Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F50 I2 R1
|
257 |
49.9 |
1554294 |
99.0% |
1538751 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,212,088 |
(C)8→9 |
intergenic (‑85/+615) |
iraM ← / ← ycgX |
RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 90.2%
| 163.9
/ 11.0
| 51 | intergenic (‑77/+623) | iraM/ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/5); new base C (26/20); total (26/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
ATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTA‑‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAA > NC_000913/1211932‑1212226
|
atTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGTTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTA‑‑c < 1:501766/150‑1 (MQ=255)
atTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTA‑‑c < 2:532246/150‑1 (MQ=255)
cccATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTA‑‑c‑ccc‑c‑cc > 1:432857/1‑151 (MQ=255)
ccATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTA‑‑c‑ccc‑c‑ccc < 1:161690/151‑1 (MQ=255)
cATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCGACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTA‑‑c‑ccc‑c‑cccc > 2:291276/1‑150 (MQ=255)
gCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCaaa > 1:173567/1‑150 (MQ=255)
gAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCaaaaaaa < 1:205620/151‑1 (MQ=255)
gAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCaaaaaa > 1:42404/1‑150 (MQ=255)
aaaaaGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAaaat > 1:118919/1‑151 (MQ=255)
aaaGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAaaataa < 2:173600/151‑1 (MQ=255)
aaaGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAaaata > 2:6591/1‑150 (MQ=255)
aCCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAaattaatt > 1:533352/1‑150 (MQ=255)
aCCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGGTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAaattaatt > 2:33348/1‑150 (MQ=255)
gTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatga < 2:519271/150‑1 (MQ=255)
aGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATgg < 1:98239/151‑1 (MQ=255)
gTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCt > 2:529633/1‑151 (MQ=255)
gAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTta < 2:548373/150‑1 (MQ=255)
aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTtatat < 2:82102/151‑1 (MQ=255)
aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTtatat < 1:300061/151‑1 (MQ=255)
aCCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataa > 2:418808/1‑150 (MQ=255)
ccGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataaa > 2:14557/1‑150 (MQ=255)
gtCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTA‑‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataaaataaa < 2:52988/150‑1 (MQ=255)
aaTTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAAtt > 2:592034/1‑151 (MQ=255)
aCTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTaaa < 2:210122/151‑1 (MQ=255)
aCTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTaa > 1:259093/1‑150 (MQ=255)
aCTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTaa < 2:440161/150‑1 (MQ=255)
aCTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTaa > 1:36916/1‑150 (MQ=255)
ccACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCa > 2:719720/1‑149 (MQ=255)
tCATTTTTTTTTTTTTTTCCCTAGGTATTTAATATTGTTCCTTAAGATGTATAATTCTTTATTTTGAAAAATGA‑TATATTA‑‑C‑CCC‑CACCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGa < 1:478786/148‑1 (MQ=255)
aTTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAAtctc < 2:367212/151‑1 (MQ=255)
aTGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGAt > 1:296661/1‑151 (MQ=255)
aTCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTaaa < 1:697069/150‑1 (MQ=255)
ccACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACaa > 2:369869/1‑150 (MQ=255)
cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATg > 2:113621/1‑151 (MQ=255)
tAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAtttt > 1:492268/1‑151 (MQ=255)
atatGGTTCATTAAGATTTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAtttt < 1:775074/149‑1 (MQ=255)
tatGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTtgtg > 2:336237/1‑151 (MQ=255)
atGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTA‑‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGaa < 2:35183/151‑1 (MQ=255)
ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGc > 1:486998/1‑151 (MQ=255)
tCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGc < 2:408083/150‑1 (MQ=255)
tAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATa < 2:265681/150‑1 (MQ=255)
aGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATaa > 1:630779/1‑150 (MQ=255)
aGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATaa < 2:16949/150‑1 (MQ=255)
tGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAattat > 2:565805/1‑151 (MQ=255)
ttATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTg < 1:734182/150‑1 (MQ=255)
ttATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTg > 1:717713/1‑150 (MQ=255)
ttCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTc > 2:42787/1‑151 (MQ=255)
tGATTTTG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCg < 2:115175/148‑1 (MQ=255)
aTTTTG‑CATATGAGTATATTA‑‑CTCCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAACAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTa < 1:480151/151‑1 (MQ=255)
tG‑CATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGAtt > 2:257991/1‑151 (MQ=255)
cATATGAGTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTg < 1:719646/151‑1 (MQ=255)
gTATATTACCC‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAg < 1:672425/150‑1 (MQ=255)
gTATATTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCt > 2:234192/1‑151 (MQ=255)
atatTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCtat < 1:194335/151‑1 (MQ=255)
tatTAC‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAACAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCtat > 1:461614/1‑150 (MQ=255)
atTA‑‑C‑CCCAC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATATCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATaa < 1:572824/151‑1 (MQ=255)
|
ATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTG‑CATATGAGTATATTA‑‑C‑CCC‑C‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAA > NC_000913/1211932‑1212226
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
