc > 2:153941/1‑140 (MQ=255)
aTGTGGTGTGTCTCTTGGATAAAGCTTACAAAAAATACTGTAATAAAAGTACCACATCGCTTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTTATAATATGTTTTATTTTATTAGGATTATTAATTCCATTATTTGGATTATCACt < 2:51180/140‑1 (MQ=255)
aTGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACt > 1:207455/1‑140 (MQ=255)
tttGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAACATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAAAAAGCATCTATAACACTCATAATATATTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCt > 1:31537/1‑140 (MQ=255)
ttGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCtt > 1:634285/1‑140 (MQ=255)
tGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATCATTTGGATTATGACTTATCCttt > 2:378028/1‑139 (MQ=255)
tctcTTGGAGAAAGCGTACCAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTa < 2:84653/140‑1 (MQ=255)
gaaaaaGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATaa < 2:185975/137‑1 (MQ=255)
aTAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCTGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATCCCATTATTTGGATTATCAGTTTTCCTTGTATTTATAAt < 1:372473/140‑1 (MQ=255)
aTAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAAt < 1:539680/140‑1 (MQ=255)
aTAAAACGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATTGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAAt < 2:229506/140‑1 (MQ=255)
gCGTACAATAAATACTGCAATTAAAGTTCCACTTCGCGTTATAATACCAGTATCTTTATCTCTCATTATATGTTTTGTTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAt < 1:142421/140‑1 (MQ=255)
cGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAtt < 1:588827/140‑1 (MQ=255)
cGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAtt > 2:633208/1‑140 (MQ=255)
aaaacaTACTGACATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAatat < 2:447511/140‑1 (MQ=255)
aTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATtatat < 1:309552/140‑1 (MQ=255)
tgaaaTAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTa < 2:63607/137‑1 (MQ=255)
caTAAAAGCACACGATCTCTTAAATAACCCAGCATGTATAGCACTCATAATTTGTTTTATTGTATTAGGATTATTAAGGCCATTATGTGGATCATCAGTTATCCTTGTATTTATGATGGAATTGATATTATATATTAAAg < 2:431215/139‑1 (MQ=255)
aaaaGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCAACTATATCACTCATAATATATTTGATTGTATTAGGATTATTCATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATACTTGAATTAATATAATATATTaacgcac > 2:126605/1‑135 (MQ=255)
aGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTCTTTGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGAtcgtc > 1:140662/1‑140 (MQ=255)
aGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGAtcgtc > 2:266731/1‑140 (MQ=255)
aGTACCACAACGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTAATAATATGTTTTATAGTATTAGAATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTATATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGAtcgtc > 2:253060/1‑140 (MQ=255)
tAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACaataa > 1:560384/1‑140 (MQ=255)
tAAAAAAACCAGCACCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACaataa > 1:368692/1‑140 (MQ=255)
cTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGtttt > 2:387540/1‑140 (MQ=255)
cTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGtttt > 2:118901/1‑140 (MQ=255)
ttaacccATAATATGTTTTAGTGGATTAGGATTATTATTGCTATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTTAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAAc < 1:514086/134‑1 (MQ=255)
atCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAAc < 1:2276/140‑1 (MQ=255)
tcccTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTTTTCTTGTATTTATAATTGTTTTATTATTATTTATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACt < 1:23599/137‑1 (MQ=255)
tCACTCATAATATTTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACt < 2:267251/140‑1 (MQ=255)
tCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACt < 1:649348/140‑1 (MQ=255)
cTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGAc > 2:632651/1‑140 (MQ=255)
cTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATACTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGAc > 2:37293/1‑140 (MQ=255)
aataTGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTTGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAACGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAAt < 1:389099/140‑1 (MQ=255)
tatGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGGTTATCACTTTTCCTTGTATTTTTACTTGCATCTATAGTATGTGTTTGGCGACGTCTTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAAttt < 1:156961/140‑1 (MQ=255)
tatGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTGGGATTATCACTTATCCTTTTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAAttt < 1:285324/140‑1 (MQ=255)
|
TTTATTTGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1513795‑1514062
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
