Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R1
|
2169 |
63.0 |
3952800 |
76.2% |
3012033 |
62.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,933,000 |
A→T |
15.6% |
R481R (CGT→CGA) |
lysS ← |
lysine tRNA synthetase, constitutive |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,933,000 | 0 | A | T | 15.6%
| 239.7
/ 32.6
| 96 | R481R (CGT→CGA) | lysS | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/41); new base T (8/7); total (48/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.28e-01 |
TACCGGACGCATCGCCGGGAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCA > minE/1932931‑1933069
|
tACCGGACGCATCGCCGGGAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATa < 1:1280495/70‑1 (MQ=255)
tACCGGACGCATCGCCGGGAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATAc > 1:2324401/1‑71 (MQ=255)
ccGGACGCATCGCCGGGAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCGGTTGGTGAACAGCATTACCATACg < 1:3049851/70‑1 (MQ=255)
ggACGCATCGCCGGGAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTc < 1:1995375/71‑1 (MQ=255)
ggACGCATCGCCGGGAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTc < 1:142934/71‑1 (MQ=255)
ggACGCATCGCCGGGAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTc < 1:3554281/71‑1 (MQ=255)
gACGCATCGCCGGGAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTc > 1:2499762/1‑70 (MQ=255)
aTCGCCGGGAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATAc > 1:399179/1‑70 (MQ=255)
aTCGCCGGGAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATAc > 1:1589153/1‑70 (MQ=255)
gCCGGGAAGAGAATAACGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCaa > 1:389074/1‑70 (MQ=255)
ccGGGAAGAGAATAACGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATa < 1:2249842/65‑1 (MQ=255)
ccGGGAAGAGAATAACGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAAta < 1:1387639/71‑2 (MQ=255)
ccGGGAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAAt > 1:2309855/1‑70 (MQ=255)
cGGGAAGAGAATAACGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAAta < 1:3545116/70‑2 (MQ=255)
gggAAGAGAATAACGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATAcc < 1:2036599/71‑1 (MQ=255)
ggAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGa < 1:957812/60‑1 (MQ=255)
ggAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTcc > 1:2420740/1‑70 (MQ=255)
gAAGAGAATAACGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCa < 1:3836490/71‑1 (MQ=255)
gAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTcc > 1:51047/1‑69 (MQ=255)
gAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTcc > 1:446491/1‑69 (MQ=255)
aaCAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTcc > 1:2017540/1‑68 (MQ=255)
aCAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGa > 1:2874504/1‑71 (MQ=255)
gaGAATAACGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGAc > 1:2195732/2‑71 (MQ=255)
aaTAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATa > 1:2444327/1‑46 (MQ=255)
aaTAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATa > 1:2073444/1‑46 (MQ=255)
aaTAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctg > 1:729160/1‑71 (MQ=255)
aaTAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctg < 1:2702998/71‑1 (MQ=255)
aaTAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctg > 1:3221528/1‑71 (MQ=255)
aaTAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGAATTACCATa > 1:2595537/1‑46 (MQ=255)
aaTAACGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGAcca > 1:439714/1‑69 (MQ=255)
aTAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgc > 1:265374/1‑71 (MQ=255)
tAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgct < 1:2236446/71‑1 (MQ=255)
aaCGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgctg > 1:881339/1‑71 (MQ=255)
aCGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGt < 1:2107835/71‑1 (MQ=255)
aCGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGt < 1:1883498/71‑1 (MQ=255)
gTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTc > 1:3812308/1‑45 (MQ=255)
gTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgct < 1:1849638/67‑1 (MQ=255)
tCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGAc < 1:1516799/61‑1 (MQ=255)
tCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgct < 1:2579557/66‑1 (MQ=255)
tCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcg > 1:3709333/1‑70 (MQ=255)
cgGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcggcgg < 1:949646/71‑1 (MQ=255)
ggATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgct < 1:596495/62‑1 (MQ=255)
ggATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcggcgg > 1:891360/1‑70 (MQ=255)
atagTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTtggcgg > 1:3952323/4‑68 (MQ=255)
aTGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGt > 1:622335/1‑69 (MQ=255)
tGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAg < 1:3250687/71‑1 (MQ=255)
ggTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGc > 1:2167885/1‑71 (MQ=255)
ggTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGc > 1:1002513/1‑71 (MQ=255)
ggTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGc > 1:143374/1‑71 (MQ=255)
aTGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcgg < 1:1840271/60‑1 (MQ=255)
aTGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcgg < 1:1447979/60‑1 (MQ=255)
tGGCTGTTGGTGAACAGCATTATCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATg > 1:1916970/1‑71 (MQ=255)
tGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcgg > 1:2915610/1‑59 (MQ=255)
tGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATg > 1:205013/1‑71 (MQ=255)
tGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCACAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATg > 1:1699821/1‑71 (MQ=255)
ggCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgct < 1:2707742/53‑1 (MQ=255)
ggCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCa < 1:1754461/68‑1 (MQ=255)
gCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGcc > 1:1147443/1‑66 (MQ=255)
gCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGt < 1:1736708/70‑1 (MQ=255)
cTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTc < 1:1157779/71‑1 (MQ=255)
cTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTc < 1:1806520/71‑1 (MQ=255)
tGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCAt > 1:500213/1‑66 (MQ=255)
tGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTc > 1:608211/1‑70 (MQ=255)
tGTTGGTGAACAGCATTACCATACCGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCAt > 1:389763/1‑66 (MQ=255)
ttGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTccc < 1:3230337/39‑1 (MQ=255)
ttGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTccc < 1:314631/39‑1 (MQ=255)
ttGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCa < 1:3740287/70‑1 (MQ=255)
tGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgctg < 1:3630332/48‑1 (MQ=255)
ggTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCa > 1:429589/1‑68 (MQ=255)
ggTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGt < 1:610347/70‑1 (MQ=255)
ggTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTg > 1:1557379/1‑71 (MQ=255)
gTGAACAGCATTACCATACTGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTg < 1:81702/70‑1 (MQ=255)
gTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTg < 1:1431549/70‑1 (MQ=255)
tGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCg < 1:126706/71‑1 (MQ=255)
aaCAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGAc > 1:2030058/1‑37 (MQ=21)
aaCAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAgcgcag < 1:3533722/70‑3 (MQ=255)
aaCAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAgcgcag < 1:1518668/70‑3 (MQ=255)
aaCAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAGCGCAGt > 1:964159/1‑71 (MQ=255)
aCAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTc < 1:86598/44‑1 (MQ=255)
cAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCa > 1:2858227/1‑55 (MQ=255)
aGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTTCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGa < 1:950687/70‑1 (MQ=255)
gCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAGCGCAGTCACg > 1:1010793/1‑71 (MQ=255)
cATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACg > 1:448310/1‑70 (MQ=255)
cATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGt < 1:2788785/71‑1 (MQ=255)
ttACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTcc < 1:2087148/56‑1 (MQ=255)
ttACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTg < 1:836498/65‑1 (MQ=255)
ttACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTaa > 1:198306/1‑71 (MQ=255)
ttACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTCTCGGCGGTAAGCCATg < 1:2845356/52‑1 (MQ=255)
tACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcggcg < 1:164329/41‑1 (MQ=255)
tACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcggcg < 1:277304/41‑1 (MQ=255)
tACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAAt > 1:3450901/1‑71 (MQ=255)
aatcATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAGCGCAGTCACGTAAt > 1:1777609/4‑71 (MQ=255)
aCCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGt > 1:306058/1‑51 (MQ=255)
aCCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGt > 1:2295852/1‑51 (MQ=255)
aCCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCa > 1:3916373/1‑55 (MQ=255)
aCCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAAt < 1:3606931/70‑1 (MQ=255)
aCCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATc > 1:2344956/1‑71 (MQ=255)
aCCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATc > 1:427271/1‑71 (MQ=255)
cATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCtt < 1:3122925/71‑1 (MQ=255)
tACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCa < 1:221560/71‑1 (MQ=255)
|
TACCGGACGCATCGCCGGGAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCA > minE/1932931‑1933069
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
