Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,637,687 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,637,687 | 0 | G | C | 99.0%
| 665.5
/ NA
| 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (130/154); total (132/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,637,688 | 0 | C | G | 99.3%
| 664.8
/ NA
| 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (130/154); total (132/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
| * | CP042583 | 1,637,689 | 0 | T | A | 99.3%
| 660.4
/ NA
| 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (128/153); total (132/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
TGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTACTAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCGCTTGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGCGTTAAAATGTCCAGTTCGTTTTCGCTCATGCTGGTTCGTGCCCCCATTCCTTTGGCAATGGACGGCCACGCATTGACGGTGTAATGGTCGGCGGCAATAGGGGCATGACAACCAGCGCAATAGGTATCGTCAAGTTTTTCAGC > CP042583/1637406‑1637968
|||
gtagtagtgtctcgtCGCCGCGACCTGTCGCGGGTGGCGGTGGATTATGCAGTTAGCTTTTTCTCACCTTTGGATGCTCAATCCGCGCCGTAGTGTGTACCGGATCCGACGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCATCGCGCCTGTTGAAGACACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCAGGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGc < 2:948624/275‑1 (MQ=255)
tACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCTTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCCGGGAGGATGTTACCGCCCTTCTCTTTCTCCCATCCGGGGACGGGTG‑CGTCCGATTG‑CCCCACCAGCGCCCCcgcg > 2:1270624/1‑289 (MQ=255)
ttAGGTATCTTCGCCACGACCTGTCGCCGGTTGCTGTGGATTATCGTGTTAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCa < 2:661037/288‑1 (MQ=255)
aGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAAt > 2:1743348/1‑289 (MQ=255)
gTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATa > 1:298133/1‑288 (MQ=255)
gTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATa > 1:1989814/1‑288 (MQ=255)
tCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCTGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCg > 2:287064/1‑288 (MQ=255)
cTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCt < 2:159590/289‑1 (MQ=255)
cTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCt < 1:1823038/289‑1 (MQ=255)
gCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTgtgt > 1:1214448/1‑289 (MQ=255)
ggccTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGTTGGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTtaat < 2:1407803/287‑1 (MQ=255)
gACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCt > 1:813484/1‑280 (MQ=255)
gACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCt < 2:813484/280‑1 (MQ=255)
ttCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAAt > 1:2230504/1‑288 (MQ=255)
gTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGCCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCt > 1:1964017/1‑289 (MQ=255)
gCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGt > 1:1728701/1‑289 (MQ=255)
tCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCACTACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATaa > 1:1067806/1‑289 (MQ=255)
gaTAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACtt < 2:162896/288‑1 (MQ=255)
aTAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACtt > 1:582318/1‑287 (MQ=255)
cTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTtcctcc < 1:2146087/288‑1 (MQ=255)
cTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTtcctc > 2:100082/1‑287 (MQ=255)
tttttCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACGATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTtcctcc < 1:1895113/287‑1 (MQ=255)
tttttCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTtcctcc < 1:1558913/287‑1 (MQ=255)
ttttCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTg < 2:2110570/289‑1 (MQ=255)
ttCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCg > 1:95257/1‑239 (MQ=255)
ccATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGa > 2:1350724/1‑289 (MQ=255)
tCGGATGCTGAATAAGTGCCGTAGTGTGAACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCAGGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGa < 2:104274/289‑1 (MQ=255)
cGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCCGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACTTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGa > 2:1393918/1‑288 (MQ=255)
atgatgAATACGCGCCGTGGTGTGTGACTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTTAAGAAACAATCTTGCCGCCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCAc < 2:1964017/289‑1 (MQ=255)
gCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATc > 1:696837/1‑285 (MQ=255)
aaTACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGtt > 2:209687/1‑287 (MQ=255)
aTACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTtct < 2:696837/289‑1 (MQ=255)
gcCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTaa > 2:1016680/1‑289 (MQ=255)
gcCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTaa > 1:538557/1‑289 (MQ=255)
gtggtgTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAata > 2:579984/1‑288 (MQ=255)
aCCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCg < 1:2057043/288‑1 (MQ=255)
aCCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCg < 1:1350724/288‑1 (MQ=255)
aCCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGt > 1:175443/1‑289 (MQ=255)
ccTGTTCCGTCGCCGTAGGCTGTAAGGCATTCTGTATTGTTTTCACCAGCGCGCTCGTTGCAGAAACAACCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGGCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATGAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGtt < 2:673511/289‑1 (MQ=255)
tGAACCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGt < 1:2088142/289‑1 (MQ=255)
gATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTa < 2:409899/289‑1 (MQ=255)
aTCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCt > 2:144254/1‑198 (MQ=255)
aTCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCt < 1:144254/198‑1 (MQ=255)
aTCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAg < 1:1394189/253‑1 (MQ=255)
aTCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTgg < 2:966500/281‑1 (MQ=255)
aTCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTgg > 1:966500/1‑281 (MQ=255)
aTCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCg > 1:364644/1‑283 (MQ=255)
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gTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGCGTTAAAATGTCCAGTTCGTTTTCGCTCATGCTGGTTCGTGCCCCCATTCCTTTGGCAATGGACGGCCACGCATTGACGGTGTAATGGTCGGCGGCAATAGGGGCATGACAACCAGCGCAATAGGTATCGTCAAGTTTTTCAGc > 1:1196819/1‑289 (MQ=255)
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TGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTACTAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCGCTTGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGCGTTAAAATGTCCAGTTCGTTTTCGCTCATGCTGGTTCGTGCCCCCATTCCTTTGGCAATGGACGGCCACGCATTGACGGTGTAATGGTCGGCGGCAATAGGGGCATGACAACCAGCGCAATAGGTATCGTCAAGTTTTTCAGC > CP042583/1637406‑1637968
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A