Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R2
|
370 |
72.1 |
3738297 |
91.5% |
3420541 |
62.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,222,933 |
G→A |
23.9% |
V15V (GTG→GTA) |
panF → |
pantothenate:sodium symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,222,933 | 0 | G | A | 23.9%
| 85.0
/ 25.5
| 46 | V15V (GTG→GTA) | panF | pantothenate:sodium symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/18); new base A (9/2); total (26/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.21e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
CGCGATATCCCACTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAATGAGTATTTCCT > minE/2222864‑2223001
|
cgcgATATCCCACTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCtggtggtgg > 1:2761686/1‑71 (MQ=255)
gATATCCCACTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt < 1:1753617/71‑1 (MQ=255)
cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTAtct < 1:1034095/71‑1 (MQ=255)
cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTAtct < 1:1668027/71‑1 (MQ=255)
tGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTTGGCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTc < 1:1709455/63‑1 (MQ=255)
tGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTc < 1:1177093/63‑1 (MQ=255)
tGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTAtctc > 1:1778994/1‑71 (MQ=255)
gaggaTGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTAtctc < 1:2528163/69‑1 (MQ=255)
gaTGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGtt > 1:102265/1‑70 (MQ=255)
gaTGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGtt > 1:583188/1‑70 (MQ=255)
gaTGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTa > 1:2825591/1‑62 (MQ=255)
aTGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTa < 1:3242316/71‑1 (MQ=255)
tGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTat > 1:1059524/1‑71 (MQ=255)
aCGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTggtggtggt < 1:679315/50‑1 (MQ=255)
aTGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTatgcgat > 1:1919110/1‑71 (MQ=255)
aGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGgtggtggtg < 1:106958/44‑1 (MQ=255)
aGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGtt < 1:2640067/46‑1 (MQ=255)
aGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGtt < 1:3732088/46‑1 (MQ=255)
cTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTa > 1:3113825/1‑70 (MQ=255)
ttGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTc < 1:1713983/44‑1 (MQ=255)
gAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTa > 1:1865343/1‑46 (MQ=255)
gAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTa > 1:183498/1‑46 (MQ=255)
gAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAAc < 1:1918789/70‑1 (MQ=255)
aaGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACg < 1:2931194/70‑1 (MQ=255)
aaGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACg > 1:1209961/1‑70 (MQ=255)
gTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACg < 1:2145056/68‑1 (MQ=255)
aTTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGtt > 1:46518/1‑35 (MQ=255)
aTTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGtt > 1:2448299/1‑35 (MQ=255)
aTTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGtt > 1:1487700/1‑35 (MQ=255)
aTTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGtt > 1:2607012/1‑35 (MQ=255)
tCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAAc > 1:1171865/1‑62 (MQ=255)
aCCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTatgcga > 1:2513592/1‑50 (MQ=255)
aCCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTatgcga > 1:1390145/1‑50 (MQ=255)
aCCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTatgcga > 1:2992845/1‑50 (MQ=255)
gCTGGTCGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCAcct < 1:3599625/71‑1 (MQ=255)
cTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTatgcgatg > 1:2650981/1‑48 (MQ=255)
cTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCAcctt < 1:2937976/71‑1 (MQ=255)
tGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGc < 1:1564481/59‑1 (MQ=255)
tGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGc < 1:568526/59‑1 (MQ=255)
cGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCAcc > 1:73584/1‑58 (MQ=255)
cGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCAcc > 1:3228621/1‑58 (MQ=255)
cGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCAc > 1:1349625/1‑57 (MQ=255)
gCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTa < 1:3667714/70‑1 (MQ=255)
cTATCTGGTGGTGGTGTTAGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAAt > 1:2496898/1‑70 (MQ=255)
tATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAAt > 1:552837/1‑69 (MQ=255)
aTCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAAt > 1:1259873/1‑68 (MQ=255)
tCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAg < 1:3320640/48‑1 (MQ=255)
tCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAg < 1:488888/48‑1 (MQ=255)
tCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTatgcga > 1:2135163/1‑35 (MQ=255)
ggtggtggtGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAATGAGTAtt > 1:298643/1‑71 (MQ=255)
gtggtagtgTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAATGAGTAtt > 1:1769135/1‑70 (MQ=255)
gtggtgTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAATGAGTATTTCCt < 1:2448891/71‑1 (MQ=255)
gtggtgTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAATGAGTATTTCCt < 1:1231823/71‑1 (MQ=255)
|
CGCGATATCCCACTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAATGAGTATTTCCT > minE/2222864‑2223001
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
