Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I1 R2
|
328 |
63.0 |
4687567 |
98.0% |
4593815 |
65.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
848,718 |
A→G |
intergenic (‑292/+112) |
glnH ← / ← dps |
glutamine transporter subunit/Fe‑binding and storage protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 848,718 | 0 | A | G | 100.0%
| 161.3
/ NA
| 47 | intergenic (‑292/+112) | glnH/dps | glutamine transporter subunit/Fe‑binding and storage protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (18/29); total (18/29) |
AAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGT > W3110S.gb/848651‑848778
|
aaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATTATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa < 1:99123/71‑1 (MQ=255)
aaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa < 1:3533260/71‑1 (MQ=255)
aaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa < 1:3529648/71‑1 (MQ=255)
aaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa < 1:307965/71‑1 (MQ=255)
aaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa < 1:217384/71‑1 (MQ=255)
aaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa < 1:2063477/71‑1 (MQ=255)
aaTCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAgatg < 1:3231547/71‑1 (MQ=255)
aTCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAgatg < 1:3410590/70‑1 (MQ=255)
tttATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAgatggatg > 1:4033752/1‑71 (MQ=255)
tATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAtatggatg < 1:1610690/69‑1 (MQ=255)
tATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAgatggatg < 1:2990683/69‑1 (MQ=255)
tATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAgatggatg < 1:2714791/69‑1 (MQ=255)
tATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAgatggat > 1:3876868/1‑68 (MQ=255)
tATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCa > 1:1839867/1‑71 (MQ=255)
tATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCa > 1:4526287/1‑71 (MQ=255)
tAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTa < 1:454540/70‑1 (MQ=255)
cGATTGTGTGATGATGTTGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATa < 1:2379990/71‑1 (MQ=255)
cGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATa < 1:153628/71‑1 (MQ=255)
cGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATa < 1:1789662/71‑1 (MQ=255)
cGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATa < 1:1780673/71‑1 (MQ=255)
tgatgaTGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGtt < 1:1462806/71‑1 (MQ=255)
gatgatGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGtt < 1:4624610/70‑1 (MQ=255)
atgatgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTg < 1:3246740/70‑1 (MQ=255)
atgatgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGa < 1:546180/71‑1 (MQ=255)
atgatgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGa < 1:776575/71‑1 (MQ=255)
atgatgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGa < 1:33679/71‑1 (MQ=255)
tgatgTGTATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCAGTAAATAAGTGCGTTGa < 1:588512/70‑1 (MQ=255)
tgatgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGa < 1:819234/70‑1 (MQ=255)
tgatgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGa < 1:113493/70‑1 (MQ=255)
atgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGa < 1:120229/68‑1 (MQ=255)
atgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGa < 1:314320/68‑1 (MQ=255)
atgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAgg > 1:637154/1‑70 (MQ=255)
tgGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAg > 1:2099739/1‑66 (MQ=255)
gATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGt > 1:1063711/1‑60 (MQ=255)
gATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCt > 1:1620125/1‑71 (MQ=255)
tACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAga > 1:2332238/1‑36 (MQ=255)
aCAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGc > 1:289105/1‑70 (MQ=255)
aCAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGc > 1:2403492/1‑70 (MQ=255)
aCAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGc > 1:1672683/1‑70 (MQ=255)
aCAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGc > 1:1460467/1‑70 (MQ=255)
aaaaaTTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATaa > 1:2199867/1‑48 (MQ=255)
aaaaaTTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAg > 1:1031478/1‑49 (MQ=255)
aaaaaTTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaa > 1:1976158/1‑71 (MQ=255)
aaTTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaa < 1:3013135/71‑1 (MQ=255)
aTTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaa < 1:4671946/70‑1 (MQ=255)
tACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGa > 1:2555508/1‑50 (MQ=255)
aGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGt > 1:4219053/1‑71 (MQ=255)
|
AAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGT > W3110S.gb/848651‑848778
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
