Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,494,181 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,494,181 | 0 | A | T | 99.2%
| 601.0
/ NA
| 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (127/126); minor base G (1/1); total (128/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,494,182 | 0 | G | C | 99.6%
| 605.4
/ NA
| 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (127/127); minor base A (1/0); total (128/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,494,183 | 0 | C | G | 99.6%
| 600.5
/ ‑4.6
| 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (127/127); minor base A (1/0); total (128/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
ATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCAGCATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGTATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGTTCCATCGCGGCGATGCATACACTCTCATATTTAAACAGATCGTCAGCGAAAAAAATGTCCAACTTATCAATACATTCCTGGCTCAAACTATGTGCCTGTAGGCTGAAGCTTAAAACCTCATACCCGAG > CP042583/1493905‑1494462
|||
gttGGGCAGAACGTGTGGGCGGTTTTGTGGCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGGGCCTACGGTTGGCATTACCCCGCTGGACCGGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTg < 2:1091413/288‑1 (MQ=255)
aTTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTg < 1:33280/289‑1 (MQ=255)
ggTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCCACATGGGCCGTACGGCGTTAACCGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGc > 1:496284/1‑288 (MQ=255)
taggaccGGTTGCGCGGGTTTGTATCCGGCAATGCGGGCGGTGAGGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCGGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACCGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCAc < 2:1460775/282‑1 (MQ=255)
aaCGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTg > 1:352031/1‑288 (MQ=255)
aCGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGAc < 1:752505/289‑1 (MQ=255)
aCGGCTGCGCCGGTTGGTAGCCGGCAATGGTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGTTGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGAc < 2:425573/289‑1 (MQ=255)
cTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGAccag > 1:1638257/1‑288 (MQ=255)
ttgggaTCCGGAAATGCTGGCGGTGAGGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGCCGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCt < 2:1621594/283‑1 (MQ=255)
tATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGc > 1:285386/1‑289 (MQ=255)
tCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCaa < 1:415630/289‑1 (MQ=255)
ggCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAAcc > 1:2167/1‑289 (MQ=255)
tGGCGGTGTGGGTTGGGCTTACTCTTGGCATTTACCCGGGGGTCGCGATGTGGTTTGCGGCTCGGGTCGGTAGGGTTACCGTTAGTTCCGGAGGCGTTGCCGGTGTGGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGAGGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCGGGACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAg < 2:258484/288‑1 (MQ=255)
gCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGcc < 1:320811/288‑1 (MQ=255)
ggtgtGGTTGCGCGTACGGTTTGCGTTAGCCGGCTGGACCCGATGTGGATTGGGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCGGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCAtt < 2:151356/284‑1 (MQ=255)
tGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTgg < 1:908041/288‑1 (MQ=255)
gggTTGGGCCGCCGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGGTGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTTTTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGa < 2:2167/288‑1 (MQ=255)
ggTTCCGACTACGGTTGGCCTTAACCGTCTGGCCCCGATGTGGGTTGCGACGCGTGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGAGTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGa < 1:1865932/288‑1 (MQ=255)
gtgcGGTTGGCGTTAGACGGCTGGACGCTATGTGGTTTGCGAGGCTGGTCGGGATTGTTACCGGTAGTTCCGAGGTCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAga < 2:1759418/286‑1 (MQ=255)
ggCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGa < 1:667905/272‑1 (MQ=255)
ggCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGAGAAGACGACGCCg > 1:244818/1‑289 (MQ=255)
gCATTAACCGGCTGGACCCGATGTGGTTTGCGACGCTGGTCGGTTTTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCg < 2:1661122/288‑1 (MQ=255)
cATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAAACGACGCCGa > 1:836919/1‑288 (MQ=255)
