Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F210 I1 R1
|
4928 |
385.2 |
6658600 |
97.5% |
6492135 |
231.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,598,046 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,598,046 | 0 | A | T | 99.7%
| 932.4
/ NA
| 388 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (203/184); minor base G (0/1); total (203/185) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,598,047 | 0 | G | C | 99.7%
| 926.2
/ NA
| 388 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (203/184); minor base A (0/1); total (203/185) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,598,048 | 0 | C | G | 100.0%
| 931.7
/ NA
| 388 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (203/185); total (203/185) |
Only 100 of 388 total aligned reads displayed.
TTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGAGCCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGAGCATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGAGCCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGAGTGGAAACGCCCGCTTCGACGACTGAATAACCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGTCAGGAAACGCCCGCTAGCACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCAGTCCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGC > CP042583/1597767‑1598319
|||
tttCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGa > 2:1140509/1‑289 (MQ=255)
tCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCata > 2:2844087/1‑286 (MQ=255)
ctttgttttaaaCGGAGGAAGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTTTGTCGCTTGCAAGTAGCAACATTTCGTTTGCATGTATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCTTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGTTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATc < 2:2798623/279‑1 (MQ=255)
tttATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCt < 1:1140509/289‑1 (MQ=255)
aTCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCTATCAGATCCTc > 2:2483730/1‑287 (MQ=255)
tGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATTGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCttt < 2:22808/289‑1 (MQ=255)
tGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCTCTGGTAGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCttt < 1:2875683/289‑1 (MQ=255)
tGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCttt < 1:2568212/289‑1 (MQ=255)
aCGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATc < 1:716806/278‑1 (MQ=255)
aggaCGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTACAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGCTTAATCGTGATCAGCTCTCTGCTTTTACTATg > 2:2753451/1‑289 (MQ=255)
aggaCGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATg > 1:2443029/1‑289 (MQ=255)
ggCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGAcc > 2:2700874/1‑289 (MQ=255)
aGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTACGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTAGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTCTACTATGGGACCGGCTGCg > 1:2543436/1‑289 (MQ=255)
tACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGttt > 1:1309684/1‑289 (MQ=255)
tCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGgc > 2:1596896/1‑288 (MQ=255)
cTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTg < 1:2321972/288‑1 (MQ=255)
tGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGAc < 1:1950495/289‑1 (MQ=255)
tGGAAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCAGTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACGCGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCGTGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTGTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGAc < 1:2003690/289‑1 (MQ=255)
aTTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTgg < 1:3309313/289‑1 (MQ=255)
cGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCttt < 1:2724434/223‑1 (MQ=255)
gTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATg > 2:3187448/1‑287 (MQ=255)
gCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTgg > 2:2421077/1‑289 (MQ=255)
aaTCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACa < 1:475190/287‑1 (MQ=255)
tgtTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTTTTCTTCGTGTGTAATGGTTGGAAAGCCgtt > 2:1340565/1‑286 (MQ=255)
tCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGc > 2:329723/1‑281 (MQ=255)
cAGTATTCTGGTGCCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGAt < 1:1034732/289‑1 (MQ=255)
gTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGc > 1:2763970/1‑289 (MQ=255)
ttCTGGTACCCGTTACGAAAGTGCTCTTCATGTTCACTTCACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACTCGCATTCTGTTACGGCGGATTGTGACATAGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCCATCAGATCCTCGCTTTTACCATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTTCTTTGGGATGcaaa < 2:2112276/289‑3 (MQ=255)
ccGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCttt > 2:1475048/1‑185 (MQ=255)
ccGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCttt < 1:1475048/185‑1 (MQ=255)
ccGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAAt > 1:1461215/1‑227 (MQ=255)
ccGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcag > 2:879713‑M1/1‑285 (MQ=255)
gTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcagga > 1:121781‑M1/1‑283 (MQ=255)
tttACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCACGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGAAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaa > 1:2358932‑M1/1‑282 (MQ=255)
tttACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGGTCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGcaca > 1:2697977/1‑278 (MQ=255)
tttACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTg > 1:1777796/1‑228 (MQ=255)
tACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGa > 2:265188/1‑243 (MQ=255)
gTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGAt > 2:3087234/1‑264 (MQ=255)
aTCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgcccgcttc > 1:2405631‑M1/1‑270 (MQ=255)
gTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCtt < 1:1918216/248‑1 (MQ=255)
aCTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTCTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTCACTTTGGGATGCACATGAGgcaggaaacgcccgcttcgacgactgaagcgcagag > 2:1924597‑M1/1‑253 (MQ=255)
ttGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGAc < 2:1375885/197‑1 (MQ=255)
aGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAAt > 2:1890357/1‑126 (MQ=255)
cattcattTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGa > 1:638709/1‑216 (MQ=255)
cattcattTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGa < 2:638709/216‑1 (MQ=255)
cattcattTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgcccgcttcgacgactgaagcgcagattaaaaataa > 1:1515216‑M1/1‑244 (MQ=255)
ttcattTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgcccgcttcgacgactgaagcgcagattaaaaataaac > 1:2112887‑M1/1‑242 (MQ=255)
attTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCt < 2:1823227/197‑1 (MQ=255)
attTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgcccgcttcgacgactgaagcgcagattaaaaataaacgcc > 2:294734‑M1/1‑239 (MQ=255)
tttAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgcccgcttcgacgcctaaagcgcagattaaaaataaacgcggt > 2:262018‑M1/1‑237 (MQ=255)
ccAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGc < 1:1892804/208‑1 (MQ=255)
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|||
TTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGAGCCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGAGCATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGAGCCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGAGTGGAAACGCCCGCTTCGACGACTGAATAACCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGTCAGGAAACGCCCGCTAGCACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCAGTCCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGC > CP042583/1597767‑1598319
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
