Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I2 R2
|
356 |
55.1 |
4139924 |
95.4% |
3949487 |
63.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,271,811 |
A→G |
Y369C (TAT→TGT) |
tyrB → |
tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,271,811 | 0 | A | G | 78.0%
| 121.2
/ 30.3
| 59 | Y369C (TAT→TGT) | tyrB | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/0); new base G (32/14); total (45/14) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CATGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGC > W3110S.gb/4271746‑4271880
|
cATGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCa > 1:2734024/1‑71 (MQ=255)
ttaaGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:345455/4‑71 (MQ=255)
ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:1186575/1‑71 (MQ=255)
ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:214342/1‑71 (MQ=255)
ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:2203050/1‑71 (MQ=255)
ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:2373257/1‑71 (MQ=255)
ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:1667775/1‑71 (MQ=255)
ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:2649688/1‑71 (MQ=255)
ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:3074372/1‑71 (MQ=255)
ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:3326897/1‑71 (MQ=255)
ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:511527/1‑71 (MQ=255)
ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:606674/1‑71 (MQ=255)
ttATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCAt > 1:3326562/1‑63 (MQ=255)
ttATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCAt > 1:164234/1‑63 (MQ=255)
ttATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCAt > 1:3662419/1‑63 (MQ=255)
ttATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCg > 1:2105815/1‑71 (MQ=255)
ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCgg > 1:987062/1‑70 (MQ=255)
ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGt > 1:2006017/1‑71 (MQ=255)
ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGt > 1:1866694/1‑71 (MQ=255)
ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGt > 1:359207/1‑71 (MQ=255)
ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGt > 1:3170514/1‑71 (MQ=255)
aCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTc > 1:3715555/1‑70 (MQ=255)
aCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg > 1:965334/1‑71 (MQ=255)
aCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg > 1:1304353/1‑71 (MQ=255)
aCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg > 1:1494700/1‑71 (MQ=255)
aCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg > 1:3100792/1‑71 (MQ=255)
aCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg > 1:3019802/1‑71 (MQ=255)
ccGGTTTAAGTGCCGCTCATGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:506536/70‑1 (MQ=255)
ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:2305823/70‑1 (MQ=255)
cagTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:2655866/69‑1 (MQ=255)
cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:516184/71‑1 (MQ=255)
cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:904871/71‑1 (MQ=255)
cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:3775202/71‑1 (MQ=255)
cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:282931/71‑1 (MQ=255)
cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:3737463/71‑1 (MQ=255)
cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:1586304/71‑1 (MQ=255)
ttAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTgtctgtct > 1:164491/1‑50 (MQ=255)
ttAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTgtctgtct > 1:3225720/1‑50 (MQ=255)
ttAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTgtctgtct > 1:914732/1‑50 (MQ=255)
ttAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTgtctgtct > 1:2923937/1‑50 (MQ=255)
gCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGtgtctgtc > 1:733462/1‑43 (MQ=255)
gCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGtgtctgtc > 1:577406/1‑43 (MQ=255)
aGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGtt > 1:276875/1‑70 (MQ=255)
aGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGtt > 1:3340089/1‑70 (MQ=255)
gTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa < 1:3651778/71‑1 (MQ=255)
ttGACCGACTACGTGAAGAATTTTGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAAt < 1:1859057/71‑1 (MQ=255)
gACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:1491303/45‑1 (MQ=255)
tGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTAc < 1:1696292/71‑1 (MQ=255)
tGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTAc < 1:956240/71‑1 (MQ=255)
gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:1285658/1‑62 (MQ=255)
gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:1857500/1‑62 (MQ=255)
gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:2922739/1‑62 (MQ=255)
gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:3296321/1‑62 (MQ=255)
gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:3291586/1‑62 (MQ=255)
gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:2598474/1‑62 (MQ=255)
gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:3166943/1‑62 (MQ=255)
gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:3141903/1‑62 (MQ=255)
gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:2716872/1‑62 (MQ=255)
gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCAGGGTTAAATACGGCaaa > 1:48217/1‑62 (MQ=255)
tATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGc > 1:1034381/1‑71 (MQ=255)
tATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGc > 1:615308/1‑71 (MQ=255)
tATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGc > 1:3444062/1‑71 (MQ=255)
tATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGc > 1:1639445/1‑71 (MQ=255)
tATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGc > 1:2863738/1‑71 (MQ=255)
tATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGc > 1:2629863/1‑71 (MQ=255)
aTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa > 1:1404503/1‑40 (MQ=255)
aTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa > 1:1642118/1‑40 (MQ=255)
aTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa > 1:2028034/1‑40 (MQ=255)
aTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa > 1:1941889/1‑40 (MQ=255)
aTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa > 1:1934205/1‑40 (MQ=255)
|
CATGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGC > W3110S.gb/4271746‑4271880
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
