Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,598,046 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,598,046 | 0 | A | T | 99.6%
| 600.2
/ NA
| 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (136/119); minor base G (0/1); total (136/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,598,047 | 0 | G | C | 99.6%
| 593.6
/ NA
| 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (136/119); total (136/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,598,048 | 0 | C | G | 100.0%
| 602.6
/ NA
| 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (136/120); total (136/120) |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
CTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGAGCCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGAGCATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGAGCCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGAGTGGAAACGCCCGCTTCGACGACTGAATAACCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGTCAGGAAACGCCCGCTAGCACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCAGTCCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGAT > CP042583/1597771‑1598326
|||
aTCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCa > 2:1415770/1‑287 (MQ=255)
tCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATc < 1:1650290/279‑1 (MQ=255)
tCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATc > 2:1650290/1‑279 (MQ=255)
tttATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCt < 1:459252/289‑1 (MQ=255)
tCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATc < 1:1854066/283‑1 (MQ=255)
tCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATc > 2:1854066/1‑283 (MQ=255)
aCGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTACGGAATTATGTGTCTGGCAAGTAGCTACATTGCGGGTGCAGGAATCTTATTTATCGACAGTATCGATGTACCGTTTGCTAAAGTGATCGAAATATTCAATTTACTGTGTAGCATATATTTTAAATGCCAGCAAGATTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGGCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACTATGTCGCTGATTAATCCGAATCAGactgtaccttatc > 2:1168813/1‑276 (MQ=255)
cGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACt > 2:783682/1‑289 (MQ=255)
aggaCGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTAt < 1:835958/288‑1 (MQ=255)
aggaCGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATg > 1:1475766/1‑289 (MQ=255)
aggaCGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATg > 2:1018199/1‑289 (MQ=255)
ggCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTTCTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCt > 2:1979820/1‑271 (MQ=255)
ggCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCAGGTCGCTGATTAATCGCTATCAGATCCTCGCTTTTACTATGCGAcc > 2:381684/1‑289 (MQ=255)
aGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATTTCGCTGATTAATCCCGATCCGATCCTCGCTTTTACTATTGGCTCGGCTGCg > 2:1694718/1‑289 (MQ=255)
tACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGAAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCgc < 2:1829961/287‑2 (MQ=255)
tCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGgc > 1:1862024/1‑288 (MQ=255)
tcGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGgcgc < 2:556027/288‑1 (MQ=255)
tgtcgcTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGgcgc > 2:1041689/6‑280 (MQ=255)
tgtcgcTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGgcgc < 1:1041689/275‑1 (MQ=255)
cTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGGTGGTGACCTGGATGGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCTGCGCAGCGGTAATTTTGa > 2:1778546/1‑289 (MQ=255)
aaGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTAt < 1:170581/288‑1 (MQ=255)
aaGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTAt < 1:1204037/288‑1 (MQ=255)
aGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTc < 2:1211913/289‑1 (MQ=255)
aGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCt < 2:1134605/231‑1 (MQ=255)
aatGCGGTTGTAGGAATGCTGTTTCTCGCCAGTATGCTGGTACCGTTTAGTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCAGTTTAAATGCAAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTGCTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTGGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTGCTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTgg < 2:1992007/287‑1 (MQ=255)
tGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGt > 2:1229807/1‑264 (MQ=255)
tGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGaa > 2:1925507/1‑289 (MQ=255)
gTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGGGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATg > 1:769985/1‑287 (MQ=255)
aaTCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACa < 1:358360/287‑1 (MQ=255)
aTCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTgg > 2:1789914/1‑274 (MQ=255)
cGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGGCAGCCGc < 2:15946/289‑1 (MQ=255)
cGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGc < 2:563273/289‑1 (MQ=255)
cAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGAt > 2:474951/1‑289 (MQ=255)
aTTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGcac < 1:1680230/289‑1 (MQ=255)
aTTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCAGTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGcac < 1:445282/289‑1 (MQ=255)
ttCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACTCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGcaca < 1:375962/289‑1 (MQ=255)
ttCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGcaca < 1:1132874/289‑1 (MQ=255)
gTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATgag > 1:336794/1‑288 (MQ=255)
ccGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGc > 1:397511/1‑264 (MQ=255)
ccGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGc > 1:12797/1‑264 (MQ=255)
ccGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACAt < 2:1531557/282‑1 (MQ=255)
tttACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGc < 2:35917/261‑1 (MQ=255)
tttACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGAt > 1:1241754/1‑273 (MQ=255)
tttACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaa > 1:1786490‑M1/1‑282 (MQ=255)
tttACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaa > 2:41756‑M1/1‑282 (MQ=255)
aaaGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgccc < 2:1386297‑M1/289‑14 (MQ=255)
tGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcaggaaacgcccgct > 2:261835‑M1/1‑272 (MQ=255)
aTCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGAc < 1:299474/218‑1 (MQ=255)
aTCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGAc > 2:299474/1‑218 (MQ=255)
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|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