cccggtgtccccGAGTTGGCTGGCGGCGCTGGTTGGTCTTGTGACCGTTCGTTCCGCCGGCGTGTCGGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGTACTGATTGTACTGCCGGCGATCGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTGTCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGGGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGca < 2:726037/280‑1 (MQ=255)
ctgctggcgccggggtgGTTTGCGACGGTGTGCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGAAGCTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGcac < 2:141237/275‑1 (MQ=255)
ccGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGcac < 2:831417/289‑1 (MQ=255)
ccGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGcac < 1:1015316/289‑1 (MQ=255)
ccccGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCAtt < 1:989933/287‑1 (MQ=255)
cccGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGTCACACCATTaa > 1:1531702/1‑289 (MQ=255)
tgtgGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCtt < 1:106584/289‑1 (MQ=255)
aTTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTAt > 1:1731647/1‑286 (MQ=255)
cGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCa > 1:1815330/1‑289 (MQ=255)
cTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTACACGTTAGTGGCTCGACGCCAGCTGGCACGCTGACCAGCCCGTGGCTGCAGCAAACCGATAAAGCCATCCTGGACCGCGAAGACGACGCCGCACTGGCCCACCATTATCTCTTATTCCGGCCACgg > 2:863558/1‑288 (MQ=255)
cTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGAAGCCGAACTGGCACACCATTATTTCTTATGCTGGCCACgg > 2:130126/1‑288 (MQ=255)
cTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTCCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACgg > 2:325899/1‑288 (MQ=255)
tGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGt < 1:1650734/288‑1 (MQ=255)
ggtagttctcgttactgttactGCCGCAGGCGTTGCGGGGTGCTGGGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCGGCGTGGGGCCTGCAAGTACCCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTcc < 2:1259247/279‑1 (MQ=255)
cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGtt < 1:1854713/289‑1 (MQ=255)
ttACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTTGCAACGGTCCGTTTTGTATAg > 2:1476774/1‑289 (MQ=255)
ttACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGTATAg > 1:1543296/1‑289 (MQ=255)
cGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGTATAGGGGc < 1:660633/289‑1 (MQ=255)
gTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTTTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTCCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGCGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCGTATCGACATGGGCCGTCCGGCGTTTAACGTTAGGGTCTCGATGACAGCTGGCACGCTCACCCGCCAGTGGTTGAAGCAAACCGATAAAGTCATTCTGGAGGGCGAAGACTTCTCCCAACTGGCAATCCTTTCATTCGTATGCTGGCACCGGTGCTCTTTGAATAgggctc > 2:1045622/1‑286 (MQ=255)
gTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTTTCTCGATGACCGCAGTCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCTAAGCGATAAAGCCATTCTGGATTGCGAAGACGGTCCCGAACGGGCCGCCCATCCATTCCTCAGCTGGCAACTGACCGTGTTGTATAGGGGcc > 2:1402147/1‑289 (MQ=255)
gTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAga < 2:1629701/227‑1 (MQ=255)
gTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGTATAGGGGcc > 1:132484/1‑289 (MQ=255)
gTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGTATAGGGGcc > 1:234715/1‑289 (MQ=255)
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aaCGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGTATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGTTCCATCGCGGCGATGCATACTGACTCATATTTAAACAGATCGTCAGCGAAAAAAATGTCCAACTTACCAATACATTCCTGGCCCAATGAATGTGCCTGTAGAGAGAAGCTTAAAACCTccaa > 2:1641300/1‑285 (MQ=255)
gTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGTATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGTTCCATCGCGGCGATGCATACTGACTCATATTTAAACAGATCGTCAGCGAAAAAAATGTCCAACTTATCAATACATTCCTGGCTCAATGAATGTGCCTGTAGCGAGAAGCTTAAAACCTCATAccc < 2:423911/288‑1 (MQ=255)
tAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGTATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGTTCCATCGCGGCGATGCATACTGACTCATATTTAAACAGATCGTCAGCGAAAAAAATGTCCAACTTATCAATACATTCCTGGCTCAATGAATGTGCCTGTAGCGAGAAGCTTAAAACCTCATACCCgag > 2:120679/1‑289 (MQ=255)
|||
ATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCAGCATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGTATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGTTCCATCGCGGCGATGCATACACTCTCATATTTAAACAGATCGTCAGCGAAAAAAATGTCCAACTTATCAATACATTCCTGGCTCAAACTATGTGCCTGTAGGCTGAAGCTTAAAACCTCATACCCGAG > CP042583/1493905‑1494462
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
