Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,598,046 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,598,046 | 0 | A | T | 99.7%
| 673.4
/ NA
| 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (162/122); minor base C (1/0); total (164/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,598,047 | 0 | G | C | 99.7%
| 667.3
/ NA
| 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (163/122); minor base A (1/0); total (164/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,598,048 | 0 | C | G | 99.0%
| 657.4
/ NA
| 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (160/122); total (164/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
TTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGAGCCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGAGCATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGAGCCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGAGTGGAAACGCCCGCTTCGACGACTGAATAACCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGTCAGGAAACGCCCGCTAGCACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCAGTCCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATG > CP042583/1597767‑1598324
|||
tttCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGa > 1:1101608/1‑289 (MQ=255)
tCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATc < 1:1476174/289‑1 (MQ=255)
tCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGa > 1:1772946/1‑288 (MQ=255)
tCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGACAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTGTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTAATGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATCTCTCTAACCATTTCGCTGATTAATCGCTATCAGa > 2:1168721/1‑288 (MQ=255)
cATTTATCTGAACGTAGAAGGGACGGAAGTTTCAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTTCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATc < 2:572641/289‑1 (MQ=255)
cATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATc < 1:927875/289‑1 (MQ=255)
cATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATc < 2:433902/289‑1 (MQ=255)
cATTTATCTGAACGCAGGACGGCAGGAAGATACCATTCTTTCCGGAATTATGTCTCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCAGTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATc < 1:1192075/289‑1 (MQ=255)
tttacttacaCGTAGGACTACATGAAGATCCAATTCTTTCCGTAATTATGGAGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCTTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCt < 2:204131/280‑1 (MQ=255)
tttATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCt < 1:1029875/289‑1 (MQ=255)
tttATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCt < 1:884314/289‑1 (MQ=255)
ttATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTAGCTGATTAATCGCGATCAGACCCt > 2:662819/1‑288 (MQ=255)
tCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCt < 2:1869608/289‑1 (MQ=255)
gAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGCTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGTCCTGTTTGTCATCTCTTTAACCATGTCCCTTCTTAATCGCGATCAGATCCTCGCCTCTTCTATGGGACCGGCTg > 2:232623/1‑289 (MQ=255)
cTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCg > 2:1727967/1‑289 (MQ=255)
tCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGAGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTGTACGCACACGCATTCTGTTATTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGAGGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTACCAATGTCGCTGATTAATCGCGCTCCTATCCTCGCTTTAACTATGGGACCGGCTGTGGTGTATTTCGgc > 2:734102/1‑288 (MQ=255)
tgtcgcTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAAt < 1:274917/284‑1 (MQ=255)
aGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTc < 2:193741/289‑1 (MQ=255)
gCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAAt > 1:982980/1‑289 (MQ=255)
gCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAAt > 1:24205/1‑289 (MQ=255)
cGGTTGCAGGAATCGTGTTGATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATg > 1:161996/1‑289 (MQ=255)
tttATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCtt > 2:1118288/1‑287 (MQ=255)
aTCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACTATGTCGCTGATTAATCGCTATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATCCTTGCTGTGGATTGGCTGTACAGCCGCTTACttg > 2:1706135/1‑288 (MQ=255)
ttCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGcaca < 1:1404003/289‑1 (MQ=255)
gTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGcaca > 1:1643837/1‑284 (MQ=255)
gTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGcaca < 2:1643837/284‑1 (MQ=255)
ccGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcag > 1:498308‑M1/1‑285 (MQ=255)
gTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCGTACTTTGGGATGCAACTGCGtcagga > 2:93260‑M1/1‑283 (MQ=255)
tttCCTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGTTCCTCGCTTTTACTATGGGAACGGCTGCGTTTTCTTTCGGCGCCGCGGTAATTTTTACTATTGTTGCTTGGGAATTGCTGGACGGCCCCTTACTTTTGTATGTCCATgtgctaggaa > 2:1267362/1‑280 (MQ=255)
tttACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCttt > 1:847560/1‑182 (MQ=255)
tttACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACAt < 2:296229/279‑1 (MQ=255)
tttACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaa > 2:1368808‑M1/1‑282 (MQ=255)
tttACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaa > 2:349328‑M1/1‑282 (MQ=255)
tttACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaa > 2:1181627‑M1/1‑282 (MQ=255)
tttACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCAAATTAGtcaggaa > 1:359699‑M1/1‑282 (MQ=255)
tACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaac > 1:1261483‑M1/1‑280 (MQ=255)
aaGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgccc > 2:968639‑M1/1‑275 (MQ=255)
aGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgccc > 1:772227‑M1/1‑274 (MQ=255)
tGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgcccgct > 2:86035‑M1/1‑272 (MQ=255)
tGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgcccgct > 1:523869‑M1/1‑272 (MQ=255)
aTCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGCTCCGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGCTTTCTTTCGGCGCATCGGTAATTTTGACTATTCCTGCTGTGGAATTGCTCGCCAGCCGCTTACTTTGGGACTCACCTGAGtcaggaaacgctcgcttc > 2:1548219‑M1/1‑270 (MQ=255)
aTCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgcccgcttcg > 2:562066‑M1/1‑270 (MQ=255)
cGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgcccgcttcgac < 1:59200‑M1/289‑22 (MQ=255)
cGTCATGTGCACTTTACTGTGGAGCATTCCTTTTAAGTGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTGAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgcccgcttcgac < 2:581093‑M1/289‑22 (MQ=255)
cATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgcccgcttcgacga < 1:1906158‑M1/288‑24 (MQ=255)
aCTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgcccgcttcgacgactgaagcg < 1:1946947‑M1/289‑32 (MQ=255)
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tttAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgcccgcttcgacgactgaagcgcagattaaaaataaacgccgtatctcacctttctggctgctgccgttcatcgcgctaatgattgccagttggctgatttgggacagttatcaggaccggggtaataccgtcaccat < 2:395611‑M1/289‑148 (MQ=255)
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TTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGAGCCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGAGCATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGAGCCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGAGTGGAAACGCCCGCTTCGACGACTGAATAACCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGTCAGGAAACGCCCGCTAGCACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCAGTCCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATG > CP042583/1597767‑1598324
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
