Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,517,339 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,517,339 | 0 | A | T | 100.0%
| 653.4
/ NA
| 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (143/129); total (143/129) |
| * | CP042583 | 1,517,340 | 0 | G | C | 99.3%
| 643.3
/ NA
| 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (141/128); minor base T (1/1); total (143/129) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,517,341 | 0 | T | A | 98.9%
| 635.9
/ NA
| 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); major base A (140/126); minor base C (2/1); total (143/129) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
CACCGCTACCTGCGTTTTTGATCACCTTTGCCAATGCGAGCCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGAGCTGGACCAGTAGCATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTAGTATACGTTTTCGCAGCTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCT > CP042583/1517061‑1517618
|||
cACCGCTACCTGCGTTTTTGATCACCTTTGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTTCCTTTTT‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTTCCGGTTTGATTTCAATACGttt > 1:1842396/1‑289 (MQ=255)
cTACCTGCGTTTTTGATCACCTTTGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGc > 1:448273/1‑288 (MQ=255)
ttttGATCACCTTTGCCCATGGTGCCCGGTTTGGCGGGTTCGGGGTGGGCTGTCTGTCGTGGCCCTGTTAGATGGCCGGCGCGGCGCTTTGCTTTTTTATCGCCAGTGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGACAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTAt < 2:439328/289‑1 (MQ=255)
ttttGATCACCTTTGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGCCTTCAATACGTTTTCgtccgtttttta > 2:1569601/1‑277 (MQ=255)
tcgccTTTGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCa < 1:2037830/285‑1 (MQ=255)
tttGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGc < 1:1252617/289‑1 (MQ=255)
ttGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCt > 1:633000/1‑289 (MQ=255)
ttGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCGGTCGGTTATTTCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCACCTATGCTGCCGGGTTTACTTCAATCCGTTTTTGCTCGTTTTTTATCGCCCCCGTGCt > 2:1436282/1‑289 (MQ=255)
cAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGt < 2:1122238/289‑1 (MQ=255)
cAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGt < 1:1569601/289‑1 (MQ=255)
cAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGt < 2:1293791/289‑1 (MQ=255)
gcgtcgcTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGt > 1:1355712/7‑289 (MQ=255)
gcgtcgcTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGt > 1:1992217/7‑289 (MQ=255)
gcTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCg > 2:808839/2‑289 (MQ=255)
tGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGc < 1:1523918/289‑1 (MQ=255)
ggggcggtatGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTa < 2:1787397/280‑1 (MQ=255)
ggCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCTGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGGGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTa < 1:53362/289‑1 (MQ=255)
gcgcGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTa < 2:789740/288‑1 (MQ=255)
ttCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGc > 1:283463/1‑240 (MQ=255)
tCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTa > 2:832184/1‑289 (MQ=255)
gcTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTgggc > 2:201733/1‑289 (MQ=255)
tcgtGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGgcagc < 1:1990265/285‑1 (MQ=255)
gACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTa > 1:1141290/1‑289 (MQ=255)
ccagtttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTTTCGGCAGGGGAATTGGACGCGAAGTGGTGGAAAAATTACCCGGCAACACCGTGCTTGACAGTATGAACGGTTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTa < 2:1038067/279‑1 (MQ=255)
accagttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTa < 1:1742219/279‑1 (MQ=255)
gttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCCACTCTTGTTTATTCCTGGGCGGGGCGCATGTTAACAgg > 2:1543367/6‑289 (MQ=255)
gttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGgcagc < 1:102927/273‑1 (MQ=255)
gttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAg > 2:386293/6‑288 (MQ=255)
ttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAgg < 1:1074719/284‑1 (MQ=255)
aTGGCCGGGGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGt < 1:750873/288‑1 (MQ=255)
tGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGt > 2:2237272/1‑287 (MQ=255)
cggcgcggcgCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTc < 2:155434/289‑1 (MQ=255)
ggcgcggcgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCGGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACGCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGGCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCATCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTAAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCGGGGCGGGCAGGATGTTAACAGGTGGTACtg > 2:756459/1‑285 (MQ=255)
cgcggcgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGct < 1:1603668/200‑2 (MQ=255)
cgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGt > 1:570394/1‑289 (MQ=255)
tgtgCTTTTTTATCGCCAGGGTGAGTGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTACCCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCa < 2:1461639/288‑1 (MQ=255)
tgCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTgggcgggc < 2:2189270/252‑1 (MQ=255)
gCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCgg < 1:908193/289‑1 (MQ=255)
ttttATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTAACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTTTTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTTACAGGCGGTACGTTCTGGTTTGTTCCCgg > 2:470075/1‑285 (MQ=255)
ttATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGtt > 2:2060031/1‑289 (MQ=255)
tccccAGAGCGATGGGCCGCGAAGTGGTGGCAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGCCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTGTCGCTCCACTCCGCTATGCTTCCGGTTTGCCTTTCATACTTTTTCGCTCGTTTTTTATCTCCCCCGGGCTTTGTCCGTTTCCGTCCACTTTCGTCTATTTCTGTGCGGGCAGCATCTTCATCGGCTGTCCCTACCGGCTTGGCACCTGACTGtttct > 2:1349017/4‑287 (MQ=255)
tCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGGACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTaa > 1:1864828/1‑288 (MQ=255)
tCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTCTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTAt > 1:1901917/1‑289 (MQ=255)
tCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGC‑TTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTAtt > 1:1438535/1‑289 (MQ=255)
ccAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCTCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTTTTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCt > 1:1649438/1‑289 (MQ=255)
cAGAGTGATGGGCCGCAAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCt < 2:150603/288‑1 (MQ=255)
gggTGATGGTCGGGGAAGTGGTGCAAAAATTAACCGACAAACCCGTGCTGGCCGGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTCTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGt < 2:1901917/286‑1 (MQ=255)
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ggTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCt > 1:230682/1‑289 (MQ=255)
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CACCGCTACCTGCGTTTTTGATCACCTTTGCCAATGCGAGCCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGAGCTGGACCAGTAGCATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTG‑TCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTAGTATACGTTTTCGCAGCTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCT > CP042583/1517061‑1517618
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A