Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F17 I0 R2
|
276 |
45.3 |
3729697 |
93.0% |
3468618 |
60.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,271,811 |
A→G |
76.9% |
Y369C (TAT→TGT) |
tyrB → |
tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,271,811 | 0 | A | G | 76.9%
| 105.1
/ 27.8
| 52 | Y369C (TAT→TGT) | tyrB | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/7); new base G (11/29); total (16/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGT > W3110S.gb/4271750‑4271869
|
ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATc > 1:1542504/1‑69 (MQ=255)
ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATc > 1:2846130/1‑69 (MQ=255)
ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATc > 1:1855468/1‑69 (MQ=255)
ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACATGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATc > 1:243137/1‑69 (MQ=255)
cAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTAtctc < 1:1235541/64‑1 (MQ=255)
ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCg > 1:31686/1‑69 (MQ=255)
ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGt > 1:1536189/1‑68 (MQ=255)
ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGt > 1:2939743/1‑68 (MQ=255)
ggTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:768680/68‑1 (MQ=255)
tttAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAt < 1:2399695/69‑1 (MQ=255)
tttAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAt < 1:1729925/69‑1 (MQ=255)
ttAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAt < 1:398477/68‑1 (MQ=255)
gTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAtgtgt < 1:758105/68‑1 (MQ=255)
gTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCAtgtgt < 1:3432998/68‑1 (MQ=255)
gCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTc > 1:1711291/1‑69 (MQ=255)
cAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGcc > 1:2018380/1‑45 (MQ=255)
tttGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTAtctc < 1:1675048/35‑1 (MQ=255)
gTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:2887969/50‑1 (MQ=255)
gTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa < 1:998269/69‑1 (MQ=255)
gTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa < 1:1481092/69‑1 (MQ=255)
ttGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:1691283/49‑1 (MQ=255)
ttGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:3431401/49‑1 (MQ=255)
tGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCAt < 1:592013/36‑1 (MQ=255)
tGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa > 1:1498055/1‑69 (MQ=255)
tGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTAAt < 1:1944500/36‑1 (MQ=37)
tGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa > 1:2318174/1‑67 (MQ=255)
tGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa < 1:2088806/67‑1 (MQ=255)
tGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa > 1:2987080/1‑67 (MQ=255)
gACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAAt > 1:3388140/1‑69 (MQ=255)
gACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAAt > 1:1484424/1‑69 (MQ=255)
gACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGc < 1:432532/38‑1 (MQ=255)
aCTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACgg > 1:962206/1‑68 (MQ=255)
aCGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTc > 1:1668917/1‑49 (MQ=255)
tGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATg < 1:2738996/68‑1 (MQ=255)
tGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATg < 1:459962/68‑1 (MQ=255)
aagaaTTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTAc < 1:2072337/69‑1 (MQ=255)
aagaaTTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTAc < 1:2164312/69‑1 (MQ=255)
aagaaTTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTAc < 1:428721/69‑1 (MQ=255)
gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACaa < 1:2218345/69‑1 (MQ=255)
gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACaa < 1:2057461/69‑1 (MQ=255)
gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACa < 1:2173590/68‑1 (MQ=255)
gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACa < 1:1646228/68‑1 (MQ=255)
aTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACg < 1:781490/69‑1 (MQ=255)
tttGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACgt < 1:2461400/69‑1 (MQ=255)
tttGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACgt < 1:2526739/69‑1 (MQ=255)
tttGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACgt < 1:963220/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACgt < 1:3484014/68‑1 (MQ=255)
ttgtgtCTGTCTCATCGCCAGCTGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATa < 1:2896061/48‑1 (MQ=38)
tGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATa < 1:3402441/50‑1 (MQ=255)
tGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATa < 1:2447425/50‑1 (MQ=255)
tGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATa < 1:3379644/50‑1 (MQ=255)
tGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATa < 1:2023501/50‑1 (MQ=255)
|
TTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGT > W3110S.gb/4271750‑4271869
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
