Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R2 68 0.0 1607493 93.4% 1501398 66.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,301,561 G→A D429D (GAC→GAT)  fdhF ← formate dehydrogenase‑H, selenopolypeptide subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,301,5610GA100.0% 363.7 / NA 99D429D (GAC→GAT) fdhFformate dehydrogenase‑H, selenopolypeptide subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (99/0);  total (99/0)

TGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATGTCC  >  W3110S.gb/4301496‑4301564
                                                                 |   
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGCCGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:365581/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCTGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1599556/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:444093/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:617486/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:60001/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:58777/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:585273/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:568489/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:537114/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:507348/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:500399/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:461972/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:458067/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:450195/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:448005/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:637915/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:423720/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:415805/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:398490/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:392077/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:357241/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:357205/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:351891/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:34787/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:330109/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:804687/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:999485/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:963088/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:939831/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:928603/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:927836/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:908552/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:90354/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:859224/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:851851/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:83889/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:838595/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:321970/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:800184/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:772016/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:73585/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:733902/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:730043/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:728364/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:724720/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:716153/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:685231/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:678447/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:658685/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1129411/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1008732/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1366384/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1355719/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1335114/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1314645/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1293698/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1285462/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1268615/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1239532/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1221381/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1169644/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1151288/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1378980/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1116244/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1104908/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1104216/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1080834/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1061788/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1058786/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1051123/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1045262/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1042373/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1025598/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1010095/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1573798/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:312955/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:296480/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:269705/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:26129/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:244737/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:220340/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:219175/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:217873/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:171119/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1592831/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1379395/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1498660/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1487180/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:148588/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1456636/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1447116/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1435920/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1427026/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1388341/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1383765/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1381235/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGCTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:331809/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGG‑TTTGGTCATAAAGATATcc  >  1:97642/1‑68 (MQ=255)
tGCTCGCCCCACGACGTCGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATATc   >  1:1395974/1‑68 (MQ=255)
                                                                 |   
TGCTCGCCCCACGACGTTGACGGTAAAATAACATCCGCCGCCGACGCGGTTTTGGTCATAAAGATGTCC  >  W3110S.gb/4301496‑4301564

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A