Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R1
|
14 |
46.8 |
1456587 |
99.0% |
1442021 |
150.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,794,550 |
T→G |
W100G (TGG→GGG) |
gabP → |
gamma‑aminobutyrate transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,794,550 | 0 | T | G | 100.0%
| 181.6
/ NA
| 48 | W100G (TGG→GGG) | gabP | gamma‑aminobutyrate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (28/20); total (28/20) |
TATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCC‑GATACCGGTTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGTGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACG > NC_000913/2794403‑2794697
|
tATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCCCGCCC‑GATACCGGGTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGGTGTACtggggg > 1:453182/1‑150 (MQ=255)
cTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTTCCACGCCC‑GCTACCGGGTCGGTTTTCCCCTATGCCGATAAAGCCATTTGGCGCTGGGGGGGGTATACCCTCCGCCGGGTGGACTGGGGGgttt > 2:462337/1‑151 (MQ=255)
tGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCCCGCCC‑GAAACCGGTTCGTTTTTCCCCTATGCCGATAAAGCCCTTTGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGgttt > 1:709984/1‑150 (MQ=255)
gTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCC‑GATACCGGTTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGttt < 2:517794/148‑1 (MQ=255)
tCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCC‑GATACCGGTTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTggg < 2:548507/150‑1 (MQ=255)
cGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCC‑GGTACCGGGTTGGTTTTCACCTATGCCGGTAAAGCCATTGGGCGCTGGGCGGGGTATACCATCGGCTGGGTGTTCTGGGGGGTTTggg > 2:311880/1‑146 (MQ=255)
aCTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCC‑GATACCGGTTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTAt < 1:533454/150‑1 (MQ=255)
ttATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCC‑CATACCGGGTCGTTTTTCCCCTATGCCGATAAAACCATTGGGCGCTGGGCGGGGTATACCATCGGGTGGGTGGACTGGGGGGTTTGGGGACTGGtttttcccccggg > 2:617227/1‑140 (MQ=255)
aTGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCC‑GATACCGGTTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAg < 1:502391/151‑1 (MQ=255)
aTGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTTGCACGCCCGGAAACGGGTTGGTTTT‑CACCTATGCCGAGAAAGCCATTGGTCGCTGGGGGGGGGCTACCACCGGCTGGGTGTTCTGGGGGGTTTTGGGACTGGGTTTCCCCCTGGGAGc > 2:393481/1‑146 (MQ=255)
aTGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCC‑GATACCGGTTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACa < 1:18218/151‑1 (MQ=255)
tGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCCCGCCC‑GATACCGGTTTGGTTTTCGCCTATGCCGATGAAGGCATTGGGCGCTGGGGGGGGTATACCAACGGTTGGTTGTTCTGGGGGGTTTGGGTACTGGTTTTCCCGCTGGAAGcccaa > 2:674437/1‑146 (MQ=255)
cGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCC‑GATACCGGTTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAACCATTTGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTTGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCaa > 1:562344/1‑146 (MQ=255)
cGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCC‑GATACCGGGTCGTTTTTCACCTATGCCGATAAAACCATTTGGCGCTGGGCGGGCTATTCCATCGGCTGGGTGTACTGGGGGGTTTGGGGACTGGGTATTCCGCTGGGAGcccaaa > 2:591717/1‑144 (MQ=255)
aTGGCGGTTGCCACGCCC‑GATACCGGTTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGc < 2:460467/151‑1 (MQ=255)
gCGGTTGCCACGCCC‑GATACCGGTTCGTTTTCCACCTATGCGGATAAGGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCAcg < 2:319515/151‑2 (MQ=255)
tGCCACGCCC‑GATACCGGTTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATg < 1:702805/150‑1 (MQ=255)
ccACGCCC‑GATACCGGTTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGt < 1:232146/151‑1 (MQ=255)
aTACCGGTTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCAt < 1:486169/151‑1 (MQ=255)
tACCGGTTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCAtt > 2:639502/1‑151 (MQ=255)
ccGGTTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTcc > 1:565686/1‑151 (MQ=255)
gTTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCAt > 2:323659/1‑151 (MQ=255)
cGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCt < 2:438336/150‑1 (MQ=255)
cGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTg > 1:588527/1‑151 (MQ=255)
gTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTgg > 2:585341/1‑151 (MQ=255)
ttttCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGt > 1:133016/1‑151 (MQ=255)
aTGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTccc < 2:332656/150‑1 (MQ=255)
aTGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTcc < 1:683259/149‑1 (MQ=255)
ccGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGt > 2:340389/1‑151 (MQ=255)
ccGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGt > 2:389075/1‑151 (MQ=255)
cGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATTCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGCTCCAGGCATTCCCATCTGGATATTTTCCCTCGTc > 2:416321/1‑151 (MQ=255)
cGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTc < 2:669279/151‑1 (MQ=255)
aaaGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCAtt > 2:71821/1‑150 (MQ=255)
aaGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTa > 2:252231/1‑150 (MQ=255)
aGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTAcc > 2:185367/1‑151 (MQ=255)
gCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTAccc < 1:466570/151‑1 (MQ=255)
aTTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCg < 1:112383/151‑1 (MQ=255)
tGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGcc > 1:711307/1‑151 (MQ=255)
tGGGCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGcc > 2:204345/1‑151 (MQ=255)
tGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTg > 1:155064/1‑151 (MQ=255)
gggcgggcTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTgg < 1:644671/151‑1 (MQ=255)
gggcTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTCATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGt < 1:345554/151‑1 (MQ=255)
ggcTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGt > 1:726719/1‑150 (MQ=255)
ggcTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGt > 2:250507/1‑150 (MQ=255)
gcTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTa > 2:433793/1‑150 (MQ=255)
ccATCGGCTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACttatt > 1:168276/1‑151 (MQ=255)
cTGGTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAGGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGt < 2:547628/150‑1 (MQ=255)
gTTGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTaa < 2:6745/150‑1 (MQ=255)
tGTACTGGGGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTaaaa > 1:606610/1‑150 (MQ=255)
tgggggTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACg > 1:479336/1‑151 (MQ=255)
|
TATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCC‑GATACCGGTTCGTTTTCCACCTATGCCGATAAAGCCATTGGTCGCTGGGCGGGCTATACCATCGGCTGGTTGTACTGGTGGTTTTGGGTACTGGTTATCCCGCTGGAAGCCAACATCGCCGCCATGATCCTGCACTCATGGGTTCCAGGCATTCCCATCTGGTTATTTTCCCTCGTCATTACCCTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACG > NC_000913/2794403‑2794697
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
