Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A1 F28 I2 R1	330	0.0	2544031	91.9%	2337964	62.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	848,718	A→G	intergenic (‑292/+112)	glnH ← / ← dps	glutamine transporter subunit/Fe‑binding and storage protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	848,718	0	A	G	100.0%	245.3 / NA	65	intergenic (‑292/+112)	glnH/dps	glutamine transporter subunit/Fe‑binding and storage protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (32/33); total (32/33)

TCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAA  >  W3110S.gb/848657‑848767

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAACAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:2327695/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGTAGATGGCa                                                <  1:2543112/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:1692047/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:1032513/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:1822253/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:189824/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:1926109/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:2023310/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:2059946/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:2113668/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:2151759/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:2229845/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:242171/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:2485537/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:2535491/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:391068/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:562568/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:780286/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:818653/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:1026834/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:1595043/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:1541125/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:1311791/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:1078999/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:1205648/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:1251326/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:1431417/65‑1 (MQ=255)

tCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCACCTGGAGATGGCa                                                <  1:1761857/65‑1 (MQ=255)

 cTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:1037975/64‑1 (MQ=255)

 cTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:1683344/64‑1 (MQ=255)

 cTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:2247308/64‑1 (MQ=255)

    tATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                                <  1:620706/61‑1 (MQ=255)

      tGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCTGCTGGAGATGGCa                                                <  1:406858/59‑1 (MQ=255)

              ttGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTa                                   >  1:2159191/1‑64 (MQ=255)

              ttGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTa                                   >  1:2274788/1‑64 (MQ=255)

              ttGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTa                                   >  1:1061254/1‑64 (MQ=255)

              ttGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTa                                   >  1:67720/1‑64 (MQ=255)

              ttGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTa                                   >  1:1778368/1‑64 (MQ=255)

              ttGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTa                                   >  1:1654193/1‑64 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:273971/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:970390/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:927884/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:1925092/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:1964094/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:597625/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:580452/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:1053371/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:554321/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:2031856/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:1336878/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:2538823/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:2034818/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:1230640/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:1233181/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:2333544/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:2056857/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:2288537/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:2077983/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:209477/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:1358719/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:2171216/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:2167703/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaa   >  1:1479844/1‑64 (MQ=255)

                                              tAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTCCGTTGAGGAGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:2033600/1‑65 (MQ=255)

                                              tAATCAGCAGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaaaa  >  1:713079/1‑65 (MQ=255)

TCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAA  >  W3110S.gb/848657‑848767

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A